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C. Moreno, O. Filangi, H. Gilbert, A. Legarra, P. Le Roy, J.M. Elsen
Modèle de détection de QTL LD/LDLA prenant en compte des haplotypes d’origines différentes C. Moreno, O. Filangi, H. Gilbert, A. Legarra, P. Le Roy, J.M. Elsen
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Pourquoi? Lorsqu’on considère des croisements entre races, un même haplotype par état peut avoir une histoire DL différente entre les races Exemple: INRA401 pas de sélection sur la résistance au parasitisme BB sélection naturelle (lente) pour la résistance au parasitisme (milieu tropical) Les haplotypes de résistance/sensibilité sont-ils les mêmes quelque soit la race malgré leur histoire différente?
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L’idée de base Prendre en compte l’origine raciale de l’haplotype si elle est connue pour différentier un même haplotype IBS venant de races différentes.
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Modèle Utilisation du modèle Legarra and Fernando (2009) modifié et programmé dans QTLMAP par Elsen : Definition des haplotypes courts IBS (max 5 marqueurs k=1,nh) présents chez les parents ayant chacun un effet haplo(k) 2 MODELES DISPONIBLES dans QTLmap: LD: estimation des effets haplo(k) après avoir déterminé la transmission des haplo parentaux chez les descendants LDLA: Y= estimation simultanée des effets haplos (IBS) et de l’effet QTL (LA: effet QTL pere et/ou mere estimé conditionellement à la transmission entre parent et des )
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Modification de QTLMAP
Pré requis 1: Implémentation des races pour les individus de races pures (parents ou grands parents) en entrée Pré requis 2: Génotypages des ancêtres de race pure pour les parents issus de croisement Le vecteur contenant les haplotypes parentaux IBS haplotypes différents et haplotypes identiques et issus de races différentes Création d’un vecteur race de l’haplotype
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Comment indiquer à QTLMAP un modèle LD race?
Prérequis : Donner des parents ou grands parents de races pures Connaitre le génotype d’au moins l’un des grands parents Donner le nom du fichier origine des populations dans le fichier paramètre: in_pop= breed_file Pedigree file Population file Ne peut être utilisé qu’avec les méthodes LD/LDLA
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Quelles sorties peut-on avoir?
Haplotypes effects AAAA(race=2, freq=0.14) yes GAAA(race=2, freq=0.03) yes AGAA(race=2, freq=0.18) yes GGAA(race=2, freq=0.03) yes AAGA(race=2, freq=0.02) yes GAGA(race=2, freq=0.10) yes AGGA(race=2, freq=0.03) yes GGGA(race=2, freq=0.01) yes AAAT(race=2, freq=0.05) yes GAAT(race=2, freq=0.01) yes AAGT(race=2, freq=0.15) yes GAGT(race=2, freq=0.22) yes AGGT(race=2, freq=0.03) yes AAAA(race=1, freq=0.50) yes GAAA(race=1, freq=0.25) yes AGAA(race=1, freq=0.25) yes
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Quelles applications concrètes?
Des croisements: F2 ou BC Des mélanges de races On peut aussi détourner le modèle pour regarder des effets haplotypiques venant de : sexes différents, d’environnements différents…
