Réunion MODULOME 28/05/2008 Christine ROUSSEAU L'analyse des CRISPR et des gènes associés comme répétitions locales et voisine MODULOME.

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1 Réunion MODULOME 28/05/2008 Christine ROUSSEAU L'analyse des CRISPR et des gènes associés comme répétitions locales et voisine MODULOME

2 Réunion MODULOME 28/05/2008 CRISPR : modèle ✔ Unités régulièrement espacées ✔ Présence d'un gène CAS en amont ou aval du CRISPR à une distance variable ✔ Intégration de portions de génomes viraux ✔ Système immunitaire primitif Gène CAS

3 Réunion MODULOME 28/05/2008 Formalisation CRISPR : Unités répétées régulièrement espacées de spacers Unités similaires mais pas identiques Régularité avec variation des espacements jusqu’à 50% Certains spacers peuvent être identiques Nombre d'unités très variable d'un CRISPR à l'autre ( 4 à ~100)

4 Réunion MODULOME 28/05/2008 Pyrococcus abyssi GE5

5 Réunion MODULOME 28/05/2008 Problématique Méthodes existantes utilisent de nombreux paramètres ( taille min des eMR, Taille min et max des unités, taille min et max des spacers, dépendance entre les tailles Units et spacers,....) Notre méthode : formalisation en terme de maximalité (contexte des copies), de flexibilité (contenu des copies) et de localité (distribution)

6 Réunion MODULOME 28/05/2008 Maximalité et flexibilité Maximal repeat : structure mathématique robuste. Unités = grand nombre de MR chevauchants -> insuffisant pour définir une composition modulaire complexe

7 Réunion MODULOME 28/05/2008 Localité : local maximal repeat Scope = position max – position min des occurrences d'un mot. Mode = nb de parties d’une partition admissible des occurrences. Optimisation quand mode -> ∞, on obtient un filtre très efficace de localité

8 Réunion MODULOME 28/05/2008 Algorithme de détection des CRISPR –Extraction des λ local maximal repeat – Constitution de groupes de λ MR chevauchants – Filtrage des groupes périodiquement espacés (avec un bruit admissible élevé sur les groupes (40%) et leur espacement (+/-25%))

9 Réunion MODULOME 28/05/2008 Pyrococcus horikoshii

10 Réunion MODULOME 28/05/2008 Vers une base de données CRISPR génome coordonnées séquence consensus + logo unités / spacers image Pygram gènes CAS si connus