Gscope Programmation - Architecture Conventions, trucs et astuces Projets Qui fait quoi...

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1 Gscope Programmation - Architecture Conventions, trucs et astuces Projets Qui fait quoi...

2 Aperçu général Gscope est... –un ensemble de procédures « indépendantes » –un outil de visualisation –un outil de traitement automatisé –une boîte à outils Comment sen servir... –setgscope Pabyssi –... Comment programmer...

3 Environnement sous Unix setgscope Pabyssi version GrandPublic –/biolo/gscope/gscope.tcl –/biolo/gscope/*.tcl –/biolo/gscope/gscope_contrib/*/*.tcl setgscoperr Pabyssi version DeTravail –/home/ripp/gscope/gscope.tcl –/home/ripp/gscope/*.tcl –/home/*/gscopublic/*.tcl positionne les variables –tcsh $GSCOPEDIR (et tcl $GscopeDir ) –tcsh $REPERTOIREDUGENOME en tcl $RepertoireDuGenome... ou mieux [RepertoireDuGenome] –le path ( pour les programmes extérieurs,...)

4 Gscopublic vs Gscoperso / home/ripp/gscope/gscope.tcl –/home/ripp/gscope/gscope_source.tcl /home/ripp/gscope/gscope*.tcl –/home/CHACUN/gscopublic/gscope_CHACUN.tcl –~/gscoperso/gscope_source.tcl si une fonction ne convient pas... la copier dans son gscoperso, la modifier, la remettre dans ~ripp/gscope ( ! gscopublic ne suffit pas ! ) dans gscopublic il y a un script vers_biolo qui envoie les *.tcl vers /biolo/gscope_contrib

5 Découper Gscope Utiliser le strict nécessaire –qui appelle qui... ? –impossible en automatique Y penser en programmant Comment faire ?

6 Qui est gros ? ~carles 14000 ~chalmel 30000 ~jmuller 7500 ~lardenoi 1100 ~lecompte 3200 ~prigent 6000 ~ripp 60000 ~finton 4000 ~moumou 21000 (ordali) 10000 (elsa)... et le reste 100 000 lignes 3433 procédures 178 databases gscope 212960 sequences 142 GO sur /genomics

7 Exécution gscope LaFigureAutomatique Nature gscope UneFonction argument1 argument2 gscope Action UneFonction arg1 arg2 –gscope puts DefinitionRapide PABY1245 –gscope yes DbClustalPourTous gscope

8 Que fait Gscope ? outils informatiques –IntegerApres –NiceDate outils « bio-informatique » –SequenceFormatTFA –AAduCodon ATG outils de visualisation –AfficheFichier toto –UnCanva outils de traitement –CompleteLaDatabase –DbClustalPourTous –ProtocoleEukaryotPourDNA –CreeStartCodonReport outils de stockage creation html –Html_BeginBody –WelcomeToWscope –SiteWscope lecture XML –ValeurDeLaBalise –ProchaineBalise –... on attend Luc avec TclXml –... je lis « Comprendre Xslt » Café des Sciences –QuestionDeScience pour gscope, wscope, et autres

9 Gscope ma traiter ! Génome –adn brut –protéome +? adn –déjà annoté ou non Collection –adn, cdna, cds, mRna –protéines –alignements –oligos –…–… Pour –annoter –classer –étudier –chercher des cibles –localiser –comprendre –promouvoir –webservir –basededonner –... et ranger

10 Vous avez dit « objet »... Une fonction - une proc – un objet Interrogation Chargement si existe Stockage Calcul pour tous... à +

11 Quelques principes... PI Nom DbClustal Nom DbClustalPourTous Comment se déclenchent les procédures ? BlastP Nom ProtocolePourProteines BlastPPourTous En autogestion Daprès un plan préétabli

12 Gscope gestionnaire de base de données On peut tout lui demander –set DE [Definition PABY1952] –gscope puts Definition PABY1952 –qds Pabyssy Definition PABY1952 –http://saiph/gscope_server?FileMoi&Definition&PABY1952 –en tcl, par shell script, en tcl, par socket, par web –il est facile de lire ou décrire du Excell, Access … Il peut varier ses sources –ContenuDuFichier /genomics/Pabyssi/nuctfa/PABY1952 peut se transformer en une requête SQL –Sauve $Res dans/genomics/Pabyssi/fiches/res.txt aussi Parce que nous pouvons programmer les interfaces Ce qui compte ce sont les données des bases Gscope

13 Les Grands Chantiers DaedalusHits –depuis quon veut tout savoir sur tous les homologues du blast –SRS est plus rapide, mais … sil nest pas là... ? –TaxId et autres mais doit être propager dans tout Gscope Protocoles –généraux (génome, collection de protéines, de cDNAs) –par ex. CDS dune protéine dun access ou dune séquence approximative pour de ladn high quality ou autre. HTML, XML, TclXML –ça marche mais … –... faut se projeter très loin.

14 Etat des lieux Ce que chacun a fait, ou sait faire Ce quil voudrait De la doc... http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/gag/index.html à lire et à rédiger. Hopla !

15 Calendrier... Fiches descriptives sur Web XML Install « automatique » ailleurs in2p3...