Gestion des données biologiques relatives à la dynamique et à la génétique des populations UMR R.O.S.E. En collaboration avec l ’E.I.C. : X. Bernardet.

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2 Gestion des données biologiques relatives à la dynamique et à la génétique des populations UMR R.O.S.E. En collaboration avec l ’E.I.C. : X. Bernardet & S. Ambrogio R. Boll & C. Vignal

3 Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll Pourquoi une base de données « Biopop »? sauvegarder, mettre à jour et extraire, selon une logique propre aux programmes de recherche, des données complexes de terrain et de laboratoire - 1 -

4 La base de données « Biopop » Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll - 2 -

5 Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll L ’existant : 10 ans de données expérimentales Des données à des échelles spatiales emboîtées feuilles  arbre  parcelle  site  région…… Cohérence logique insuffisante voire désuète - 3 -

6 Les objectifs : Restructuration de l’architecture des données ­ répondre aux besoins des utilisateurs ­ simplifier les phases de recherche et d’extraction ­ favoriser l’interfaçage avec les logiciels d’analyse Contrôle de la saisie ­ automatiser la vérification  pose d’index unique  contraintes d’intégrité Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll - 4 -

7 Le SGBD : Oracle (Système de Gestion de Base de Données Relationnelles) Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll - 5 -

8 Services attendus d’un SGBD : Administration cohérente de l’information Manipulation facile des données Non redondance de l’information Sécurité de l’archivage des données « Partageabilité » de l’information Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll - 6 -

9 Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll Organisation claire des données Des liaisons logiques entre tables = des relations Un type d’information = une table Une interrogation multi-table = une requête Des contrôles d’intégrité = clés et index uniques - 7 -

10 Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll ­ les scientifiques ­ les techniciens d’expérimentation ­ l’administrateur des données ­ le service informatique Les acteurs du système : - 8 -

11 Insère les données Crée les objets (tables, vues, contraintes) Veille au fonctionnement du système Crée l’architecture de la base Vérifie et met à jour les données Interroge la base de données Le scientifique Le technicien L’administrateur L’informaticien - 9 -

12 Implantation physique Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll - 10 - Serveur de Centre Solaris  Oracle SGBD  Base(s) logique(s) scientifique(s) : Biopop  Une sauvegarde chaque soir  Un archivage de 2 mois La maintenance du système est assurée par l’E.I.C.

13 Les données Biopop : restructuration Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll - 11 -

14 Organisation en ' types d’informations ' Informations administratives sur les essais Des données temporelles Caractères individuels (phénotypiques & génétiques) Données de référence des modèles de dénombrement Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll - 12 - Des données spatiales & micro-spatiales

15 CEREALES blé ARBO. pêchers citrus cyprès LEGUMES concombre courgette tomate melon poivron ORNEMENT. pitto Organisation selon la classification agronomique Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll - 13 -

16 Rel_ornement Rel_céréales Rel_arbo Rel_légumes SitesAbrev.Resp. Spa_arbo Spa_légumes Spa_céréales Ind_puceron Méthodes Essais Données ref_mod_dbtDonnées de secours Gen_resist Gen_venturia Faf_citrus Faf_pitto Faf_conc

17 Ref_i @ref rrel lig col…. @Ref rrel lig col... @Ref rel echant glig gcol... Ind_pucerons @Ref @nat @typ_var lig col…. Faf_citrus Rel_arbo Essais Ref @ref_site @org …... Resp Org nom resp tel adr…. Sites Ref_site propri contact dpt lieu... Méthodes @typ_var cult nat nota tech... Abrev Typ_var signi com... 0,* Spa_arbo 1 1 1 1 0,* 1 1 11 - 16 - 0,*

18 Exemple de requête : M. Giambroni souhaite inventorier les espèces d’hyperparasitoïdes présentes sur le puceron A. gossypii pour les citrus échantillonnés en Corse, depuis 1990. Les tables questionnées: arbo sites ind_puc abrev Les contraintes : en Corse, depuis 1990 puceron = ago hyper = Not Null Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll - 17 -

19 Inra-Antibes 08/2002 C. Vignal & R. Boll Résultat de la requête : - 18 -

20 - 19 - Tableau d’audit de la BDD Biopop

21 Audit de la BDD Biopop Nombre de tables : 24 Espace occupé par les tables : 63 Mo Espace total occupé (tables+index+vues…) : 169 Mo ( Rappel : en 1996, l’espace occupé était de 28 Mo)