Supplementary Figure 5. Graphic representation of the assembled pear genome anchored to the 17 linkage groups through SNP markers. The green bar is genetic.

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2 Supplementary Figure 5. Graphic representation of the assembled pear genome anchored to the 17 linkage groups through SNP markers. The green bar is genetic map (LG) and genetic distance (cM) is illustrated at right. The red bar represents the arrangement of scaffolds and the approximate size (MB) is present at left. The grey dash shows the anchoring relationship between scaffolds and linkage groups, a total of 2005 SNP markers linked 796 scaffolds (~379 Mb). Ici vous avez une carte génétique en vert où les marqueurs sont séparés par une distance en cM qui est une représentation du taux de recombinaison qui peut exister entre les deux marqueurs. La carte physique en rouge est la représentation réelle des chromosomes avec les marqueurs qui sont séparés par des kilobases. On voit qu’il n’y a pas de relation linéaire entre les deux cartes. Regardez les deux régions entourées en bleu pour lesquelles vous avez une petite distance physique qui correspond à une gde distance génétique (rond de gauche) et l’inverse pour le rond de droit. Cela veut dire que la relation carte génétique carte physique n’est pas homogène sur l’ensemble du génome. Donc qd on dit qu’1cM = 200kb ce n’est qu’une moyenne il y aura des endroit du génome où 1cM = 50kb et d’autres où 1cM = 500 kb. Rond vert on voit qu’il y a une rupture de colinéarité entre les 2 cartes. LG = groupe de liaison. Si la carte est bien faite normalement il y a autant de groupe de liaison que de chromosomes.

3 Distribution of basic genomic elements of pear.
Wu J et al. Genome Res. 2013;23: Distribution of basic genomic elements of pear. Distribution of basic genomic elements of pear. (A) Chromosome karyotype. Colored segments are in accordance with the Rosaceous ancestor. (B) Gene density. The rate of sites within gene region per 100 kb ranges from a minimum of 0 to a maximum of 0.8, illustrated by red line. (C) DNA transposon element (TE) density. The rate of sites within the DNA TE region per 100 kb ranges from 0 to 0.65, illustrated by blue line. (D) Retrotransposon element (RT TE) density. The rate of sites within the RT TE regions ranges from 0 to 1, illustrated by purple. (E) SNP density. The rate of SNP per 100 kb ranges from 0 to 0.03, illustrated by green. (F) GC content. The rate of GC content ranges from 0.25 to 0.45, illustrated by black. Circos (Krzywinski et al. 2009) ( was used for constructing this diagram Si on regarde le rond central on observe les chromosomes ancestraux qui sont représentés par des couleurs différentes à l’intérieur des chromosomes de la poire. Dans le rond bleu on voit que les chromosomes 5 et 10 de poire ne sont constitués que d’une seule couleur donc cela veut dire qu’ils ne viennent que d’un seul chr ancestral. Les traits de couleurs rouges qui relient les les deux chromosomes de poire montrent que les 2 chromosomes contiennent les mêmes sequences et que donc il y a deux copies du chr ancestral dans le génome de la poire. Dans le rond rouge les 2 chromosomes sont constitués de 2 chromosomes ancestraux et donc les 2 chromosomes de poire viennent du réarrangement des chromosomes ancestraux. Si on regarde l’ensemble du génome de poire beaucoup de chromosomes sont issus d’un seul chromosome ancestral donc cela veut dire qu’il y a eu peu de réaarangement entre le génome ancestral et celui de la poire. Cercle B : densité en gene on voit qu’il y a des gènes sur tous les chromosomes mais avec une densité hétérogène en fonction des chromosomes. Cercles C et D : on regarde la densité en transposon et retrotransposon il y en a sur tous les chromosomes et en densité hétérogène sur les différents chrsomomes . Si on compare la densité en gene et en transposon on voit que normalement quand il y a des genes il n’y a pas de transposons et inversement. C’est bien sûr à l’echelle macroscopique. Les transposons sont concentrés dans les régions proches du centromère . C’est une notion que l’on trouve dans de très nombreux génomes de plantes

4 The evolutionary scenario of nine chromosomes of the Rosaceae ancestor.
Ici on a une comparaison de 3 génomes la fraise la pomme et la poire par rapport à l’ancêtre des rosacea. On voit que dans le génome de la fraise (F vesca) les chromosomes ancestraux se trouvent une seule fois et donc cela veut dire que la fraise n’est pas le résultat d’une WGD (duplication complete du génome) Dans les génomes de la pomme et de la poire on voit que les chromosomes ancestraux de retrouvent 2 fois dans les deux génomes. Cela veut dire que ces 2 génomes ont eu dans leur histoire évolutive une WGD du génome ancestral. Cependant dans ces deux génomes les fragments de couleur (chqe chromosome ancestral) est de grande taille montrant qu’il y a eu très peu de remaniements pour chacun des chromosomes de pomme et de poire. Cela montre donc que la séparation des deux organismes par rapport à la duplication entière du génome de l’ancêtre est assez proche. Plus il y a de temps entre la WDG et le génome d’un organisme plus on peut avoir des remaniements des chromsomes ancestraux pour former les chromosomes du génome et donc plus les segments de couleurs seraient petits et chqe chr de pomme ou de poire serait constitués de plusieurs morceaux de plusieurs chromosmes ancestraux

5 Ici vous retrouvez les notions présentes dans la diapositive 3
Si on regarde le chr 17 on voit que dans le rond rouge il y a une densité en gène faible mais importante en TE . On voit aussi que les gènes sont majoritairement composés d’exons et et d’introns. Qd les gènes sont absents il y a des transposons et en particulier des rétrotransposons. Il y a des endroits du chromosomes où les gènes sont plus concentrés (en rouge). Supplementary Figure 9. Area charts show quantification of retrotransposons (RT), DNA transposons (DNA-TEs) and genes (both exons and introns) in all 17 chromosomes of pear. Red is maximum and dark blue is minimum.