Évolution des répertoires géniques Équipe Bioinformatique et Génomique Évolutive BBE.

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1 Évolution des répertoires géniques Équipe Bioinformatique et Génomique Évolutive BBE

2 Bactéries Eucaryotes Archées ~ 60 gènes en commun ~400 - 10000 gènes ~2000 - 40000 gènes ~400 - 5000 gènes Les génomes comme révélateurs de la diversité du vivant

3 BBE E. coli S. typhimurium Y. pestis CO92 Y. pestis KIM B. aphidicola W. brevipalpis H. infuenzae P. multocida V. cholerae P. aeruginosa X. fastidiosa X. axonopodis X. campestris 4183 4203 3599 3879 564653 1709 2015 2724+1081 5540 2680 4192 4029 275 gènes Diversité des répertoires géniques au sein des Gamma-Protéobactéries

4 BBE Diversité des répertoires géniques au sein de lespèce Escherichia coli 4288 5016 5060 Welch et al., 2002

5 Bactéries Eucaryotes BBE Archées Le renouvellement des répertoires géniques

6 Bactéries Eucaryotes BBE Archées Endosymbioses (transferts de génomes) Le renouvellement des répertoires géniques

7 Bactéries Eucaryotes BBE Archées Endosymbioses (transferts de génomes) Le renouvellement des répertoires géniques Duplications complètes de génome

8 Bactéries Eucaryotes BBE Archées Transferts de gènes entre espèces Acquisitions de gènes (mais doù?) Le renouvellement des répertoires géniques

9 BBE La mise en évidence des transferts horizontaux A B C D A B C D A) Conflit phylogénétique ABC gains B) Différences de contenus en gènes D Une fraction importante de ces gènes na pas dhomologues dans dautres espèces GENES « ORPHELINS »

10 Pseudomonas E. coli k12 Vibrio Yersinia Salmonella Escherichia BBE Les gènes « orphelins » dE. coli selon leur date dacquisition ORFansORFansORFansORFans Plus jeunes Plus vieux 42 46 50 54 58 % G + C 3 chez E. coli K12 60 Escherichia coli K12

11 BBE Les gènes « orphelins » présentent des caractéristiques de gènes de bactériophages ou de plasmides Rocha et Danchin, 2002

12 BBE Les gènes « orphelins » sont associés en clusters et souvent proches déléments mobiles 50.79

13 BBE Les mécanismes de linnovation génique