De E-Biomed à PubMed Central, Biomed Central, High Wire Press, … 1998, 1999, 2000,… Initiatives publiques et privées, conséquences des nouveaux modes de.

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1 De E-Biomed à PubMed Central, Biomed Central, High Wire Press, … 1998, 1999, 2000,… Initiatives publiques et privées, conséquences des nouveaux modes de diffusion des connaissances et de collaboration

2 Contexte La publication électronique est un nouveau mode de fonctionnement et non le transfert sur support électronique du support papier Les résultats de recherche sont souvent contenus dans des données quantitatives, des graphes, des images, des données brutes et des produits biologiques quil faut enregistrer, maintenir et rendre accessibles Le concept de publication doit évoluer, pour prendre en compte les nouvelles technologies et les nouvelles collaborations, ce qui nécessite reproductibilité, évaluation, liens dynamiques entre banques de données,…

3 En conséquence Quelques grandes évidences du mode de diffusion électronique des connaissances scientifiques du secteur biomédical Le manuscrit soumis doit contenir toute linformation et les liens avec les références, les réseaux et bases de données connexes Il faut un format unique, tel celui mis en place pour les banques de séquences, structures,…(SGML, XML,…) sous-jacent à la sélection et la visualisation de pages html

4 Ce format unique devra simposer, pour permettre la mise en place darchives vivantes et doutils de recherche, non plus de documents, mais de sections de poids variable dinformations pertinentes Les publications électroniques sont très étroitement liées au développement des bases de données (en médecine, santé, biologie moléculaire et cellulaire, microbiologie,…) à harmoniser, préserver et rendre accessibles Des résultats de recherche proviennent de lapprentissage et de lutilisation de techniques (ex: Maniatis, SAGE) qui font partie des connaissances Les commentaires, revues et opinions sont liés aux publications électroniques

5 En conclusion Laccès et le traitement informatique font partie intégrante de la recherche biomédicale (projets et financements) Les structures finançant la recherche doivent participer activement à la coordination internationale

6 De E-Biomed à PubMed Central (mars 2000)

7 Début 1999, les NIH et le NCBI-NLM lancent lidée de mise en place dun système de publication électronique dans le domaine biomédical et les disciplines connexes Annonce publique, le 24 mai 1999, sur Internet par H. Varmus Http://www.nih.gov/welcome/director/ebiomed/ebiomed.htm Le système proposé correspond à la mise à disposition de rapports de recherche complets, libres daccès sans souscription, sans coût pour les utilisateurs Sont concernés les manuscrits peer reviewed. Les manuscrits non évalués seront gérés indépendamment

8 Leurs quelques objectifs explicites ou implicites Le coût des publications ou de laccès aux données de la recherche doit diminuer ou être maintenu au niveau actuel, tenant compte de laugmentation très importante du volume de données produites dans le domaine biomédical Les délais de sélections et de diffusion des résultats publiés actuellement doivent être diminués, en tenant compte des moyens de traitement électronique Une bonne visibilité doit être assurée à tout article par lutilisation de moteurs de recherche et dune structure unique

9 Une mise à disposition immédiate et un archivage accessible doivent être garantis Permettre des échanges et des collaborations autour des informations accessibles, qui deviennent des sujets vivants Assurer les liens avec les différentes natures de données et les bases de données Organiser et préserver lévaluation scientifique et la politique scientifique des organismes finançant la recherche Préserver la propriété intellectuelle des auteurs et des structures finançant la recherche

10 Les NIH paient plus de 100 M$ par an pour les abonnements Le coût total des publications électroniques serait de 2 à 3 M$, ce qui reviendrait à un coût estimé par article de 200-1000 $ y compris la prise en charge de lévaluation La nouvelle structure serait gérée par un conseil comprenant 4 Américains 1 pour lAfrique 4 Européens 1pour lAmérique du Sud 2 pour lAsie 3 représentants des sociétés savantes 3 représentants des groupes commerciaux 3 représentant du secteur public et de juristes 2 représentants des bibliothèques

11 Les plus vives discussions on porté sur : la qualité scientifique des documents diffusés la diffusion dinformations cliniques la faillite du système dédition actuel et des sociétés savantes. lidentité des journaux et le besoin dune hiérachie la création dune nouvelle structure ou lévolution de lexistant

12 La NLM et les NIH ont décidé de développer le projet PubMed Central Ce serveur permettra laccès complètement libre aux publications dans le domaine des sciences de la vie Les soumissions se feraient sur BioMed Central ou par les revues existantes Il ne contiendra que des données primaires issues de la recherche après peer reviewing Un site associé PubMed Express contiendra les manuscrits non peer reviewed but screened Lintérêt dun tel site nest pas vraiment confirmé - sa mise en place est donc différée

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14 Le site est actuellement en développement pour la définition et la mise en place dun format général unique et doutils dinterrogation

15 budgetLe budget de PubMed Central : 2,5 M$ en 2000 reconduits en 2001 Pour plus de la moitié consacré aux salaires, le reste aux équipement et logiciels Les manuscrits en SGML ou XML sont acceptés selon un format unique (ceci est modulable) Ces documents sont gérés par une base de données relationnelle et convertis en HTML en temps réel

16 BioMed Central Une structure commerciale de publication électronique, assurant lévaluation de résultats de recherche primaires dans le domaine des sciences de la vie http://www.biomedcentral.com

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20 BioMed Central (BMC) est une nouvelle société commerciale, filiale du Current Science Group ayant pour objectif dêtre complémentaire de PubMed Central BMC accepte les soumissions de manucrits originaux en biologie et médecine, même déjà accessibles sous forme de preprint Les articles sont peer reviewed par des experts des cinquante domaines identifiés Le financement de BMC se ferait par la valeur ajoutée (offres de prestations, de logiciels, de services)

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29 HighWire Press Une structure (Stanford) contractuelle fournissant laccès aux journaux sur plusieurs années (DL): références bibliographiques et archives en texte complet par interrogation en langage naturel

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33 A suivre...