Phylogénie et distances génétique

Présentation au sujet: "Phylogénie et distances génétique"— Transcription de la présentation:

1 Phylogénie et distances génétique

2 Historique Ernst HÆCKEL en 1866
formation des espèces animales et végétales au cours du temps

3 Domaine de la biologie évolutive
la recherche des relations de parenté entre taxons Classiquement représentées par un arbre de classification

4 Arbre phylogénétique Figure en deux dimensions constituée de: racine
branches nœuds: internes terminaux

5 Taxon décrit par une combinaison d’états de caractères permettant de le caractériser
Un attribut observable sur tout ou partie des taxons étudiés hypothèse qu’il est le résultat d’une ascendance commune. Morphologique, biochimique ou moléculaire

6 Méthodes de reconstruction phylogénétique
Méthode de maximum de vraisemblance (probabiliste) Méthode de parcimonie ou la cladistique Méthode de distances ou la phénétique

7 Méthode de parcimonie Cladogrammes
Un caractère en état ancestral ou dérivé Partage de caractères dérivés Retient le ou les arbres qui présentent la longueur minimale.

8 Méthode de distances Phénogrammes
Calcul d’une distance évolutive entre chaque paire de taxons MATRICE Deux méthodes de reconstruction: UPGMA Neighbor joining

9 Application aux populations d’une même espèce
Afin de synthétiser l’information qui renseigne sur la proximité ou l’éloignement des populations A partir des fréquences alléliques pour un ensemble de marqueurs

10 Distances Génétiques Quantifie le degré de divergence génétique entre unités taxonomiques (populations, espèces, ...) prises deux à deux Nulle pour deux populations ayant des fréquences alléliques rigoureusement identiques au niveau de tous les loci observés

11 Maximale pour deux populations qui n’ont aucun allèle en commun
Différents indices de distance développés sur la base de différents modèles d'évolution moléculaire et/ou de différenciation entre unités taxonomiques Exemples: Nei 1972 : Calcule les distances génétiques entre populations. Sans correction de biais Nei 1978: Calcule D en introduisant une correction pour le biais d'échantillonnage d'individus

12 Évaluation de la validité d’un arbre
Procédure du Bootstrap Réechantillonage Répété de 100 à 1000 fois Un arbre consensus à partir de tous les sous-arbres