22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Spm Parallel.

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1 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Spm Parallel

2 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Points traités Rappel de la problématique et du planning des développements Etat des lieux du développement Performances des travaux réalisés Développement avenir Proposition de mise en oeuvre

3 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Rappel de la problématique et du planning de développement Parallelisation « batch » –Prepocessing –Statistique Parallelisation « temps réel » Preprocessing Statistique Problématique temps réel

4 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « batch » (1) Preprocessing V1V1 VnVn... V2V2 =V ref Rv n Rv 2... Pr V Te mplate Pn Nrv 2 Nrv 1 Nrv n Nv T emplat e... Ps Snr v 1 Snr v 2... Snr v n Snv Templ ate

5 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « batch » (2) Preprocessing : Equation Vref = V 1 Pr= Parametres de realignement Pn= Parametres de normalisation Ps= Parametres de lissage

6 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « batch » (3) Statistiques –En cours d’étude

7 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « temps reel » (1) Preprocessing (Vi): Model à construire V1V1 ViVi =V ref Rv i P'r V template Nrv i Snr v i P'n P's

8 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « temps reel » (2) Preprocessing : Equation Vref = V 1 P'r= Parametres précalculer du realignement P'n= Parametres précalculer de la normalisation P's= Parametres précalculer du lissage

9 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « temps reel » (3) Statistique –En cours d’étude

10 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Problematique « temps reel » Le temps Les Algorithmes Réalisation en 2 etapes : –En 2 tuyaux d ’ execution ou pipelines: –Preprocessing –Statistiques –En temps reel

11 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Le temps Gestion du flux Contrôle et synchronisation de l ’ execution Approcher l'execution de 10 minutes

12 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Les Algorithmes Les parallélisables –Boucles sans dependances –Boucles avec dependances faibles Les parallélisables, mais sans benefices –Fonctions de convergence avec boucle de calculs Les non parallélisables –Fonction de convergence avec dependances fortes

13 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Réalisation en 2 étapes (1) Profiter des developpements batch –Creation de 2 flux d ’ execution en pipeline –Preprocessing –Statistique –En cours d’étude Realign Normalization Smooth

14 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Réalisation en 2 étapes (2) Temps reel –Mécanisme de contrôle de flux –Mécanisme de contrôle des process

15 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Etat du developpement Conception du modele de parallelisation Integration à spm99 Parallelisation du preprocessing

16 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Modele de parallelisation Modele de distribution à la demande Réduction I ViVi V i-y Chef Travailleurs... V i-x Chef... Travailleurs

17 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Integration à SPM Réorganisation de l ’ arborescence Introduction de variables d’environements Log d ’ execution sur les parties paralleles Spm parallel en quelques chiffres

18 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Réorganisation de l ’ arborescence

19 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Variables d ’ environement SPM_PATH = Chemin racine de spm SPM_MPIRUN = Mpirun choisi SPM_DEBUG = Sauvegarde ou non des parametres SPM_PARALLEL = Yes ou No SPM_MPIOPTS = Options de SPM_ MPIRUN SPM_NPE = Nombres de Processeurs ( optionnel )

20 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Log d ’ execution Fichier.log : –Realign_series_loop1.log et / ou realign_series_loop2.log –Spm_loop_sn_a.log ou spm_loop_sn_na.log –Smooth_ui_loop.log Exemples /home/gvetois/Developpement/spm_parallel/shells/spm_loop_sn.bash 2 /scr/Gerald_data/Preproc Begin of non affine transformation sam sep 16 19:49:10 CEST 2000 sam sep 16 21:15:38 CEST 2000 End of non affine transformation

21 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Quelques chiffres

22 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation de preprocessing(1) Realignement ( 75 % parallelisé )  Registering Images  Registering Images to Mean –Computing available voxels –Reslicing

23 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation de preprocessing(2) Normalisation ( 95 % parallelisé )  Resampling ( n-1 ) –Computing available voxels

24 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation de preprocessing(3) Lissage ( 100 % parallelisé )  Smoothing

25 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Performance des travaux Preprocessing: –Machines de développement –Test sinc: Réalignement, Normalisation(Sinc), Lissage –Test tri: Réalignement, Normalisation(trilineaire),Lissage

26 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Machines de developpement AMD K6/500 128Mo 10Go Disk –Linux RedHat 6.1 + Matlab 5.3 + LAM –Réseau 100BaseTx ( Dlink 530Tx ) AMD K6/400 64Mo 255Mo Disk –Linux RedHat 6.1 + LAM –Réseau 100BaseTx ( Dlink 530Tx ) Equivalent 900Mhz=400+500

27 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Test sinc

28 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Test tri-lineaire

29 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Developpement Avenir Réintegration des spm_progress_bar Finalisation du réalignement et de la normalisation Mise en pipeline du Preprocessing Paralellisation des Statisques Finialisation du modules temps reel

30 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Proposition de site Drive Disques M1. Mn IRM Cluster Switch Batch Tps Rèel M0M0... Switch S0S0 S1S1 SmSm

31 22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Proposition de partenariats Distribution des binaires Distribution des sources Partenariat constructeurs