Réalisation d’un arbre phylogénique à partir d’un fragment de séquence

Présentation au sujet: "Réalisation d’un arbre phylogénique à partir d’un fragment de séquence"— Transcription de la présentation:

1 Réalisation d’un arbre phylogénique à partir d’un fragment de séquence
obtenu par PCR. Et utilisation des logiciels Bioedit et MEGA4

2 Traduire la sequence nucléotidique en sequence protéique

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5 Blast disponible sur http://www.uniprot.org/

6 Resultat du blast: difficile a discerner quel virus ????
Nous sommes dans la famille des arenaviruses

7 Recuperation des données concernant toutes les NCAP des arenavirus

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9 Introduction a Bioedit
Bioedit est un logiciel très utile pour la gestion des alignements de sequences nucleotidiques ou proteiques… Prend en charge le format FASTA FASTA format (a.k.a. Pearson format) is a text-based format for representing either nucleotide sequences or peptide sequences, in which base pairs or amino acids are represented using single-letter codes. The format also allows for sequence names and comments to precede the sequences. The simplicity of FASTA format makes it easy to manipulate and parse sequences using text-processing tool

10 Interface graphique de Bioedit

11 Insertion d’une sequence dans Bioedit

12 Description de la fenêtre d’ajout de séquence

13 Choix du type de séquence

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15 Choix d’une séquence eloignée

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17 Alignement des séquences

18 Configuration de ClustalW

19 Résultat de l’alignement
L’alignement a généré des gaps

20 Bioedit permet d’enlever les gaps

21 Sauvegarder l’alignement en format FASTA…

22 La creation d’arbres phylogeniques avec MEGA4
Probleme De Format… Ouvrir l’alignement sous forme FASTA

23 Le format Mega n’accepte pas les : les ; les = dans les titres de chaque sequence importée…

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25 Une fois sous format meg, fermez l’editeur de texte

26 Retour sur la page principale du logiciel
Ouvrir l’alignement sous forme Mega cette fois…

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31 Clade B Clade C Clade A Old world
Review Arenavirus genetic diversity and its biological implications Infect Genet Evol Jul;9(4): Epub 2009 Mar 25.