A L I M E N T A T I O N A G R I C U L T U R E E N V I R O N N E M E N T Groupe Méthode – 08/09/09 TACHE 6 EXPERIMENTAL DESIGN Point à lissue de la précédente.

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1 A L I M E N T A T I O N A G R I C U L T U R E E N V I R O N N E M E N T Groupe Méthode – 08/09/09 TACHE 6 EXPERIMENTAL DESIGN Point à lissue de la précédente réunion : Quand on a un protocole LA organisé en familles, vaut-il mieux lenrichir avec de nouvelles familles ou de nouveaux individus/famille ? -> Dana Est utile dorganiser le protocole en famille comme pour le LA puisque la plupart des méthodes LD supposent un non apparentement ? ->Simon Quid des croisements de race ? ->Carole Tout cela mesuré en terme de robustesse/puissance/précision de la localisation

2 A L I M E N T A T I O N A G R I C U L T U R E E N V I R O N N E M E N T Groupe Méthode – 08/09/09 1 - Rajouter des individus à un protocole LA (Dana) A partir de simulations fondées sur un protocole « réel » Comparaison LA / LDLA avec ajout de famille/produits par famille Problème de convergence M&G version lait-jouy Pas de conclusions possibles à ce jour Tentative dessayer LDLA Legarra,Fernando 2009 de QTLMAP

3 A L I M E N T A T I O N A G R I C U L T U R E E N V I R O N N E M E N T Groupe Méthode – 08/09/09 2 – Les apparentements dans les protocoles LD ? (Simon) Déterminer la robustesse et la puissance des méthodes « simples » uni-SNP que tout le monde utilise en présence dapparentements (volontaire=famille ou involontaire=ancêtres communs) LD : Regression, Grammar LDLA : QTDT Fait algébriquement (présentation QTLMAS2010) Reste : FASTA (version améliorée de grammar GenAbel) Dernières vérifications simulations HW ? Ecriture article définitif Répondre à la question famille / non famille en LD/LDLA uniSNP?

4 A L I M E N T A T I O N A G R I C U L T U R E E N V I R O N N E M E N T Groupe Méthode – 08/09/09 3 – Les protocoles en croisement ? Carole ? Biblio ? Questions qui demeurent ?

5 A L I M E N T A T I O N A G R I C U L T U R E E N V I R O N N E M E N T Groupe Méthode – 08/09/09 Extensions Situations de protocole étudiées Familles + produits extrêmes intra famille Méthodes étudiées Etude théorique il manque « haplotypes » Manque la précision de la localisation: modèle génétique SNP/QTL