Acquisition de données à l’INRA

Présentation au sujet: "Acquisition de données à l’INRA"— Transcription de la présentation:

1 Acquisition de données à l’INRA
Projet Adonis : Acquisition de données à l’INRA CNUE

2 Contexte : Constat d’une possibilité de mutualisation autour d’un logiciel d’Acquisition de données et de métadonnées par opérateur sur des plantes ou des ensembles de plantes repérées spatialement dans des dispositifs agronomiques Labo, Serre, Pépinière, Champ, Verger, Forêt, …

3 La démarche : Constitution d’un groupe de praticiens de l’acquisition de données pré étude (expression des besoins) Rédaction d’un cahier des charges informatiques Appel d’offre vers SS2I Déploiement et formation dans les unités

4 Principes généraux Base de données reconnaissant 3 types d’utilisateurs : * Administrateur de site * Utilisateur avancé * Opérateur de saisie

5 Constitution aléatoire
Principes généraux 4 modules : Constitution aléatoire de dispositifs PC (bureau) Paramétrage de la saisie Saisie au champ Micro portable de terrain Transfert et exportations de données Le post-traitement de la (méta)données PC (bureau)

6 Module 1 : constitution aléatoire de dispositifs

7 Module 1 : constitution aléatoire de dispositifs
Objectif : positionner les parcelles unitaires d’expérimentation à l’intérieur d’un bloc,les blocs à l’intérieur d’un essai et les essais au sein d’une plate-forme d’expérimentation (X,Y), plateforme Hors expérience

8 Module 1 : constitution aléatoire de dispositifs
Premier cas : Le dispositif a déjà été constitué à partir d’un autre système. Le module doit alors accepter un plan informatique existant Deuxième cas : Le dispositif n’a pas été constitué création d’un dispositif avec affectation spatiale = adresse (X, Y) pour chaque parcelle unitaire d’expérimentation création d’un dispositif sans affectation spatiale = parcelle unitaire d’expérimentation affectée à un bloc adresse (X, Y) donnée ultérieurement après installation aléatoire de la parcelle par l’opérateur sur le terrain

9 Module 1 : constitution aléatoire de dispositifs
4 types de tirages aléatoires : bloc complet, bloc incomplet, split-plot, lattice Importation de plans existants Module graphique

10 La collection des objets
Module 1 : constitution aléatoire de dispositifs Module graphique : création semi automatique des dispositifs ou correction Bloc1/PU6 Bloc1/PU1 Bloc1/PU4 Bloc3/PU5 Bloc3/PU21 Bloc1/PU8 Bloc1/PU3 Bloc6/PU6 Bloc2/PU1 Bloc4/PU8 Bloc2/PU2 Bloc1/PU5 Bloc4/PU3 Bloc7/PU1 Bloc1/PU9 Bloc2/PU3 La collection des objets à déposer La grille de fond

11 Module 2 : paramétrage de la saisie

12 Module 2 : paramétrage de la saisie
Les variables : Variable « état » qui peut prendre différentes valeurs : (non) mesurable, vivant, mort, hors expérience, coupé, détruit, contaminée, … Variable(s) indépendante(s) sans relation entre elles, saisies manuellement (hauteur, note, … ),validées par l’opérateur ou obtenues après stabilisation (ex : pesée, …) Variables « génératrices » qui créent automatiquement d’autres variables en cascade (ex : variable « Nombre de branches » = n pour l’élément observé i implique la génération de n variables nombre de cônes par branches, chacune pouvant générer des variables longueur des cônes etc). Variables de préchargement : anciennes variables utilisées pour les tests de vérification de la saisie

13 Module 2 : paramétrage de la saisie
Les tests de vérification sur les variables L’objectif de ce paramétrage est d’être alerté d’erreurs lors de saisie sur le terrain : Cohérence entre format attendu et saisi de la variable (ex: entier, réel, alphanumérique, boléenne, date, …) Bornage de la variable (minimum, maximum,…) et seuil

14 Module 2 : paramétrage de la saisie
Les tests de cohérence entre variables Entre une variable en cours de saisie et une variable préchargée Ex : hauteur mesurée – hauteur préchargée <>une valeur 30 mètres ? Par rapport à une variable d’état

15 Module 2 : paramétrage de la saisie
Le paramétrage des métadonnées Induites: La constitution du dispositif, le paramétrage de la saisie tests de vérification sur les variables, tests de cohérence entre variables, cheminement dans le dispositif, nom de l’opérateur, forçage et reparamétrage au champ + métadonnées saisies au terrain (éventuellement bloquantes) : centrale d’acquisition, texte, son, image, … affectables à la plateforme, au dispositif,…, à l’individu mesuré Les paramétrages spéciaux Configuration de certaines touches de l’appareil de saisie (ex : heure de l’horloge interne (/), aujourd’hui (=), hier (-), demain (+), vrai ( !) pour valider le forçage d’une borne etc).

16 Module 2 : paramétrage de la saisie

17 Module 2 : paramétrage de la saisie
Les cheminements dans la plateforme L’objectif est de paramétrer différents types de cheminement à l’intérieur de la plateforme, du dispositif ou du bloc à partir d’un point de départ donné : en accordéon avec retour à la base à chaque ligne en escargot serpentin et demi serpentin … On pourra valider le positionnement terrain de l’opérateur à l’aide de codes barres, de puces ou d’un GPS

18 Module 2 : paramétrage de la saisie
Les cheminements dans la plateforme pu1 pu2 pu3 pu4 bloc1 bloc2 bloc3 disp2 départ saisie fin saisie disp1

19 Paramétrage de la fenêtre de saisie sur l’appareil de terrain
Module 2 : paramétrage de la saisie Paramétrage de la fenêtre de saisie sur l’appareil de terrain

20 Module 3 : saisie au champ

21 Module 3 : saisie au champ
Objectif : mise en œuvre des paramétrages définis au module 2 + possibilité d’effectuer des reparamétrages (ex : création au champ d’une nouvelle variable,modification du cheminement ou d’une borne de vérification etc) en fonction de ses droits

22 Module 3 : saisie au champ
Deux types de saisie sont à considérer : Les adresses (X,Y) des parcelles unitaires d’expérimentation sont connues. La saisie consiste à donner des valeurs observées pour un certain nombre de variables en fonction d’un déplacement choisi Les adresses (X,Y) des parcelles unitaires d’expérimentation ne sont pas connues La saisie consiste à saisir manuellement ou automatiquement (ex : lecture de code barre) les étiquettes en décrivant le déplacement suivi En cas d’incohérence lors de la saisie, l’expérimentateur est averti par un message sonore ou une icône clignotante ? césar

23 Module 3 : saisie au champ
Remarque sur les appareils de saisie de données. Le système d’acquisition de données devra pouvoir être implanté sur deux niveaux d’appareils : Un niveau standard : économique, robuste, supportant le travail en intempéries avec écran aux fonctions réduites, connectable à une imprimante de terrain, à des lecteurs de codes barres, de puces, GPS, des appareils de mesure (balance, ..) Un niveau plus sophistiqué avec interface graphique, pouvant gérer des fichiers son et photo

24 Module 4 : transfert et exportation
des (méta)données

25 Module 4 : transfert et exportation des (méta)données
Objectif : transfert en toute sécurité des (méta)données de l’appareil de saisie vers un PC, avec un module de fusion des données nouvelles avec des données anciennes déjà stockées, vérification de la cohérence du fichier ainsi crée et archivage Mise à disposition des fonctions de visualisation et statistiques présentes sur l’appareil de saisie et de la fonction statistique Reconstitution automatique d’un fichier à partir de mesures enregistrées par plusieurs appareils et vérification de la cohérence Lacune doublon Opérateur 1 Opérateur 2

26 Relier données et métadonnées correspondantes
Module 4 : transfert et exportation des (méta)données Relier données et métadonnées correspondantes Photo bloc n Commentaire sur individu (X,Y) = (a,b)

27 Module 4 : transfert et exportation des (méta)données
Exportation des (méta)données en format txt, ASCII, … avec les (méta)données ordonnées (ex : données, constitution de dispositifs, définition des variables, tests de vérification et de cohérence entre variables, cheminement …) pour analyses statistiques, alimentation de bases de données, …

28 DE VOTRE ATTENTION FIN MERCI