Standard transgenesis –this involved microinjecting DNA into a fertilized egg (mouse) –some fraction of embryos undergo integration of DNA into genome.

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1 standard transgenesis –this involved microinjecting DNA into a fertilized egg (mouse) –some fraction of embryos undergo integration of DNA into genome

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13 Le principe « Affymetrix » AAAAAAAAAA ARNm 5’3’ « 11 à 16 » paires d’oligonucléotides (25) Oligonucléotide 25 bases hybridation parfaite (PM) Oligonucléotide 25 bases hybridation imparfaite (MM)  Après traitement de l’image il y a 22 à 32 valeurs par échantillon

14 Test de spécificité Tm °C %Libre 50 PM MM 75 MM PM 16 paires (11 Nvx) = « Probe set » Situation idéale … « Probe pair »

15 Qualification d’un « probe set » - I R = (PM - MM) / (PM + MM) Discrimination score 102030405060708090100 80 MM PM Discrimination score + -  0102030405060708090100 0 0.2 0.4 0.6 0.8 - 0.2 1 MM

16 Qualification d’un « probe set » - II 2- Appliquer un test de Wilcoxon des rangs signés (unilatéral) en testant les R n contre  (0.015) MM PM 16 paires (11 Nvx) … 1- Calculer le « discrimination score » pour chaque paire (R i ) p value 010.040.06 AbsentMarginalPresent