Cours de bactériologie

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1 Cours de bactériologie
Service de Bactériologie Département des Maladies infectieuses et parasitaires Faculté de Médecine Vétérinaire Cours de bactériologie 2ème doctorat Option Rente Les salmonelloses

2 Les maladies du tube digestif
Intestins Entérites aigües et entérotoxémies colibacilloses salmonelloses - diarrhée: tous (jeunes et adultes) - septicémie: tous (nouveau-nés, jeunes et adultes) - avortement: tous (femelles pleines) clostridioses autres bactéries

3 Les maladies du tube digestif
SALMONELLOSES Incidence: tous les âges sont réceptifs pic chez les jeunes bovins: fréquentes, surtout en groupe petits ruminants: fréquentes, surtout en groupe porcs: très fréquentes (surtout en post-sevrage) chiens/chats: fréquentes (cas individuels) chevaux: fréquentes (cas individuel, post-hospitalisation) lapins: fréquentes (élevages) autres mammifères: variables (cas individuel) volaille: fréquentes (+ portage) autres oiseaux: variables reptiles: moins fréquentes (autres sérotypes) Pouvoir zoonotique: transmission directe, par les denrées alimentaires, par les eaux de baignade

4 Les maladies du tube digestif
SALMONELLOSES Etiologie: Salmonella enterica sérovars … Typhimurium: tous Dublin: ruminants Choleraesuis, Derby, Panama, Goldcoast, Livingstone: porc Anatum, Agona, Hadar, Newport, St-Paul: cheval California, Hadar, Newport: chien, chat Virchow, Enteritidis, Agona: volailles ! Variations des sérovars au cours du temps et de l’âge !

5 Les maladies du tube digestif
SALMONELLOSES Diagnostic Circonstances âge, stress clinique trilogie: diarrhée (dysenterie), septicémie, avortement nécropsique lésions intestinales (grêle): congestion, hémorragies, nécrose lésions généralisées: pétéchies, hémorragies, foyers de nécrose Etiologique culture après enrichissement sérotypage et lysotypage Sérologique sur sérums couplés

6 Cours de bactériologie
2ème doctorat Option Rente Les salmonelloses: Le typage des salmonelles animales: comment ? pourquoi ? (Dr Vét Hein Imberechts, CERVA-CODA) Le vétérinaire d’abattoir face aux salmonelles (Prof. Georges Daube, DDA) La clinique des salmonelloses chez l’homme (Dr Christiane Duchesnes, MG) Le typage des salmonelles humaines: comment ? pourquoi ? (Dr Katelijne Dierick, ISP Louis Pasteur WIV)

7 Salmonella dans la production primaire
Dr H. Imberechts Laboratoire National de Référence pour Salmonella, Santé animale

8 Contenu Salmonella et salmonellose
Programmes officiels de l’AFSCA en production primaire Le sérotypage La résistance aux antibiotiques Evolution de Salmonella en Belgique

9 Salmonella Isolement (ISO 6579:2002 Annexe D)
Pré-enrichissement : BPW Enrichissement sélectif : RVS, MKTTn (MSRV) Sur milieu sélectif : BGA, XLD (XLT4) Identification biochimique Typage Phénotypique: LPS et flagelles Génétique (PFGE)

10 Infections à Salmonella
La volaille et le porc Souvent absence de signes cliniques Excrétion par matières fécales et oeufs Contamination de la chaîne alimentaire Chez l’homme: typhoïde < non-typhoïde (voir par après)

11 Programmes officiels de l’AFSCA
Chez les volailles reproductrices Chez toutes les volailles avant l’abattoir (OUT; Qualification sanitaire) Chez les porcs à l’engrais Principalement sérologie Chez les poules pondeuses: prévue en 2007

12 Programmes officiels de l’AFSCA
Volailles reproductrices Echantillons officiels: 22 sem, +6 sem Laboratoire ARSIA Poules pondeuses & poulets de chair Echantillonage par le détenteur: OUT Laboratoires ARSIA et privés (agréés) Poules pondeuses en 2007 Echantillons obligatoires: 16, 22, 46 sem

13 AFSCA: Mesures Volailles reproductrices
Destruction des oeufs, ou pasteurisation Abattage (logistique) Nettoyage et désinfection Poules pondeuses & poulets de chair Pasteurisation des oeufs Abattage logistique

14 Sérotypes principaux: EU (Règlement 1003/2005)
Programmes officiels de l’AFSCA (Agence fédérale pour la sécurité de la Chaîne alimentaire) Sérotypes principaux: S. Enteritidis, S. Typhimurium EU (Règlement 1003/2005) S. Enteritidis S. Typhimurium S. Hadar S. Infantis S. Virchow Déclaration à l’AFSCA

15 La sérotypie Technique: agglutination Sérotype = formule
Antigène O: LPS, sucres Antigène H: flagelles, protéines Deux phases: H1 et H2 Exemples: O H1 H2 Enteritidis 9 g,m - Typhimurium 4[5] i 1,2 Virchow 6,7 r 1,2

16 Exemples S Typimurium S Enteritidis Paratyphi B 1,4,[5],12 b 1,2
Typhimurium 1,4,[5],12 i 1,2 Lagos 1,4,[5],12 i 1,5 Agama 4,12 i 1,6 Gloucester 1,4,12,27 i l, w S Enteritidis Enteritidis 1,9,12 g,m – Blegdam 9,12 g,m,q – II salamae 1,9,12 g,m,[s],t [1,5,7],[z42] II salamae 1,9,12 g,m,s,t e,n,x

17 La sérotypie, difficultés
Long trajet Récolte, transport, enregistrement, tests biochimiques, sérotypie, réponse Accord entre partenaires est nécessaire Difficultés techniques H1 et H2 (Sven Gard, deuxième phase) Faible expression / antisérum incertain Tests biochimiques nécessaires S. Enteritidis et vaccin vivant S. Gallinarum subsp Gallinarum / Pullorum S. Paratyphus B var Java (tartrate pos)

18 La résistance aux antibiotiques
Une sélection de souches est testée contre 12 antibiotiques Résultats 2005: La plupart des Salmonella: presque toutes sensibles SE: presque toutes sensibles S Hadar: presque toutes résistantes ST, Blockley, Paratyphi B, Virchow: multi-résistantes Pas de résistance à la fluoroquinolone Rapport final: Rapport des zoonoses:

19 Résistance aux antibiotiques
Toutes les salmonelles Salmonelles bovines Salmonelles porcines Salmonelles aviaires

20 Evolution Volaille

21 Evolution porcs

22 Evolution bovins

23 Salmonella enterica chez l’homme
C. Duchesnes

24 Salmonelloses Points communs
Tropisme entérique: symptomatologie digestive Transmission par voie féco-orale Contagiosité : germe dans les selles Saison chaude Déclaration obligatoire

25 Salmonelles « majeures » Salmonelles « mineures »
S. Enteritidis S. Choleraesuis S. Typhimurium … S. Typhi S. Paratyphi Points distincts Réservoir Homme Homme et animal Incubation ~ 1 jour ~ 2 semaines Incidence en Belgique ~ cas / an ~ 10 cas / an dont la moitié sont importés Tableau clinique et évolution sans traitement En général, peu inquiétant <1% mortalité Invasive 20 % mortalité

26 Fièvres typhoïde et paratyphoïde
Réservoir: Homme (malade ou porteur sain) Contamination: ingestion d’aliments et d’eau contaminés par les selles  touchent surtout les pays à bas niveau sanitaire

27 Fièvres typhoïde et paratyphoïde
Physiopathologie Bactéries invasives Tableau clinique - Complications  lésions intestinales Diarrhée ou constipation Hémorragies digestives Péritonite Cholécystite  bactériémie Fièvre Troubles neuro-végétatifs Atteinte du myocarde Atteinte de l’os  libération de l’endotoxine

28 Fièvres typhoïde et paratyphoïde
Traitement Antibiothérapie variable selon l’âge et le pays Prévention Distribution d’eau de qualité Traitement des eaux usées Contrôle des zones de récolte de coquillages Pasteurisation des aliments Vaccin  Boil it, cook it, peel it or … forget it !

29 Salmonelloses « mineures »
Réservoir: Tube digestif de l’homme et de l’animal Contamination: orale (aliments souillés ou objets contaminés) Tableau clinique de gastroentérite Fièvre Diarrhée Vomissements Douleurs abdominales Incubation: 1 jour Evolution Spontanément favorable en 3 à 5 jours pas d’antibiotiques

30 Salmonelloses « mineures »
Personnes à risque Enfants < 3 mois et personnes âgées Femmes enceintes Personnes immuno-déprimées Tableau clinique de gastroentérite Fièvre Diarrhée glairo-sanglante Vomissements Douleurs abdominales Traitement Antibiothérapie Méningites Ostéites

31 Salmonelloses « mineures »
Cas isolé TIAC Toxi-infections alimentaires collectives (≥ 2 cas groupés) Epidémie: plusieurs foyers Contamination: orale (aliments souillés ou objets contaminés) Prévention Contrôle sanitaire des animaux Ecartement des lieux communautaires (crèche) Ecartement des travailleurs du domaine agro-alimentaire Sensibilisation aux mesures d’hygiène entérique (port de gants, de tablier)

32 Retracer l’origine alimentaire lors d’une toxi-infection collective à Salmonella
Dr.Vét. Katelijne Dierick Institut Scientifique de Santé Publique Section Bactériologie 1 Rue Juliette Wijtsman 14 Bruxelles

33 Contenu Definitions et situation belge Une TIAC simple
Une épidémie en Belgique Une épidémie internationale

34 Définition TIAC Toxi-infection alimentaire collective(TIAC) :apparition d’au moins deux cas groupés similaires d’une symptomatologie , en général, gastro-intestinale, dont on peut rapporter la cause à une même origine alimentaire.

35 Repas Souche Symptômes Hôpital Médecins Labo clinique AFSCA
(Fédéral) Souche Inspection de santé (Communautés) Formulaire d’enquête Procedure (SOP) Données Denrées suspectes ISP Centre de référence Epidémiologie

36 Salmonella 95% des salmonelloses humaines sont d’origine alimentaire (Institut de veille sanitaire -F) En 2004: 9965 personnes en Belgique 2 à 6% des cas de salmonellose sont rapportés comme liés à uneTIAC

37 L’enquête lors d’une Toxi-infection alimentaire
Analyses de laboratoire (patients et denrées) Enquête épidemiologique restreinte ou approfondie But: Détecter l’agent étiologique(ex. Salmonella), la denrée et la cause (ex. réfrigération insuffisante) pour Traiter les malades Eviter d’autres malades Prendre des mesures préventives dans la chaîne alimentaire

38 Contenu Definitions et situation belge Une TIAC simple
Une épidémie en Belgique Une épidémie internationale

39 Etude de cas : Une toxi-infection collective générale par Salmonella Enteritidis dans un hôtel à Bruxelles Ref: Aerts A. en Gilbert V. Epidemiologisch onderzoek van een voedseltoxi-infectie in Brussel IPH/EPI reports N°2002–010 Depot nr. : /2002/2505/17

40 Case-study : Enquête épidémiologique : Retrospective cohort study
Enquête écrite (anonyme) Analyses de laboratoire Analyse des restes de repas Coproculture du personnel Souches isolées: typage moléculaire

41 Description du cas Jeudi 13 et vendredi 14/4/01: Session de formation d’une grande entreprise pour son personnel (180p) dans un hôtel à Bruxelles Lundi 17/4: 50 personnes absentes au travail, 2 hospitalisés L’hôtel fait analyser 18 échantillons L’inspection de Santé de Bruxelles est avertie: Début d’une enquête scientifique avec l’ISP Mardi 18/4: L’AFSCA est avertie.

42 Rassemblement des données
Menu? Qui a préparé le repas? Où a-t-il été préparé ? Quand a-t-il été préparé ? Hygiène et T-contrôle? Anamnèse des précédents évènements?

43 Menu Sandwiches au saumon mariné, mousse de foie gras, crevettes grises, jambon de Parme, salade de thon, salade de saumon, brie, fromage, filet Américain, rôti de veau Quiche au saumon fumé Salades et sauces Pâtisserie Bière, vin, eau, jus de fruits, café, thé

44 Qui, où et quand? Le personel de cuisine de l’hôtel, le jour même
25L mayonnaise préparé avec 75 oeufs et divisé en 4 pour les sauces Crème épaisse, saumon mariné (congelé), mousse de foie gras et rôti de veau(cuisson sous vide) ont été achetés

45 Enquête épidémiologique Rèsultats:
78% ont rempli le questionnaire AR: 66.1% Consultation médecin: 50% Coproculture : 7+ /9 invités Coproculture personnel: négatif Denrées ad risk (95% intervalle de confiance) Américain: RR 9.1(3.1-26) Salade de saumon: RR 29.1 ( ) Brie: RR 2.3( )

46 Résultats analyse des denrées
Mayonnaise:Salmonella Enteritidis Saumon fumé: Salmonella Enteritidis Brie:Salmonella Enteritidis Salade de thon: Salmonella Enteritidis Typage moléculaire : profil identique des souches isolées des patients

47 Contenu Definitions et situation belge Une TIAC simple
Une épidémie en Belgique Une épidémie internationale

48 Etude de cas : Une épidémie à Salmonella Ohio en Belgique

49 Salmonella Ohio en Belgique

50 Observations Augmentation de S.Ohio isolées chez des patients
S.Ohio isolée durant monitoring zoonose de l’AFSCA? Oui, alors comparaison des profils moléculaires Si profils identiques: retracer l’origine

51 Observations Profil identique: souches humaines et une souche isolée d’un haché, prélevé dans une boucherie dans la province du Luxembourg Le grossiste est retracé,puis l’atelier de découpe et de là l’abattoir.

52 Contrôle de l’abattoir
100% des carcasses: présence de S. Ohio 100% des écouvillons de l’environnement :présence de S. Ohio 100% des mains du personnel:présence de S. Ohio

53 mesures Fermeture de l’abattoir pour nettoyage et désinfection
Plusieurs contrôles nécessaires Salmonella Ohio persistait dans l’huile de la machine à découper

54 Contenu Definitions et situation belge Une TIAC simple
Une épidémie en Belgique Une épidémie internationale

55 Etude de cas : Une épidémie internationale de Salmonella Cerro

56 Distribution d’âge S.Cerro

57 Distribution des cas humains en Belgique

58 Actions prises suite à l’augmentation des S.Cerro
le 26 juini 2002: alerte 22 cas de S. Cerro en Belgique depuis avril 2002 Enternet + demande d’information RASS Pays européens Centres nationaux de référence pour Salmonella Agences alimentaires

59 Isolats alimentaires de S.Cerro
Centre national de référence pour Salmonella (F) Isolats de pâtisserie à la crème pâtissière Analyses pour chaîne de supermarchés, SO France Poudre à crème provenant d’ Anvers AFSSA 3 isolats de pâtisserie à la crème pâtissière(mars et juin 2002) Pas d’isolats de pâtisserie avant mars 2002 Information aux autorités belges

60 Enquête épidemiologique Salmonella Cerro en Belgique et en France
Contacter les malades : questions sur la consommation alimentaire Identification de l’origine dans la pâtisserie : poudre à crème identique

61 Cas humains d’infections à Salmonella Cerro
France 10 cas : 3 (30%) hospitalisés 4 (40%) déjà malades d’avant 9 ont consommé patisserie à la crème pâtissière dans les 3 jours précédant la maladie Belgique 20 cas : 5 (25%) hospitalisés Poudre à crème positive dans 2/4 hôpitaux

62 Enquête sur l’origine de la contamination
Ecouvillons des surfaces et analyses de tous les ingrédients de la pâtisserie(25 gram) : négatif Crème fait à partir du poudre : S. Cerro préparation à froid , négatif préparation à chaud Analyse de 100 g de poudre (même lot) : S. Cerro Lieu de production: S. Cerro isolée du sol et du toît d’un silo de poudre et d’un aspirateur dans le lieu d’emballage

63 Mesures de contrôle France: 23 Juin : arrêt de la production de crème pâtissière dans la chaîne de supermarchés 23 Juillet : alerte européenne : rappel de tous les lots positifs 1 Aout : alerte européenne : rappel de tous les autres lots : 244 ton, distribués en Belgique, France, Pays-Bas, Italie, Royaume Uni, Hong Kong

64 Conclusions Epidémie de Salmonella Cerro
Une poudre instantannée était responsable de l’ épidémie de S. Cerro Contamination très faible de la poudre La cause a été retrouvée grâce à la bonne collaboration entre les services publics belges et français Des isolats alimentaires en France ont indiqué la bonne direction pour l’enquête en Belgique.

65 Conclusions Une toxi-infection alimentaire collective à Salmonella peut être très complexe Une anamnèse détaillée est nécessaire (Informations détaillées nécessaires sur l’alimentation au moins des 48h avant les symptômes) Une bonne collaboration entre l’AFSCA, l’inspection de santé et les laboratoires de référence est très importante Des techniques spécialisées et une recherche approfondie sont nécessaires pour retrouver l’aliment responsable. Si possible comparer les profils moléculaires des souches humaines et alimentaires

66 Importance des Salmonella dans la filière « viande » en Belgique
Georges Daube Université de Liège Faculté de Médecine Vétérinaire Microbiologie des Denrées Alimentaires Sart-Tilman, bât. B43bis 4000 Liège tél fax

67 Plan Le cycle de transmission des Salmonella
Les sources de contamination dans la filière « viande » Le contrôle de la contamination Les obligations légales pour les denrées alimentaires La situation en Belgique La filière « viande de boeuf » La filière « viande de volailles » La filière « viande de porcs » Conclusions

68 Cycle de transmission Multiplicité des réservoirs et des sources de contamination

69 Sources de contamination dans la filière « viande »
Infection, colonisation, maladie, portage, excrétion Contamination « directe » ou « indirecte » par les matières fécales des animaux Bactériémie Étourdissement Saignée Échaudage Épilation, plumaison, habillage Éviscération Contaminations croisées

70 Sources de contamination dans la filière « viande de porc» (1)
Découpe de la carcasse Elevage Transport des animaux Préparation pour la vente au détail Abattage Refroidissement des carcasses Vente au détail Stockage avant utilisation des carcasses

71 Sources de contamination dans la filière « viande de porc» (2)
Animaux sales Stress du transport Saignée inadéquate Échaudage insuffisant Épilation à basse température Flambage insuffisant ou recontamination par flagelleuse Découpe de l’anus Retrait des abats blancs Contaminations croisées Porcs, carcasses et viandes Températures de conservation trop élevées

72 Sources de contamination dans la filière « viande de porc» (3)
Saignée inadéquate Échaudage insuffisant

73 Critères d’hygiène des procédés
Les obligations légales pour les denrées alimentaires (Règlement CE N°2073/2005) Critères d’hygiène des procédés Définis pour chaque couple paramètre-denrée Prises de mesures correctives prévues dans les plans HACCP Recherche des causes et éventuellement modification des plans HACCP Denrées concernées (n=50) Carcasses de bovins, caprins, ovins, équidés (<3+/50) Carcasses de porcs (<6+/50) Carcasses volailles, poulet, dinde (<8+/50)

74 Critères de sécurité des denrées alimentaires
Les obligations légales pour les denrées alimentaires (Règlement CE N°2073/2005) Critères de sécurité des denrées alimentaires Notification, retrait du marché et rappel, destruction ou retraitement des produits Prises de mesures correctives prévues dans les plans HACCP Recherche des causes et éventuellement modification des plans HACCP Denrées concernées (n=5, c=0) Viandes hachées, préparations de viandes, produits à base de viande, viande séparée mécaniquement (« absence dans 25 g » sauf si à consommer cuit « absence dans 10 g ») Gélatine et collagène, fromage, crème, beurre, poudre de lait et de lactosérum, crèmes glacées, ovoproduits (« absence dans 25 g ») Crustacés ou mollusques cuits, mollusques bivalves vivants et échinodermes, tuniciers et gastéropodes vivants (« absence dans 25 g ») Graines germées, fruits et légumes prédécoupés, jus de légumes et de fruits non pasteurisés (« absence dans 25 g »)

75 Situation en Belgique Filière « viande de boeuf »

76 Situation en Belgique Filière « viande de volailles » (1)

77 Situation en Belgique Filière « viande de volailles » (2)

78 Situation en Belgique Filière « viande de volailles » (3)

79 Situation en Belgique Filière « viande de volailles » (4)

80 Situation en Belgique Filière « viande de volailles » (5)

81 Situation en Belgique Filière « viande de porc » (1) Korsak, 2005

82 Situation en Belgique Filière « viande de porc » (2) Korsak, 2005

83 Situation en Belgique Filière « viande de porc » (3)

84 Situation en Belgique Filière « viande de porc » (4)

85 Situation en Belgique Etude des sérotypes

86 Conclusions Les sources de contamination par Salmonella dans les viandes sont multiples et résultent de la conjonction de 3 facteurs: Infection des animaux Contaminations lors de l’abattage Contaminations croisées aux différents stades Les taux de contamination varient selon les filières Faible taux dans les viandes de boeuf Forte amélioration dans les viandes de porc Taux élevés et stables dans la filière des viandes de volailles Diminution des Salmonella Enteritidis à vérifier en