Télécharger la présentation
La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez
1
BLAST parallélisé avec une banque de protéines Comparaison avec BLAST sur n machines du protéome de la levure (fichier dentrée de 5 Mo, divisé en n fichiers) contre lui-même. Ensuite MSPcrunch, un parser reduisant la taille des fichiers de sortie (total de 400 MO => 70 Mo) Concatenation des fichiers de sortie dans le fichier de résultats sur la machine du biologiste. Utilisation de Globus pour copier et installer les fichiers et les algorithmes, mais aussi pour les lancer et nettoyer les machines.
2
Resultats du BLAST parallélisé sur la grille BLAST + MSPcrunch sur 1 machine à travers Globus (Marseille) : 3h00 Script (BLAST parallélisé + MSPcrunch) sur 3 machines (2 Clermont + 1 Marseille) : 1h00
3
Limites de BLAST et GLOBUS BLAST nouvre pas les fichiers dentrée (de sequences et de BD) via https. Créer un package dinstallation. Le nom de la machine hôte doit être connu. Créer un fichier de configuration avec le nom des machines. Globus ne déplace pas plusieurs fichiers. Enchaînement de commandes Développer par exemple un script shell
Présentations similaires
