Le problème de la conformation. Les forces en jeu Interactions purement ioniques : pas sûr! Pensez à la RNAse modifiée par l’octapeptide poly-ala sur.

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1 Le problème de la conformation

2 Les forces en jeu Interactions purement ioniques : pas sûr! Pensez à la RNAse modifiée par l’octapeptide poly-ala sur ses 10 lys de surface et son NH 2 terminal Van der Waals: Ces forces sont assez petites et ne se manifestent qu’à de très courtes distances Liens hydrogène : s’établissent localement

3 Les forces en jeu Force hydrophobe Côtés externe (polaire) et interne (hydrophobe) d’un feuillet  de la concanavaline Hélice à fort moment hydrophobe dans la myoglobine

4 Les forces en jeu Ponts S-S Le cas de la RNAse

5 PDI … accessoire au repliement

6 Cela ne fonctionne pas toujours L’insuline est dénaturée par la PDI

7 Cas de la BPTI

8 Chemin(s) vers la forme native

9 Chaperones moléculaires

10 Prévisibilité de la structure 24 N-term de l’adénylate kinase

11 Une séquence possible d’événements

12 Il y a des choses qui ne sont pas simples La structure parfois peut dépendre plus du contexte que de la séquence

13 Structure caméléonique ! 23-AATAEKFVFQY-33 42-EWTYDDATKTF-52 AWTVEKAFKTF  7  5

14 Caractère local de l’organisation

15 La séquence ne reflète pas toujours la structure GB1Rop Janus Modification avec 50% homologie 40% homologie

16 Horreur, une protéine prion! PRION PROTEIN DOMAIN PRP(121-231) FROM MOUSE (PDB 1AG2)

17 Modélisation du repliement

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