C. Moreno, O. Filangi, H. Gilbert, A. Legarra, P. Le Roy, J.M. Elsen

Présentation au sujet: "C. Moreno, O. Filangi, H. Gilbert, A. Legarra, P. Le Roy, J.M. Elsen"— Transcription de la présentation:

1 C. Moreno, O. Filangi, H. Gilbert, A. Legarra, P. Le Roy, J.M. Elsen
Modèle de détection de QTL LD/LDLA prenant en compte des haplotypes d’origines différentes C. Moreno, O. Filangi, H. Gilbert, A. Legarra, P. Le Roy, J.M. Elsen

2 Pourquoi? Lorsqu’on considère des croisements entre races, un même haplotype par état peut avoir une histoire DL différente entre les races Exemple: INRA401  pas de sélection sur la résistance au parasitisme BB  sélection naturelle (lente) pour la résistance au parasitisme (milieu tropical) Les haplotypes de résistance/sensibilité sont-ils les mêmes quelque soit la race malgré leur histoire différente?

3 L’idée de base Prendre en compte l’origine raciale de l’haplotype si elle est connue pour différentier un même haplotype IBS venant de races différentes.

4 Modèle Utilisation du modèle Legarra and Fernando (2009) modifié et programmé dans QTLMAP par Elsen : Definition des haplotypes courts IBS (max 5 marqueurs k=1,nh) présents chez les parents ayant chacun un effet haplo(k) 2 MODELES DISPONIBLES dans QTLmap: LD: estimation des effets haplo(k) après avoir déterminé la transmission des haplo parentaux chez les descendants LDLA: Y= estimation simultanée des effets haplos (IBS) et de l’effet QTL (LA: effet QTL pere et/ou mere estimé conditionellement à la transmission entre parent et des )

5 Modification de QTLMAP
Pré requis 1: Implémentation des races pour les individus de races pures (parents ou grands parents) en entrée Pré requis 2: Génotypages des ancêtres de race pure pour les parents issus de croisement Le vecteur contenant les haplotypes parentaux IBS  haplotypes différents et haplotypes identiques et issus de races différentes Création d’un vecteur race de l’haplotype

6 Comment indiquer à QTLMAP un modèle LD race?
Prérequis : Donner des parents ou grands parents de races pures Connaitre le génotype d’au moins l’un des grands parents Donner le nom du fichier origine des populations dans le fichier paramètre: in_pop= breed_file Pedigree file Population file Ne peut être utilisé qu’avec les méthodes LD/LDLA

7 Quelles sorties peut-on avoir?
Haplotypes effects AAAA(race=2, freq=0.14) yes GAAA(race=2, freq=0.03) yes AGAA(race=2, freq=0.18) yes GGAA(race=2, freq=0.03) yes AAGA(race=2, freq=0.02) yes GAGA(race=2, freq=0.10) yes AGGA(race=2, freq=0.03) yes GGGA(race=2, freq=0.01) yes AAAT(race=2, freq=0.05) yes GAAT(race=2, freq=0.01) yes AAGT(race=2, freq=0.15) yes GAGT(race=2, freq=0.22) yes AGGT(race=2, freq=0.03) yes AAAA(race=1, freq=0.50) yes GAAA(race=1, freq=0.25) yes AGAA(race=1, freq=0.25) yes

8 Quelles applications concrètes?
Des croisements: F2 ou BC Des mélanges de races On peut aussi détourner le modèle pour regarder des effets haplotypiques venant de : sexes différents, d’environnements différents…