Bin1001 - Hiver 2006 Intégration biosciences/informatique Sylvie Hamel Département d’informatique et de recherche opérationnelle André-Aisenstadt: 3161.

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1 Bin1001 - Hiver 2006 Intégration biosciences/informatique Sylvie Hamel Département d’informatique et de recherche opérationnelle André-Aisenstadt: 3161 sylvie.hamel@umontreal.ca Hervé Philippe Département de biochimie Pavillon Roger-Gaudry: H307-21 herve.philippe@umontreal.ca http://www-bac.esi.umontreal.ca/~dbin1001

2 Préalables: IFT1010: Programmation 1 Horaire et locaux: ActivitéJourLocal Travaux dirigés Jeudi : 13h30-14h30 M-615 théorieVendredi : 12h30-14h30 Z-200 BIN1001- H2006 Université de Montréal Plan de cours2

3 Objectifs: Le cours BIN1001 vise à introduire l’étudiant au domaine de la bioinformatique en y survolant plusieurs thèmes importants. Contenu: Assemblage et séquençage de génomes Banques de données Structures et prédiction de gènes Alignement local et global Recherche de similarités Phylogénie Structure secondaire de l’ARN Intéraction protéines-protéines BIN1001- H2006 Université de Montréal Plan de cours3

4 Quelques références: 1)D.W. Mount, Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004. 2)R.D.M. Page et E.C. Holmes, Molecular Evolution, A Phylogenetic Approach, Blackell Publishers, 1998 3)M. Pop, S.L. Salzberg et M. Shumway, Genome Sequence Analysis: Algorithms and Issues, IEEE, 2002 4)Etc. BIN1001- H2006 Université de Montréal Plan de cours4

5 BIN1001- H2006 Université de Montréal Plan de cours5 4 devoirs: Pondération: 10 % chacun Discussions permises TP1: - remise de l’énoncé: 20 janvier - remise du devoir: 3 février TP2: - remise de l’énoncé: 3 février - remise du devoir: 17 février TP3: - remise de l’énoncé: 17 février - remise du devoir: 10 mars TP4: - remise de l’énoncé: 10 mars - remise du devoir: 24 mars Test récapitulatif: Pondération: 25 % 21 avril Évaluation: Tout retard dans la remise des travaux entraînera une pénalité de 10% par jour (24 heures).

6 Évaluation (suite): BIN1001- H2006 Université de Montréal Plan de cours6 Présentation en équipe de 2: Pondération: 35% Format: - un étudiant se focalise sur l’aspect biologique (10 minutes) - un autre étudiant se focalise sur l’apport de la bioinformatique (10 minutes) - Questions et discussion (10 minutes) Préparation: Lecture de la documentation conseillée (articles de revue, chapitre de livres, etc..) Recherche d’informations supplémentaires (web: google, NCBI, parrain) Faire une page html contenant un résumé de la présentation, les références et un glossaire: À mettre sur WebCT au moins 2 jours avant la présentation pour permettre aux étudiants de se préparer et de poser des questions Faire la présentation avec PowerPoint ou Acroread Emprunter un portable à la DGTIC

7 Évaluation (suite) : BIN1001- H2006 Université de Montréal Plan de cours7 Présentation en équipe de 2 : Thèmes : 1. Alignements multiples (SH) 2. Recherche de similarit´e avec psi-Blast (SH) 3. Génomique environnementale (HP, Boris-Antoine Legault) 4. Datation moléculaire (HP et Henner Brinkmann) 5. Transferts horizontaux chez les bactéries (HP, Henner Brinkmann, Boris-Antoine Legault) 6. Duplication de génomes (HP et Henner Brinkmann) 7. Puces d’ADN (SH) 8. Calcul moléculaire (SH) 9. Réseaux de régulation 10. SNPs et et pharmacogénomique (SH) 11. Empreinte phylogénétique (HP, Guy Larochelle) 12. Structure tridimensionnelle du ribosome (François Major) 13. microARN et régulation (SH et François Major) 14. Protéomique (HP, Denis Baurain) 15. Origine de réplication (HP, Denis Baurain) 16. Tout autre sujet qui vous intéresse et qui n’est pas couvert dans le cours (sous réserve de l’approbation de SH et HP)

8 Démonstrateurs et correcteurs : Mohamed Tikah Marrakchi et Boris-Antoine Legault Tâches: Correction des 4 devoirs Page web Aide à la préparation des fichiers « powerpoint » pour les présentations Travaux dirigés le jeudi Disponibilités: À venir BIN1001- H2006 Université de Montréal Plan de cours8

9 Disponibilité des professeurs: Sylvie Hamel : Vendredi 14h30 - 16h30 et sur rendez-vous (via courriel ) Hervé Philippe : Vendredi 10h30 - 12h00 et sur rendez-vous (via courriel) BIN1001- H2006 Université de Montréal Plan de cours9

10 Plagiat : Plagier c'est : s'approprier le travail créatif de quelqu'un d'autre et de le présenter comme sien; s'accaparer des extraits de texte, des images, des données, etc. provenant de sources externes et les intégrer à son propre travail sans en mentionner la provenance; résumer l'idée originale d'un auteur en l'exprimant dans ses propres mots, mais en omettant d'en mentionner la source. Pour vos travaux, vous pouvez utiliser tout ce qui est disponible et accessible publiquement en autant que les références utilisées soient proprement citées. Les cas de plagiat seront traités conformément aux règles en vigueur à l’Université de Montréal (http://www.bib.umontreal.ca/SA/caps41.htm) BIN1001- H2006 Université de Montréal Plan de cours10