T&R 4 juin 2010 Rules&Tools Tâche 2: modelling LD and estimating IBD GABI: Didier Boichard, X1=Pilar Schneider, Hélène Gilbert SAGA: Jean-Michel Elsen,

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1 T&R 4 juin 2010 Rules&Tools Tâche 2: modelling LD and estimating IBD GABI: Didier Boichard, X1=Pilar Schneider, Hélène Gilbert SAGA: Jean-Michel Elsen, Carole Moreno, Simon Teyssèdre

2 T&R 4 juin 2010 Objectifs Amélioration des méthodes de prise en compte du DL

3 T&R 4 juin 2010 Sous tâche 1: Description du DL et estimations de proba IBD (1) Méthodes didentification des allèles QTL identiques status IBS ou similarité (Li et al, 2006), histoire des populations (HapIm, M&G), informations population (FastPhase, Beagle, Tom? Cleaveland & Hickey?) Exploration des techniques statistiques Exploration des tailles dhaplotypes ( quelle efficacité à lexhaustivité? )

4 T&R 4 juin 2010 Sous tâche 2: Utilisation des informations pedigree pour lestimation de lidentité Relations de parentés connues entre les fondateurs génotypés Ex : Parentés/structurations de populations pour pondérer des probabilités de status IBS

5 T&R 4 juin 2010 Sous tâche 3: Quelle approche spécifique aux croisements expérimentaux LD intra race et entre race co-existent Utilisation de lorigine raciale pour distinguer des haplotypes deux ou trois générations génotypées (croisements expérimentaux …)

6 T&R 4 juin 2010 Travail biblio Développements algébriques Code Tests des propriétés sur simulations Applications aux données réelles Homogénéisation avec tâches 1 et 5 Sous tâches 1&2&3: approches

7 T&R 4 juin 2010 Sous-tâches 1 et 2, dès janv 2010 Étape 1: investigation biblio + propriétés des méthodes Étape 2 : comparaison sur simulations Étape 3: comparaison sur un set de pedigree réels contrastés Liens forts avec les tâches 1, 5 et 6, 3 et 4 Pilar

8 T&R 4 juin 2010 biblio mesures IBD/utilisation pedigree Li et al, BMC Bioinformatics 2006 BEAGLE: Druet et Georges, Genetics 2010 FastPhase: Guan et Stephens 2008, Scheet et Stephens 2006 acquisition méthodes propriétés M&G, clustering et (AI) REML Pilar

9 T&R 4 juin 2010 structuration en haplotypes chez les fondateurs LD et LDLA daprès L&F tests en cours quelles simulations pour le LD? JM / QTLMAP