Matrices.

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1 Matrices

2 Étude de la diversité génétique intraspecifique
Typer individus non apparentés Marqueurs moléculaires

3 Représentation des génotypes dans un tableau (Exel)

4 Équilibre de Hardy-Weinberg

5 Mis en évidence en 1908 par G.h. Hardy et W. Weinberg
Les fréquences alléliques et genotypiques restent stable de génération en génération dans une population diploïde idéale

6 Condition de l’équilibre de Hardy-Weinberg
La population est panmictique : le choix du conjoint se fait de manière aléatoire Tous les individus participant au processus de reproduction appartiennent à la même génération La population est isolée : aucun gène n'est introduit par des migrants extérieurs La taille de la population est infinie Il n'y a pas de mutation au locus considéré 6 Il n'y a pas de sélection agissant sur le locus considéré Il faudra quelques années pour fonder la génétique des populations. En 1908, la loi dite de Hardy et Weinberg, permettant de calculer les fréquences génotypiques dans une population à l'équilibre, est proposée indépendamment par le mathématicien anglais Godfrey H. Hardy ( ) et le médecin allemand Wilhelm Weinberg ( ).

7 Loi de Hardy-Weinberg:
Equilibre de la fréquence des allèles et des génotypes au cours des générations. Fréquence allélique F Gamète 1 Gamète 2 A (p) a (q) AA Aa aa Cas d’un locus bi-allélique Fréquence génotypique p2+2pq+q2=1 Soit A et a, deux allèles de fréquence respectivement p et q. Avec : p² :la fréquence d'un génotype homozygote AA pour leux alléles q² : la fréquence d'un génotype homozygote aa pour leux allèles 2pq : la fréquence d'un génotype hétérozygote Aa La loi d'Hardy-Weinberg est : Dans une population isolée d'effectif limité, non soumise à la sélection, et dans laquelle il n'y a pas de mutations, les fréquences alléliques restent constantes. Si les accouplements sont panmictiques, les fréquences génotypiques se déduisent des fréquences alléliques. Cette loi décrit la structure génétique de nombreuses populations pour lesquelles les hypothèses de départ ne sont pas prospectées. Construction des courbes de prédiction des fréquences génotypiques.

8 Prédiction des fréquences génotypiques de la génération t+1 à partir des fréquences alléliques de la génération t Génotype : l’ensemble des allèles d’un individu l'axe horizontal indique les deux fréquences d'allèle p et q, l'axe vertical indique la fréquence des génotypes les trois génotypes possibles sont représentés par des courbes différents

9 Pour un système multiallèlique à n allèles la formule devient (p1 + p2 +… pn )2 = 1. fAiAi = Pi2 fAiAj = PiPj

10 GENPOP (version 1.2) ( Raymond et Rousset 1995) deux estimation de Fis(mesure l’écart à la panmixie à l’intérieur des populations):une basée sur le modèle de Weir et Cockerham’s (1984) et la deuxième sur le modèle de Robertson et Hill (1984)

11 Fis=1-Ho/Hs Ho: hétérozygotie moyenne observée Hs: hétérozygotie intra-population sous l’hypothèse de Hardy-Weinberg

12 Test d’excès d’hétérozygotes
Ho: absence d’excès en hétérozygotes H1: présence d’excès en hétérozygotes Test de déficit en hétérozygotes Ho: absence de déficit en hétérozygotes H1: présence de déficit en hétérozygotes

13 Ho rejetée Valeur de Fis > P calculée H1 acceptée Valeur de Fis < P calculée Ho acceptée
P est estimée utilisant la méthode des chaines de Markov (Guo et Thompson)

14 facteurs affectant l’équilibre
Dérive génétique Pression sélective Migration Mutation

15 Dérive génétique Fluctuation des fréquences géniques d’une génération à l’autre à l’intérieur d’une population fermée (à faible effectif) diminution du taux d’hétérozygotes

16 pression sélective Les individus n’ont pas la même probabilité de devenir reproducteurs et/ou n’ont pas, une fois reproducteur la même espérance de taille de descendance. Evolution orientée des fréquences géniques

17 Migration évolution rapide des fréquences géniques Homogénéisation génétique À sens unique Echange entre deux populations

18 Mutation Le rythme d’évolution des fréquences est très lent Sélection et la dérive génétique

19 facteurs affectant l’équilibre
Croisement consanguin Homogamie Biais d’échantillonnage, Biais d’enregistrement des généalogies Insémination artificiel Allèle nul Effet père