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Publié parEnéas Bouvet Modifié depuis plus de 9 années
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Les Séquences et leurs Propriétés
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Nucléotides ADN A, T, G, C ARN A, U, G, C
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Appariement Les acides nucléiques peuvent s’apparier avec leur complément inverse Deux forces opposés influencent l’appariement Liaisons hydrogène favorisent l’appariement Groupement phospahtes favorisent la dénaturation
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Appariement-température de fusion (Tm) Le Tm est la température à laquelle 50% des molécules sont simple brin (ou double brin) Le Tm est une fonction du: Pourcentage G:C Composition ionique de l’environment Le pourcentage de complementarité Estimé du Tm =2(#A:T) + 4(#G:C) 4
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5 Tm Vs pourcentage G:C 70 80 90 100 0 50 100 % Double Brin Température (C) (38%) G+C (52%) (58%) (66%)
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6 Tm Vs Conc. d’ions Positif 70 80 90 100 % Double Brin Température (C) (0.1M NaCl) (0.2M NaCl) (0.5M NaCl) 0 50 100
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7 Tm Vs pourcentage de Complémentarité 70 80 90 100 % Double Brin Température (C) (25%) (50%) (100%) 0 50 100
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Stringence Pourcentage de complementarité requise pour permettre la formation de duplex stable Le Tm influences les conditions de stringence qui permettent l’appariement Une stringence élevée requière un degré de complémentarité élevée 8 GATCCGGTTATTA vs GATCCGGTTATTA CTAGGCCAATAAT CTTGGACGATAAT
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Paramètres qui influencent la stringence [Sel] = Stringence élevée Température = Stringence élevée [Sel] = ? Température = ? 9
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10 4. Hybridation avec Sonde Libre Lavage
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Détection : Autoradiographie 11
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Propriétés de la Sonde Complémentarité Complète ou partielle? Complète; idéale; 100% complémentaire Partielle continue; acceptable 100% complémentaire Partielle discontinue; plus difficile Complémentarité partielle
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Stringence d’Hybridation 13
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La Sonde Molécule d’ADN ou d’ARN étiquetée Simple brin Brin spécifique (sens spécifique) Double brin Brin non spécifique (sens non spécifique)
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Sonde Étiquetée à la Digoxygénine Détection indirecte SSSS Membrane Cible DDDDDDDD Sonde + Dig ENZ Ac-Dig conjugué Peroxydase Film rayons X
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Signaux d’Hybridations Hybridation Spécifique Non spécifique Bruit de fond Liaison de la sonde à la membrane Liaison de l’Ac à la membrane
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Décodage de l’information Génetique Information encodée dans les séquences sont contenue dans des unité discrètes Les gènes L’information contenue dans les gènes est transcrit afin de générer les ARN qui sont ensuite décodé (traduit) pour générer des protéines
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Séquences qui condent pour des protéines Les séquences qui codent pour des protéines contiennent des ORFs Start – ATG Stop – TAG, TGA, TAA
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Transcription - Traduction Transcription: Pol RNA Traduction: Ribosomes NH 3 -M-T-R-S-W-G-L-I-S-I-COOH
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ORFs Toutes les séquences double brins ont nécessairement 6 cadre de lectures Combien d’ORFs est-ce que cette séquence possède? ATGCCGATTAGA> TGCCGATTAGAG> GCCGATTAGAGA> <CTGTCGGTAATT <TCTGTCGGTAAT <CTCTGTCGGTAA 5’-ATGGCGATTAGAGACAGCCATTAA-3’ 3’-TACTGCTAATCTCTGTCGGTAATT-5’
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Homologues Séquences de gène qui possèdent un ancêtre commun Les Homologues partage un niveau d’identité élevée Identité Pourcentage de bases ou d’acides aminés qui sont les mêmes entre différentes séquences 21
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Homologue Nucléotidique 22 77% identité Séquences dont l’identité est plus élevée que 70% Ex. Un homologue de l’hémoglobine humaine dans le soya G.G.T.G.A.G.G.G.T.A.T.C.A.T.C.C.C.A.T.C.T.G G.G.T.C.A.G.G.A.T.A.T.G.A.T.T.C.C.A.T.C.A.C * * * * * * * *
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Homologues protéiques Séquences protéiques avec plus de 25% d’identité Ex. Une protéine homologue de l’hémoglobine humaine se retrouve dans le soya 23 Pourcentage d’identité: 28% G A R G G W L G.G.T.G.A.G.G.G.C.A.T.C.A.T.C.C.C.A.T.C.T G.G.T.C.A.G.G.A.C.A.T.G.A.T.T.C.C.A.T.C.A G T P M I W E
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Homologues Orthologues : Homologues retrouvé dans différents organismes qui ont ancêtre commun Duplication suivie spéciation Paralogues : Homologues retrouvé dans la même espèces Duplication avant la spéciation 24
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Mutations
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Mutations Ponctuelles Faux Sens - Neutre Synonyme/Silencieuse : Changement de base qui ne change PAS l’acide aminé Ex. AGG → CGG tous deux Arg Faux Sens - Non-Synonyme - Conservée: Changement de base qui change l’acide aminé pour un autre semblable Même charge et forme Ex. AAA → AGA Lys à Arg tous deux sont basiques
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Mutations Ponctuelles Faux Sens - Non-Synonyme – Semi-conservée: Changement de base qui change l’acide aminé à un semblable Même forme différente charge Ex. CGC → CUC Arg (Polaire) à Leu (non polaire) Faux Sens - Non-Synonyme – Non-conservée: Changement de base qui change l’acide aminé à un différent Différente forme et charge
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Mutations Ponctuelles Non Sens Changement de base qui crée un codon stop prématuré dans l’ORF Cause l’arrêt prématuré de la traduction Protéine tronquée Indel – Insertion ou délétion d’une seule base dans l’ORF : Change le cadre de lecture Change la séquence protéique Peut causer l’arrêt prématuré de la traduction
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