Génomes microbiens entièrement séquencés. 1995: Haemophilus influenzae, 1.8 Mb, 1 750 protéines (TIGR) 1995: Mycoplasma genitalium, 0.6 Mb, 470 protéines.

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1 Génomes microbiens entièrement séquencés

2 1995: Haemophilus influenzae, 1.8 Mb, 1 750 protéines (TIGR) 1995: Mycoplasma genitalium, 0.6 Mb, 470 protéines (TIGR) 1996: Methanococcus jannaschii, 1.7 Mb, 1 720 protéines (TIGR) 1997: Escherichia coli, 4.6 Mb, 4 200 protéines (Blattner) 1997: Bacillus subtilis, 4.2 Mb, 4 100 protéines, Consortium Europe-Japon: Danchin (I. Pasteur) + 20 labo Octobre 2001: 50 bactéries + 11 archebactéries > 100 projets Prévision: un génome par semaine Génomes microbiens (procaryotes)

3 www.tigr.org

4 www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/micr.html

5 gib.genes.nig.ac.jp

6 Wit.integratedgenomics.com/GOLD

7 genolist.pasteur.fr

8 www.expasy.ch/sprot/hamap/

9 Taille : 0.58 Mb (Mycoplasma genitalium)  6.7 Mb (Rhizobium meliloti) bientôt 8 Mb (chromosome linéaire de Streptomyces coelicolor) Le chromosome des bactéries est généralement formé d’un double brin d’ADN circulaire superenroulé. Cependant… chromosome linéaire (Borrelia burgdorferi,...) chromosomes mutiples (Vibrio cholerae, Deinococcus radiodurans,…) Souvent, éléments extra-chromosomiques (plasmides) En moyenne, la taille d’un gène codant pour une protéine est de 1 Kb (protéine ~300 aa) Génomes microbiens - quelques faits

10 Génomes microbiens entièrement séquencés Avec la séquence...

11

12 [G] : Genbank format

13 [F] : FASTA format

14 [T] : TaxTable

15

16

17 [P] : Prot Table

18 [C] : COG Table

19

20

21

22 [D] : 3D neighbours

23 [L] : BLAST

24 [S] : CDD search