20/01/15Projet Biobuilder Thibault CARRE et Pauline GARDES Mardi 20 janvier 2015 PROJET BIOBUILDER.

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1 20/01/15Projet Biobuilder Thibault CARRE et Pauline GARDES Mardi 20 janvier 2015 PROJET BIOBUILDER

2 20/01/15Projet Biobuilder 1) Niveau / cadre d’enseignement du projet ? 2) Présentation en quelques mots 3) Articulation avec programme et progression ? 4) Compétences visées et évaluation des apports du projet ? 5) Projet déjà entamé ? Sous quelle forme? Réaction des élèves ? 6) Implication d’autres disciplines dans la mise en oeuvre du projet? 7) Utilisation de pratiques innovantes comme les outils numériques ? 8) Rayonnement du projet au niveau de l’établissement et plus ? ENQUÊTE PRÉLIMINAIRE

3 20/01/15Projet Biobuilder I - Un peu de théorie 1.1 Généralités 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue ! 1.3 Et si on se lançait ? II - Application au laboratoire 2.1 Obtention des kits 2.2 Démarche d’évaluation des risques et DUO 2.3 Balade sur Biobuilder.org PLAN

4 20/01/15Projet Biobuilder 1.1 Généralités I - Un peu de théorie Qu’est-ce que la biologie de synthèse ?

5 20/01/15Projet Biobuilder 1.1 Généralités I - Un peu de théorie Qu’est-ce que la biologie de synthèse ? Construction d’un nouvel organisme vivant en utilisant de l’ADN

6 20/01/15Projet Biobuilder 1.1 Généralités I - Un peu de théorie Qu’est-ce que la biologie de synthèse ? Modification d’un organisme vivant en utilisant de l’ADN

7 20/01/15Projet Biobuilder 1.1 Généralités I - Un peu de théorie biochimiste ingénieur Matériel (souches…) Outils (enzymes…) Base de données (génome…) Démarche Standardisation Abstraction Outils But : modifier des organismes pour résoudre un problème Moyen : combinaison d’approche et de points de vue

8 20/01/15Projet Biobuilder 1.1 Généralités I - Un peu de théorie Qu’est-ce que la biologie de synthèse ?

9 20/01/15Projet Biobuilder 1.1 Généralités I - Un peu de théorie Qu’est-ce que la biologie de synthèse ?

10 20/01/15Projet Biobuilder 1.1 Généralités I - Un peu de théorie Qu’est-ce que la biologie de synthèse ? Science, 2010

11 20/01/15Projet Biobuilder 1.1 Généralités I - Un peu de théorie Qu’est-ce que la biologie de synthèse ? Science, 2010 PROBLÉMATIQUE BIOÉTHIQUE

12 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Importance du concept d’abstraction Abstraction - utiliser “parts”, “devices” et “systems” sans se soucier de leur fonctionnement…

13 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Les quatre types de “Parts”

14 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Les quatre types de “Parts” PromoterTerminatorRBSORF

15 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Les quatre types de “Parts” PromoterTerminatorRBSORF AAAATGCACCCGCTGTCGATCAAACGCGCGGTGGCGAATATGGTGGTCAACGCCGCCCGT TATGGCAATGGCTGGGTCAAAGTCAGCAGCGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCA GGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTGCGCCGGAACAACGTAAGCACCTGTTCCAGCCGT TTGTCCGCGGCGACAGTGCGCGCACCATTAGCGGCACGGGATTAGGGCTGGCAATTGTGC AGCGTATCGTGGATAACCATAACGGGATGCTGGAGCTTGGCACCAGCGAGCGGGGCGGG CTTTCCATTCGCGCCTGGCTGCCAGTGCCGGTAACGCGGGCGCAGGGCATGACAAAAGA AGGGTAATCTAGAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTTAGCCTTTCGT TTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCC

16 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Importance du concept d’abstraction Séquence d’ADN codant les “Parts” Assemblage de “Parts” en “Devices” Assemblage de “Devices” en “System”

17 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Importance du concept d’abstraction “Créons une cellule détectant l’arsenic et virant au rouge lorsque des taux dangereux sont atteints”

18 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Importance du concept d’abstraction Quels sont les “Devices” nécessaires ?

19 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Importance du concept d’abstraction Quels sont les “Devices” nécessaires ?

20 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Importance du concept d’abstraction Quelles sont les “Parts” utilisables pour construire les “Devices” ?

21 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Importance du concept d’abstraction Quelles sont les “Parts” utilisables pour construire les “Devices” ?

22 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Importance du concept de standardisation

23 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie

24 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie

25 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie

26 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie “BBa” BioBrick

27 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie E = EcoRI X = XbaI S = SpeI P = PstI M = Mixed site

28 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Importance du concept de standardisation

29 20/01/15Projet Biobuilder 1.2 “Parts” et “Devices” au catalogue I - Un peu de théorie Un petit tour dans le catalogue http://parts.igem.org/Main_Page

30 20/01/15Projet Biobuilder 1.3 Et si on se lançait ? I - Un peu de théorie What a colorful world ! Equipe iGEM de Cambridge 2009 Développement d’une “cellule rapportant la concentration d’un inducteur par coloration”

31 20/01/15Projet Biobuilder 1.3 Et si on se lançait ? I - Un peu de théorie What a colorful world ! Equipe iGEM de Cambridge 2009 Développement d’une “cellule rapportant la concentration d’un inducteur par coloration”

32 20/01/15Projet Biobuilder 1.3 Et si on se lançait ? I - Un peu de théorie What a colorful world ! Equipe iGEM de Cambridge 2009 Développement d’une “cellule rapportant la concentration d’un inducteur par coloration” Candidat : Chromobacterium violaceum (violacein) 5 enzymes d’un opéron impliquées

33 20/01/15Projet Biobuilder 1.3 Et si on se lançait ? I - Un peu de théorie What a colorful world !

34 20/01/15Projet Biobuilder 1.3 Et si on se lançait ? I - Un peu de théorie What a colorful world ! Equipe iGEM de Cambridge 2009 Développement d’une “cellule rapportant la concentration d’un inducteur par coloration” Candidat : Chromobacterium violaceum (violacein) 5 enzymes d’un opéron impliquées Modification de l’opéron pour produire un pigment vert ABCDE exprime un pigment violet ABDE exprime un pigment vert

35 20/01/15Projet Biobuilder 1.3 Et si on se lançait ? I - Un peu de théorie Importance du “chassis” Evaluation de la réponse de deux souches différentes : E.coli K12 et B What a colorful world !

36 20/01/15Projet Biobuilder 1.3 Et si on se lançait ? I - Un peu de théorie Importance du “reporter” Evaluation de la réponse de deux souches différentes : E.coli K12 et B à deux constructions différentes What a colorful world !

37 20/01/15Projet Biobuilder 1.3 Et si on se lançait ? I - Un peu de théorie Importance du “reporter” What a colorful world !

38 20/01/15Projet Biobuilder 1.3 Et si on se lançait ? I - Un peu de théorie Importance du “reporter” What a colorful world !

39 20/01/15Projet Biobuilder 1.3 Et si on se lançait ? I - Un peu de théorie What a colorful world !

40 20/01/15Projet Biobuilder 1.3 Et si on se lançait ? I - Un peu de théorie What a colorful world ! Etude des constructions…loin d’être évidente en pratique https://benchling.com/biobuilder/f/obPLb3OJqs-what-a-colorful-world/ http://parts.igem.org/Part:BBa_K274002 http://parts.igem.org/Part:BBa_K274004