Violaine Olivier Audition concours CR2-2011-1 : Mécanismes moléculaires et biodiversité métabolique Caractérisation des mortalités d’abeilles Mécanismes.

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1 Violaine Olivier Audition concours CR : Mécanismes moléculaires et biodiversité métabolique Caractérisation des mortalités d’abeilles Mécanismes moléculaires de la plasticité phénotypique Bonjour, je m’apl Violaine Olivier et je me présente au concours de charge de recherche dans la discipline « mécanismes moléculaires et biodiversité métabolique ». Je postule pour deux des profils de ce concours. Le premier concerne un des problèmes majeurs de l’apicultures : les mortalités d’abeilles et le deuxième consiste en l’étude de la plasticité phénotypique liée au changement de mode de reproduction du puceron du pois. Mardi 31 mai 2011

2 Deux profils différents mais des compétences similaires
Insectes Biologie moléculaire Transcriptomique Bioinformatique Ces deux profils sont différents quant à leurs thématiques et leurs objectifs mais requièrent des compétences similaires. En effet, les deux modèles d’étude étant l’abeille et le puceron du pois interaction avec leur environnement, ils nécessitent des connaissances sur l’insecte, sa physiologie, sa génomique ou encore son anatomie. Biologie moléculaire : expression spatio-temporel des gènes d’intérêt Des compétences que, comme je vais vous le montrer j’ai pu acquérir au cours de ma formation universitaire et professionnelle Communication Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

3 Curriculum vitae Cursus universitaire Expériences professionnelles
Maitrise de biologie cellulaire et physiologie DEA Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique Doctorat BBSG Expériences professionnelles 2004 – Stagiaire de DEA, TAGC, INSERM EMR 206 Marseille, Rémi Houlgatte – Doctorant, Pathologie de l’abeille, AFSSA Sophia-Antipolis, Magali Ribière – Post-doctorant, PISC, INRA Versailles, Emmanuelle Jacquin-Joly Compétences conceptuelles Physiologie Biologie moléculaire Biologie cellulaire Immunologie Bio-informatique Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

4 DEA : "Mise en place de la technologie du ChIP-Chip pour l’étude des réseaux de régulation des gènes impliqués dans le cancer du sein, recherche des gènes cibles du facteur de transcription GATA3" Gène X GATA3 Puce à ADN ChIP Chip Immuno-précipitation de GATA3 Puce à ADN enrichie en séquences promotrices Fragments d’ADN : séquences promotrices Mise en évidence des gènes régulés par le facteur de transcription GATA3 Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

5 DEA : "Mise en place de la technologie du ChIP-Chip pour l’étude des réseaux de régulation des gènes impliqués dans le cancer du sein, recherche des gènes cibles du facteur de transcription GATA3" Ce projet m’a permis de développer… Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

6 Formation Bioinformatique
DEA : "Mise en place de la technologie du ChIP-Chip pour l’étude des réseaux de régulation des gènes impliqués dans le cancer du sein, recherche des gènes cibles du facteur de transcription GATA3" Biologie moléculaire PCR Immuno-précipitation de la chromatine Puce à ADN Bioinformatique Analyse de séquences Programmation … des compétences en BM (PCR, immuno-précipitation de la chromatine et puce à ADN) et en Bio-informatique (analyse des séquences des régions promotrices pour mettre en évidence les réseaux de régulation et la programmation). J’ai accrémenté ces acquis pour la suite par une formation en bioinformatique sous linux ou j’ai appris comment analyser les données de transcriptomique à l’aide de programme en R. Formation Bioinformatique Linux ; Programmation R ; Analyse des données transcriptomiques (Unité MIG, INRA Jouy-en-Josas) Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

7 Thèse : "Caractérisation du virus de la paralysie chronique (CBPV) et étude de l’infection chez son hôte l’abeille Apis mellifera" Fipronil Imidaclopride J’ai approfondi ces compétences en BM et en bioinformatique lors de ma thèse durant laquelle j’ai étudié le virus de la paralysie chronique CBPV et l’infection qu’il cause chez l’abeille A. mellifera. Role economique et ecologique (maintient de la biodiversité) Mais pb de mortalité Incrimination des pesticides mais autres causes : métaux lourds, diminution de la biodiversité, agents pathogènes. Notamment le CBPV qui semble être présent sur le terrain lors des affaiblissements de colonie. Caractéristiques du virus afin de déterminer l’implication de cette maladie dans les affaiblissement de colonies observées sur le terrain. Pour cela Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

8 Thèse : Caractérisation du CBPV
Production du virus Purification du virus Analyse des ARN Séquençage et analyse Analyse phylogénétique 20 nm 0.5 kb 1.5 kb 1 kb 2 kb 2.5 kb 3 kb 5 kb 4 kb 6 kb 9 kb PM 3’ 5’ ARN 1 ARN 2 La première étape a consisté à étudier le génome viral. J’ai participé à toutes les étapes, de la production du virus à l’analyse phylogénétique Nodavirus Tombusvirus SmV A Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

9 Thèse : Caractérisation du CBPV
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10 Thèse : Caractérisation du CBPV
Pathologie de l’abeille Infections expérimentales Purification virale Analyses des comportements Observation des symptômes Diagnostics différentiels Détection moléculaire des principaux virus Microscopie électronique Biologie moléculaire Électrophorèse ARN et ADN, Southern blot Banque d’ADNc, Clonage moléculaire RACE PCR, Transcription inverse Bioinformatique Analyse de séquences Phylogénie Olivier, V., et al. (2008). Molecular characterisation and phylogenetic analysis of Chronic bee paralysis virus, a honey bee virus. Virus Res. 132, Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

11 Thèse : Détection moléculaire du virus
Connaissance de la séquence génomique virale Étude de la variabilité => amélioration de la sensibilité du test PCR (diagnostic) Mise en place de techniques de détection moléculaire Blanchard, P., Olivier, V., et al. (2008). Improvement of RT-PCR detection of chronic bee paralysis virus (CBPV) required by the description of genomic variability in French CBPV isolates. J.Invertebr.Pathol. 97, Blanchard, P., Schurr, F., Olivier, V., et al. (2009). Phylogenetic analysis of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and a predicted structural protein (pSP) of the Chronic bee paralysis virus (CBPV) isolated from various geographic regions. Virus Res. 144, PCR en temps réel Hybridation in situ PCR sur le brin négatif Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

12 Thèse : Étude de l’infection chez A. mellifera
1. Le virus dans l’abeille Cerveau Glandes hypopharyngiennes Tube digestif Hémolymphe Lobes optiques Lobes antennaires Corps pédonculés et corps central Relation avec les symptômes observés Voies potentielles de dissémination 2. Le virus dans la ruche et son environnement ? ? Voies potentielles de dissémination Réservoirs potentiels Camponotus vagus Virus, anatomie, physiologie, comportements, environnements. Varroa destructor CBPV + Réplication CBPV + Réplication ? CBPV + Réplication ? Formica rufa fecès CBPV + CBPV + Infectieux Ruche Environnement Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

13 Thèse : Étude de l’infection chez A. mellifera
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14 Thèse : Étude de l’infection chez A. mellifera
Abeille Physiologie Anatomie Histologie Comportement Interactions abeilles/environnement Abeille/Abeille Pathogènes (virus ; acarien) Extérieur (arthropodes) Biologie moléculaire Hybridation in situ PCR temps réel Formations (Université C. Bernard, Lyon ) Olivier, V. et al. (2008). In situ hybridization assays for localization of the chronic bee paralysis virus in the honey bee (Apis mellifera) brain. J.Virol.Methods 153, Blanchard, P., Ribiere, M., Celle, O., Lallemand, P., Schurr, F., Olivier, V. et al. (2007). Evaluation of a real-time two-step RT-PCR assay for quantitation of Chronic bee paralysis virus (CBPV) genome in experimentally-infected bee tissues and in life stages of a symptomatic colony. J.Virol.Methods 141, 7-13. Celle, O., Blanchard, P., Olivier, V. et al. (2008). Detection of Chronic bee paralysis virus (CBPV) genome and its replicative RNA form in various hosts and possible ways of spread. Virus Res. 133, Ribiere, M., Lallemand, P., Iscache, A. L., Schurr, F., Celle, O., Blanchard, P., Olivier, V. et al. (2007). Spread of infectious chronic bee paralysis virus by honeybee (Apis mellifera L.) feces. Appl.Environ.Microbiol. 73, Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

15 Communication sociale Communication sexuelle
Post-doctorat : L’olfaction chez les insectes Communication sociale Nourriture Communication sexuelle Passion pour les insectes et interaction avec leur environnement donc poursuite dans cette voie en post-doctorat en étudiant la perception de l’environnement par ces insectes via l’olfaction et j’ai utilisé comme modèle la noctuelle du coton, spodoptera littoralis. Pourquoi étudier l’olfaction ? Car c’est un sens très important chez l’insecte qui lui permet de rechercher sa nourriture ou encore son site de ponte mais aussi qui permet la communication entre les insectes, communication sociale comme chez l’abeille ou sexuelle comme chez le papillon. Chez l’abeille, des études sont actuellement menées pour connaitre l’action des pesticides sur l’olfaction et ses relations avec les mortalités. On suppose aussi que des agents pathogènes peuvent aussi avoir une action sur l’olfaction. L’olfaction principalement au niveau des antennes grâce à des récepteurs olfactifs que l’on retrouve exprimer dans les sensilles, unités fonctionnels, nez miniatures Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

16 Post-doctorat : Les récepteurs olfactifs chez Spodoptera littoralis
Caractérisation des récepteurs olfactifs Transcriptome antennes EST Récepteurs olfactifs 2. Microgénomique de la sensille phéromonale (Projet ANR LepidOLF) + = Le contexte : spodo, ravageur du coton, enjeux économique et écologique car utilisation de pesticides. Un des moyens de lutte basé sur l’olfaction qui permet la recherche de plante hôte et l’accouplement des bestioles. Dans l’équipe, travaille sur les molécules impliquées dans l’olfaction (récepteurs, molécules de liaisons, enzymes de dégradation, canaux ioniques). Analyse transcriptome Adaptation à un nouveau model et une nouvelle thématique Travail sur de petite quantité de matériel Dissection insecte, élevage Séquençage haut débit Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

17 Post-doctorat : Les récepteurs olfactifs chez Spodoptera littoralis
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18 Post-doctorat : Les récepteurs olfactifs chez Spodoptera littoralis
Biologie moléculaire PCR, PCR temps réel, Hybridation in situ Travail sur de petites quantités Bioinformatique Phylogénie Analyses des données de transcriptomique Microdissection Modèle noctuelle Olivier, V. et al. (2010). Candidate chemosensory ionotropic receptors in a Lepidoptera. Insect Mol.Biol. Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

19 Mes formations et autres compétences
Formations adéquates PCR temps réel Hybridation in situ Bioinformatique Communications écrites : 8 articles scientifiques (3 en premier auteur) 2 revues (1 en premier auteur) et 1 éditorial Communications orales : 1 congrès national et 4 internationaux Organisation du congrès "BRAVE " (Bee Research and Virology in Europe) Collaborations : Monique Gauthier, CRCA, Toulouse Jürgen Krieger, Université de Hohenheim, Stuttgart, Allemagne Claudia Bevilacqua, INRA, Jouy-en-Josas Monique => comportements, apprentissage, mémorisation Communication : partage passion !!! Communications, vulgarisation, travail en équipe, intégration, collaborations, organisation, contacts humains. Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11