Article : Parlati et al. 2002 PNAS 99 : 5424-5427 1. Sur le site des données génomiques de la levure Rechercher le gène codant.

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1 Article : Parlati et al. 2002 PNAS 99 : 5424-5427 1. Sur le site des données génomiques de la levure http://www.yeastgenome.org/ Rechercher le gène codant pour la syntaxine 5 Sed5 Quel est le phénotype du mutant nul ? 2. Dans lexpérience rapportée sur la figure 1, quels complexes de t-SNARE ont été préparés ? Avec quelles v-SNARE sont ils testés ? 3. Quels sont les deux complexes de SNAREs auxquels Sed5 prend part ? 4. Sur la Fig.2, que désignent GST-Sed5 et Sft1c ? 5. Que prouvent les différents éléments de la Fig.2 ? 6. Quel renseignement supplémentaire apporte la Fig.3 ? 7. Que montre la Fig.5A ? 8. Sur la Fig.5B, pourquoi les complexes de SNAREs sont immunoprécipités à partir de mutants thermosensibles sec18 ? Que prouve cette expérience ? 9. A quoi peuvent servir deux complexes de SNAREs dans lappareil de Golgi ? Cf Volchuk et al. Mol. Biol. Cell 2004, 15: 1506-18

2 Sutton et al. 1998 Nature 395: 347-353 Les SNAREs catalysent la fusion membranaire Assemblage et dissociation du complexe de SNAREs

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4 Parlati et al. 2002 PNAS 99 : 5424-5427 Fig.1

5 Parlati et al. 2002 PNAS 99 : 5424-5427 Fig.2 Fig.3

6 Parlati et al. 2002 PNAS 99 : 5424-5427 Fig.5 Sed5 Ykt6 Gos1 Sft1 Sed5 Bos1 Sec22 Bet1

7 Countercurrent distribution of two distinct SNARE complexes mediating transport within the Golgi stack Volchuk et al. Mol. Biol. Cell 2004, 15: 1506-18 syntaxin 5 Sed5 mYkt6 Ykt6 GOS28 Gos1 GS15 Sft1 syntaxin 5 Sed5 membrin Bos1 ERS24 Sec22 rBet1 Bet1

8 Sft1 Bet1 Sed5 Bos1 Sec22 Sed5 Gos1 Ykt6 budding ARF1 budding ARF6 SNARE dissociation NSF, SNAP SNARE dissociation NSF, SNAP trans-Golgi cis-Golgi Rab6 Rab1

9 Fig.4 Syntaxin regulation inactive active primed by Sft1p

10 Article by Karatekin et al. (2010): A fast, single-vesicle fusion assay mimics physiological SNARE requirements. PNAS 107 : 3517–3521 1. Write down the chemical structure of poly(ethylene glycol) (PEG). 2. Describe Fig. 1 A-D 3. Why is a gaussian fit used in Fig. 1E ? 4. Why does the variance of the Gaussian fits, σ2, increase linearly with time after fusion ? 5. Explain how the normalized fusion rate is calculated (Fig. 2A). 6. What does Fig. 2B prove ? 7. Describe Fig 3. A-C. 8. What is the purpose of Fig. 3D ? 9. What does Fig. 4 show ? 10. According to the authors, why are several SNARE complexes necessary to trigger vesicle-membrane fusion ? 11. Explain the logics of the last paragraph of the discussion.

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