Imagerie 3D en bioluminescence

Présentation au sujet: "Imagerie 3D en bioluminescence"— Transcription de la présentation:

1 Imagerie 3D en bioluminescence
Samuel Ralambondrainy

2 Imagerie 3D en bioluminescence
Acquisition des données 4 VIEW - Signal Surface Reconstruction 3D Analyse Affichage Mesures

3 Imagerie 3D en bioluminescence Acquisition des données
Camera CCD intensifiée Chambre noire Objet à imager

4 Imagerie 3D en bioluminescence Acquisition des données
Signal 4 vues de l’animal: dorsale, ventrale et les 2 côtés. Compatible en bioluminescence et fluorescence Acquisition en temps réel du signal Enregistrement simultané des 4 vues Image de l’ensemble de l’animal Surface Reconstruction automatique par suivi d’un point lumineux sur la surface

5 Imagerie 3D en bioluminescence Reconstruction 3D
Objectif Retrouver l’emplacement en profondeur l’origine du signal de bioluminescence Données 4 vues du signal de bioluminescence: dorsale, ventrale et les 2 côtés. Maillage surfacique de l’animal Maillage tétraédrique de l’animal

6 Imagerie 3D en bioluminescence Reconstruction 3D
Méthode Projection des 4 vues du signal sur le maillage surfacique. Reconstruction des sources grâce à l’équation de diffusion de la lumière

7 Imagerie 3D en bioluminescence Reconstruction 3D
4 View Maillage Sources

8 Imagerie 3D en bioluminescence Analyse

9 Imagerie 3D en bioluminescence Analyse
Affichage Affichage superposé de 2 volumes. (Viewer.SetOverlay) 2 valeurs d’isosurfaces distinctes 2 valeurs de transparence différentes 2 contextes d’affichages différents (LUT, min, max) Extraction automatique des 3 plans de références (Visilib.IpPlaneExtract) axial sagittal coronal Navigation au sein des piles de coupes

10 Imagerie 3D en bioluminescence Analyse
Affichage : coupe oblique

11 Imagerie 3D en bioluminescence Analyse
Mesure Méthode d’analyse Utilisation d’un volume supplémentaire de type LABEL pour les ROIs.

12 Imagerie 3D en bioluminescence Analyse
Mesure Cas des ROI géométriques. ROI design Geometrical 2D ROI projection definition ROI extrusion 3D ROI volumic representation ROI measurement stack of projections

13 Imagerie 3D en bioluminescence Analyse
Mesure Cas des ROI « baguette magique ». ROI initialize Magic wand 2D threshold on a projection ROI propagation Threshold propagation 3D representation ROI measurement 3D ROI stack of projections

14 Imagerie 3D en bioluminescence Analyse
Mesure Utilisation des 2 volumes Signal (type float) et ROI (type label). Extraction des plans des 2 volumes utilisation de la macro : I_analyze Récupération d’un objet de type Analyse Affichage des mesures : Data.GetInfoField, Data.GetFieldArray

15 Imagerie 3D en bioluminescence Analyse
Mesure

16 Imagerie 3D en bioluminescence Amélioration
Amélioration de la reconstrucion par l’utilisation d’un atlas de souris Fusion avec d’autres modalitées du type CT ou IRM pour récuperer des informations anatomques based on DIGIMOUSE , a 3D mouse atlas B. Dogdas, D. Stout, A. Chatziioannou, and R. M. Leahy, "Digimouse: A 3D Whole Body Mouse Atlas from CT and Cryosection Data." Phys Med Biol Feb 7; 52 (3):

17 Imagerie 3D en bioluminescence Amélioration

18 Imagerie 3D en bioluminescence Amélioration

19 Imagerie 3D en bioluminescence
Merci!