Les logiciels au laboratoire de Biologie Structurale Principe Organisation Accès Documentation.

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1 Les logiciels au laboratoire de Biologie Structurale Principe Organisation Accès Documentation

2 Un programme Commande système : –ls, cp, netscape, etc. –se trouve en /sbin, /bin, /usr/bin, /usr/local/bin, etc. –est toujours accessible Logiciel installé : –cns, setor, truc, etc. –se trouve en /biolo/cns, ~/bin, /home/ripp/truc, etc. –est visible à condition dêtre dans le bon environnement...

3 Les ordinateurs

4 Lespace disque /home/ripp /work/ripp /biolo /tools /local –sur DEC /biolo = /dec/biolo –sur SGI /biolo = /sgi/biolo –etc. –/local = /usr/local

5 Cest quoi une commande ? alias –gcg8, setcns Les alias définis dans : – /etc/csh.cshrc /tools/settools.com /biolo/setbiolo.com –~/.cshrc ~/.aliases vos propres alias fichier exécutable –ls, cns, o, … Le fichier est accessible en temps que commande si le répertoire dans lequel il se trouve est cité dans le path ( echo $path )

6 setxxxx Nous avons défini les alias setxxxx pour mettre à jour le path positionner des variables denvironnement –fichiers pris par défaut –valeurs initiales, etc. Pour comprendre : which setxxxx cat /biolo/xxxx/setxxxx.com

7 Un exemple setcns (source /biolo/cns/setcns.com) set sys=`uname -s` if ( $sys == OSF1 ) set archi="dec-alpha-osf-4" if ( $sys == IRIX64 ) set archi="sgi-r8k10k-irix-6.2" unalias cnsrempath /biolo/cnsdev/$archi/object_library rempath /biolo/cns/object_library rempath /biolo/cns-0.3/object_library setenv CNS /biolo/cns-0.4 <<< important setenv CNS_PRELIB $CNS/prelib... setenv CNS_HELPLIB $CNS_LIB/help source $CNS/$archi/arch_env addpath $CNS/$archi/object_library <<< le path addpath $CNS/$archi/utils <<< le path alias cns_help $CNS/bin/cns_help <<< dautres alias cns_header $CNS/bin/cns_header <<< alias alias cns_info 'cat $CNS/bin/cns_info' lsx -C $CNS/$archi/utils

8 /tools /tools/endian /tools/java /tools/latex2html /tools/mpack /tools/mpeg /tools/perl /tools/povray /tools/raster3d /tools/raster3d-2.0 /tools/raster3d-2.3b /tools/rayshade /tools/rrtools /tools/sced /tools/tex /tools/tiff /tools/timt /tools/urt /tools/xfig /tools/Rlangage /tools/aptools /tools/caldera /tools/iditis /tools/jmwtools

9 /biolo 6d_mapman ALS ClustalW1.6 Midas Modeller2 Mopac93 Namot2 NucA Oml Pratt ProsaII3.0 Unichem3.0 Vrp Xray-s adxv arp babel-1.6 ballascope bbdep94 bbdep96 bin biotk cactvtools cathsift ccp4 clustalx cns-0.5 cnsdev confor connolly critxpl databases dejavu_etc dejavu_sgi delphi denzo1.9.1 denzonew dino discus-2.02 dm dmmulti drawna ds dssp fragment grasp grs heavy hkl2000 i2tif iditis lgglib ligplot4.0 maps maputils mar marx modeller molscript molsoft mosflm msi msms namot2...

10 … /biolo ncbi newsetor norman novel_r nuclin-nuclsq o omac oops_all oprg over6 over622 pattern phases predict procheck profile3d promotif-v2.0 qdb rasse3.1 rave_doc rave_irix6 rave_r10k rave_sgi replace ribbons rnaang roadmap rotamer saps sas seg setor setup sfcheck.5.3 sftools sharp shelx sprout3.0 strategy threader tom trna uhbd vmd voidoo_etc voidoo_sgi whatif xds xds1997_aout xplor xplor64 xrayview xtalview xutil_etc xutil_irix6 xutil_sgi

11 Que fait chaque logiciel ? … sil y avait de la doc pour chacun, … dans un fichier Abstract, … au bon format …………………… …………….. Ça se saurait !

12 Pour le moment … on a … des fois des README, TUTORIALs, WUP, … peut-être des répertoires Doc … des pages man ………………………. ou rien les fichiers dinstallation Alire.rr (et autres)

13 file:/home/ripp/html/labo/leslogidulabo.dir Vous y trouverez –les README de /biolo et /tools –les *.doc –les fichiers dinstallation Alire.rr Cest en vrac … Cest à jour aujourdhui...

14 Alors nhésitez pas à fouiller dans les répertoires /biolo/…, à écrire le fichier Abstract.xx, à documenter sous HTML, à faire part de vos remarques.... merci.

15 De plus, il y en a... … chez chacun. Il faut donc : –les centraliser sur /biolo/machin/… (vous en serez propiétaire responsable) –les documenter (un peu) … ailleurs. –les essayer –les installer