2-D DIGE: Decyder v6.5 software analysis

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1 2-D DIGE: Decyder v6.5 software analysis

2 Architecture de Decyder v6.5

3 Co-détection des spots
Un gel, 3 images Extrait 1 Extrait 2 Standard co-analyse des données issus des 3 images détection des spots sur l’image fusion Transfert des découpes de spot sur les 3 images indépendantes Cy2 Cy3 Cy5 Quantification précise: soustraction du bruit de fond et quantification des spots

4 Standard interne et quantification des spots
Standard (Cy2) avec standard interne: mesure de l’abondance par paire de gel pour une même aire Gel 1 extrait 1 (Cy3) extrait 2 (Cy5) sans standard interne: mesure de l’abondance dans chacune des images Standard (Cy2) avec standard interne Gel 2 extrait 3 (Cy3) extrait 4 (Cy5)

5 : Differential In-gel Analysis
DIA : Differential In-gel Analysis Co-détection Intra-gel + Quantification Intra-gel Cy3 DIA gel1 Cy5 Cy2 Gel 1 extrait 1 extrait 2 Standard Cy3 Cy5 Cy2 Internal standard and 2 samples per gel Gel 2 DIA gel2 Standard extrait 3 extrait 4 Cy3 Cy5 Cy2 Gel 3 DIA gel 3 Standard extrait 5 extrait 6

6 - Normalisation de l’abondance par rapport à chaque spot du standard
Standard interne: matching inter-gel et normalisation de l’abondance des spots sans standard interne Gel 1 extrait 1 (Cy3) extrait 2 (Cy5) Matching des spots - Normalisation de l’abondance par rapport à chaque spot du standard Standard (Cy2) avec standard interne Gel 2 extrait 3 (Cy3) extrait 4 (Cy5) Standard (Cy2)

7 BVA Internal standard and 2 samples per gel Protein difference ratios
: Biological Variation Analysis Cy3 Cy5 Cy2 Master Inter-gel matching Gel 1 extrait 1 extrait 2 Standard Cy3 Cy5 Cy2 Internal standard and 2 samples per gel Gel 2 Protein difference ratios Standard extrait 3 extrait 4 Cy3 Cy5 Cy2 Gel 3 Standard extrait 5 extrait 6