BCM311 - TP de biochimie II Automne 2014.

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1 BCM311 - TP de biochimie II Automne 2014

2 Évolution des TPs - vers autonomie
BCM111 - TP conventionnel – projet décrit, méthodes données, matériel préparé BCM311 - TP semi autonome – projet décrit, méthodes données

3 Pourquoi des T.P. semi-autonomes
Rendre autonome Apprendre à planifier Apprendre à évaluer des résultats Apprendre de ses erreurs Comprendre ce que vous faites Mime la vraie vie

4 T.P. semi-autonome - fonctionnement
préparation des solutions par équipe par table par groupe entretien des appareils dîner labo partagé avec d'autres cours continu des tiroirs étiquetage des échantillons entreposés préparation et distribution

5 Plan de la présentation
équipe de support Plan de cours - dans mes mots BCM311 - les séances fonctionnement et ressources formation des équipes pause café sécurité - vidéo

6 Équipe de support Professeur: Daniel Lafontaine (D8-3064) Coordonnateur: Will Home (D8-2059) Auxiliaires d'enseignement: Jade Degrandmaison (ATCase) Alexandre Paradis (biomol) Marie-Ève Pépin (LDH) Techniciennes: Guylaine Nolet (ATCase+LDH) Chantal Masse (biomol)

7 Plan de cours - objectif général
faciliter l’acquisition des connaissances sur le métabolisme et les macromolécules biologiques cycle de Cori LDH foie muscle sang

8 Objectifs spécifiques
mieux connaître les grandes voies métaboliques établir les relations qui existent entre ces voies métaboliques connaître et appliquer les techniques modernes de la biochimie

9 Objectifs spécifiques
développer l'esprit d'analyse et de synthèse porter un jugement sur les résultats de ses expériences apprendre à communiquer des informations scientifiques

10 Les laboratoires journées complètes en laboratoire 3 gros laboratoires de 2-3 jours chacun sujets différents laïus (D4-2019) préparation des solutions manipulations (+analyses) ménage + vérification du cahier dîner

11 ATCase 2 journées (11 et 18 septembre) préparation de l'enzyme cinétique allostérique

12 ATCase - contrôle d'activité

13 ATCase - cinétique Vmax/2 +ATP native +CTP

14 Biologie moléculaire 3 journées (25 septembre, octobre) préparation d'ADN plasmidique enzymes de restriction (carte de restriction) PCR gel d'agarose extraction et analyse d’ARN de foie de lapin

15 Biologie moléculaire - REN et cartes

16 Biologie moléculaire - PCR

17 Biologie moléculaire - extraction d'ARNt
foie de lapin

18 Purification de protéines
3 journées ( octobre, 6 novembre) extraction et purification de la LDH de lapin homogénéisation précipitation au (NH4)2SO4 colonne d'affinité bleu sepharose comparaison des niveaux dans les tissus "Western blot" (gel SDS-PAGE) gel natif (gel d'activité, isoenzymes)

19 Purification de protéines - gel SDS-PAGE
LDH purifiée

20 Purification de protéines - gel SDS-PAGE
Gel Blot LDH

21 Purification de protéines - gel natif

22 Examens deux journées (13 et 20 novembre) examen pratique examen écrit

23 Pondération En équipe 15% rapport ATCase 15% rapport et comptes rendus LDH 10% comptes rendus biologie moléculaire 5% cahier de laboratoire Individuel 10% travail de session 10% examen pratique 35% examen écrit À noter: heure de remise est TOUJOURS 8H30 à l'exception des comptes rendus de biologie moléculaire modification de la note: limite d'une semaine après la remise

24 Pondération - plagiat mentionnez vos sources déclaration d'intégrité

25 Travail de session protocole pour la purification d’une enzyme Objectifs: travailler individuellement utiliser la littérature scientifique analyser un article scientifique voir autres techniques de purification

26 Travail de session - l'hypothèse
votre patron pense faire des études sur l'enzyme assignée vous demande de faire les recherches préliminaires sur les méthodes de purification et de dosage

27 Travail de session trouvez un article récent (après 1991) sur comment purifier une enzyme assignée faut être de la source originale (c.-à-d. pas de clonage/expression) résumer la méthode de purification résumer la technique pour la doser liste du matériel requis (i.e. non-commun) vérifiez si la protéine a déjà été clonée

28 Travail de session - organisation
6 sections 1. Introduction 2. Purification (organigramme) 3. Quantification (dosage) 4. Matériel 5. Discussion 6. Documentation

29 Travail de session - détails
Dates attribution 11 septembre approbation de l’article 9 octobre remise novembre

30 Cahier de laboratoire 5% de la note finale lien direct avec la qualité des rapports organisé + clair rédigé au laboratoire (i.e. protocole + résultats – utilisez des tableaux) faire vérifié + signé avant que vous quittiez voir détails dans les notes de cours

31 Cahier de laboratoire utilisez des tableaux De quoi ??

32 Cahier de laboratoire - tableaux
C'est quoi ??

33 Cahier de laboratoire exemples de calculs présence des unités à toutes les étapes réponse claire avec les unités

34 Cahier de laboratoire si vous faites une erreur...

35 Fonctionnement et ressources
site internet

36 Fonctionnement - comportement
appareils en commun banc paillasse (faire approuver avant de quitter) laїus verrerie

37 Verrerie verrerie sale pipettes sales

38 Verrerie enlever les bouchons des bouteilles enlever les pieds des cylindres gradués enlever toutes les étiquettes immédiatement rincer toute trace d’agarose récupération

39 Verrerie enlever les bouchons des bouteilles enlever les pieds des cylindres gradués enlever toutes les étiquettes immédiatement rincer toute trace d’agarose récupération

40 Verrerie récupération verre brisée éprouvettes jetables

41 Fonctionnement - ménage quotidien
labo partagé avec d'autres cours liste dans votre tiroir avant de partir sera vérifié embouts ne pas mettre dans le tiroir boîte moitié vide - retournez au buffet boîte vide - remplissez (gants) et envoyer à stériliser

42 Ménage quotidien Vos solutions sont étiquetées (cours, date, contenu, No d'équipe, initiales) et à 4oC (places désignées par cours et tables). Manque d’échantillon = perte de points. La verrerie utilisée est rincée et déposée dans les bacs de verrerie sale. Les boîtes d'embouts sont remplies (portez des gants, envoyé à l'autoclave au besoin). Les bacs de glace sont vidés.

43 Ménage quotidien Les poubelles de table sont vidées (remplacer le sac seulement si sale). Tout matériel se retrouve dans les tiroirs dans les quantités indiquées. Les instruments sont fermés, propres et rangés. Remplir les flacons laveurs. Les paillasses sont propres - désinfectant.

44 Ménage quotidien Les bancs sont replacés sous les tables. Vos effets personnels partent avec vous. Vos mains sont propres.

45 Fonctionnement - retards
pas tolérés laïus commence à 8h30 (porte sera fermée) remise des travaux - 8h30 (sauf biomol) note = 0 si en retard

46 Fonctionnement - préparation
longues journées arriver préparé: lecture -notes de cours -site web (changements, consignes) -calculs (au besoin) écouter pendant le laїus

47 Jour 1 - ATCase I lecture préparatif
section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p ) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe standard et [aspartate] pour les dosages

48 logiciel pour faire les graphiques
GraphPad logiciel pour faire les graphiques il faut le télécharger sur votre portable ID/10982/subscription/LGQXKGLA

49 GraphPad Remplir les champs

50 Jour 1 - ATCase I lecture préparatif
section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p ) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe standard et [aspartate] pour les dosages

51 Jour 1 - ATCase I lecture préparatif
section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p ) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe standard et [aspartate] pour les dosages

52 Jour 1 - préparation du cahier
achat noms, # équipe, # des pages, table de matières titre date objectif référence protocole écrit AU LABORATOIRE

53 Fonctionnement - sécurité
acides-bases entreposage de concentrés produits chimiques centrifuges et rotors

54 Fonctionnement - sécurité
sarrau et lunettes obligatoire en tout temps gants (plus fourni par le département) 1 minuteur/étudiant (cellulaire)

55 Fonctionnement - sécurité vente
aujourd'hui à 11h30 D8-2019 5 ou 8 $ $ $ (régulières; par-dessus) (nitrile, bte de 250)

56 Fonctionnement - sécurité
règlements (p. Introduction-10) BCM111: Annexe 4 - sécurité en laboratoire Internet: Installations évacuation 811

57 Fonctionnement - sécurité
règlements (p. Introduction-10) BCM111: Annexe 4 - sécurité en laboratoire Internet: Installations évacuation Vidéo: « Sécurité en laboratoire » (30 min) 811

58 Compte rendu LDH I - solutions
1 par équipe (p.LDH-67) remettre la semaine prochaine (8h30)

59 Compte rendu LDH I - solutions
1 par équipe (p.LDH-67) remettre la semaine prochaine (8h30) Attention quantités (faut que ça soit réalisable, au besoin utiliser des solutions mères, etc.). détails de la préparation précautions à prendre

60 Compte rendu LDH I - solutions
plusieurs solutions sont dans du Tris-Cl 50mM pH7,4 (et seulement 10 ml est demandé) simplement dissoudre le peu de grammes du produit requis dans ce tampon ne pas peser le Tris de nouveau à chaque reprise respecter le volume demandé

61 Solutions dans TRIS-Cl 50 mM pH 7,4
Ex.: 10 ml de Tris-Cl 50 mM pH 7,4 / NADH 1mM 10 ml Tris-Cl 50 mM pH 7,4 7,1 mg NADH et non 60,6 mg Tris Dissoudre dans <10 ml, ajuster pH à 7,4, compléter le volume à 10 ml avec de l'eau. Pas évident avec 10 ml !

62 Dilutions 1/5 et 1:5 même chose = 1 volume + 4 volumes solvant, car on voit le mot dilution Solutions 1:5 si on voit le mot solution (e.g. pour CCM) 1:5 = 1 part + 5 parts des 2 composées (c.-à-d. un rapport des volumes) Ex. solvant pour CCM des lipides en BCM111 : : : CHCl Et2O H triéthylamine

63 Rappels - semaine prochaine
remettre compte rendu LDH#1 (1/équipe) apporter vos portables télécharger GraphPad sur vos portable (instructions dans les notes de cours) calculs de [carbamyl asparte] et [aspartate] lunettes de sécurité, gants et minuteurs (aujourd'ui au D à 11h30, chèque payable à l’Université de Sherbrooke) cahier

64 BCM311 - Questions ? Automne 2013

65 Formation des équipes formations des équipes pause de 15 min vidéo sur sécurité en laboratoire