Labo de microbiologie (BIO 3526)

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1 Labo de microbiologie (BIO 3526)

2 Mes coordonnées Enseignant : Benoît Pagé
Courriel : Bureau : Bioscience 102 Page web :

3 Mes disponibilités Par courriel: Heures de bureau:
Toute la semaine incluant la fin de semaine Heures de bureau: Lundi à mercredi : 10h00 – 12h00 Jeudi à vendredi : 14h00 – 16h30 Aussi disponible par rendez-vous

4 2 points bonis pour 100% sur 4/8 quiz
Évaluation du cours Quiz 2 points bonis pour 100% sur 4/8 quiz Pré et post labos 5% Devoirs 20% Examen de mi-session 30% Examen final* 45% *L’examen final consistera d’une composante pratique et théorique

5 Survol de la page web

6 Travailler dans un labo de microbiologie

7 Au début du labo Laver vos mains aussitôt que vous entrez dans le laboratoire Aide à prévenir la contamination des cultures avec des microorganismes de votre flore naturelle

8 Avant de commencer et à la fin du labo
Désinfecter votre espace de travail Aide à prévenir la contamination des cultures avec des microorganismes de votre environnement

9 Avant de quitter le labo
Laver vos mains avant de quitter le laboratoire Aide à prévenir la contamination de l’environnement

10 Travailler dans un labo de microbiologie
La technique stérile

11 Le matériel Le matériel utilisé pour la culture et la manipulation de microorganismes doit être stérile et demeurer stérile Milieu de culture Éprouvettes Assiettes de Pétris Boucle d’ensemencement/inoculation Etc…

12 Maintenir la stérilité
Utiliser la technique stérile pour tous les transferts de microorganismes Prévient la contamination de vos cultures Prévient la contamination de votre environnement Prévient la contamination de soi-même Toutes les bactéries sont des opportunistes

13 Transferts par la technique stérile Éprouvette à éprouvette
Stériliser la boucle d’ensemencement avec le bruleur Le fil entier doit devenir rouge/orange Ne pas déposer la boucle sur la table! Laisser-la refroidir Boucle d’ensemencement

14 Transferts par la technique stérile Éprouvette à éprouvette
Retirer le capuchon avec le petit doigt de la main qui tient la boucle d’inoculation Ne déposez pas le capuchon sur la table! Enlever capuchon

15 Transferts par la technique stérile Éprouvette à éprouvette
Chauffer l’ouverture du tube avec le bruleur Garder l’orientation du tube aussi prêt de l’horizontale que possible Garder l’ouverture du capuchon vers le bas Réchauffement de l’ouverture

16 Transferts par la technique stérile Éprouvette à éprouvette
Utiliser la boucle stérile pour retirer l’inoculum Liquide d’un bouillon Solide de géloses Solide de pentes Retirer l’inoculum

17 Transferts par la technique stérile Éprouvette à éprouvette
Chauffer l’ouverture du tube au bruleur encore une fois! Garder l’orientation du tube aussi prêt de l’horizontale que possible Réchauffement de l’ouverture

18 Transferts par la technique stérile Éprouvette à éprouvette
Remettre le capuchon sur la culture pure Remettre le tube sur le support à éprouvette Refermer le tube

19 Transferts par la technique stérile Éprouvette à éprouvette
Répéter les mêmes étapes pour inoculer le nouveau tube Retirer capuchon Chauffer l’ouverture Inoculer Fermer le tube Inoculation

20 Transferts par la technique stérile
Tout transfert doit être fait avec la technique stérile Éprouvette à plaque Plaque à éprouvette Plaque à plaque Etc… Certaines modifications doivent être faites à la technique stérile quand le transfert est fait à partir d’une plaque (ou vers une plaque)

21 Travailler avec des solutions
Travailler dans un labo de microbiologie Travailler avec des solutions

22 Définitions Solution Mélange de 2 ou plus substances dans une phase unique Solution composée de deux composantes Le soluté Partie qui est dissoute ou diluée – habituellement la plus petite quantité (volume ou poids) Le solvant (ou diluent) Partie de la solution dans laquelle le soluté est dissout – Habituellement le plus grand volume

23 Concentrations Concentration = Quantité de soluté
Quantité de solution (Pas solvant) Quatre façons d’exprimer les concentrations: Concentration molaire (molarité) Pourcentages Masse par volume Rapports

24 Molarité No de Moles de soluté/Litre de solution
Masse de soluté : donnée en gramme (g) Poids moléculaire (PM) : donné en gramme par mole (g/mole) 𝑀𝑜𝑙𝑒𝑠 𝑑𝑒 𝑠𝑜𝑙𝑢𝑡é= 𝑀𝑎𝑠𝑠𝑒 𝑑𝑒 𝑠𝑜𝑙𝑢𝑡é 𝑃𝑀 𝑑𝑒 𝑠𝑜𝑙𝑢𝑡é 𝑀𝑜𝑙𝑎𝑟𝑖𝑡é= 𝑀𝑜𝑙𝑒𝑠 𝑑𝑒 𝑠𝑜𝑙𝑢𝑡é 𝑉𝑜𝑙𝑢𝑚𝑒 𝑒𝑛 𝐿 𝑑𝑒 𝒔𝒐𝒍𝒖𝒕𝒊𝒐𝒏

25 Pourcentages Les concentrations en pourcentage peuvent être exprimés en tant que : V/V: volume de soluté/100 ml de solution m/m : Masse de soluté/ 100g de solution m/V : Masse de soluté/100 ml de solution Toujours représentés comme une fraction de 100

26 Pourcentages (suite) %V/V % m/V % m/m
Ex. 4.1L soluté/55L solution =7.5% Doit avoir les mêmes unités en haut et en bas! % m/V Ex. 16g soluté/50ml solution =32% Doit avoir des unités du même ordre de grandeur en haut et en bas! % m/m Ex. 1.7g soluté/35g solution =4.9%

27 Masse par volume Une masse (quantité) par volume Ex. 1kg/L
Connaître la différence entre une quantité et une concentration! Dans l’exemple ci-dessus 1 litre contient 1kg (une quantité) Quelle quantité retrouverait-on dans 100ml? Quel est le pourcentage (m/V) de cette solution?

28 Les rapports Façon d’exprimer la relation entre différents constituants Exprimés d’après le nombre de parties de chaque composante Ex. 24 ml de chloroforme + 25 ml de phénol + 1 ml d’isoamylalcool Donc 24 parties + 25 parties + 1 partie Rapport: 24:25:1 Combien de parties y a-t-il dans cette solution?

29 Réduction d’une concentration
Les dilutions Réduction d’une concentration

30 Dilutions Dilution = produire des solutions moins concentrées à partir de solutions plus concentrées Exemple : Faire du jus d’orange à partir de concentré. Mélanger une cannette de jus d’orange concentrée avec trois (3) cannettes d’eau

31 Dilutions (suite) Les dilutions sont exprimées comme une fraction du nombre de parties du soluté sur le nombre total de parties de la solution (parties de soluté + parties de solvant) Dans l’exemple du jus d’orange, la dilution serait exprimée comme 1/4, pour une cannette de jus (1 partie) à un TOTAL de quatre parties de solution (1 partie de jus + 3 parties d’eau)

32 Un deuxième exemple Si vous diluez 1 ml de sérum avec 9 ml de saline, la dilution serait écrite 1/10 ou dite « un dans dix », car vous exprimez le volume de la solution étant diluée (1 ml de sérum) par le volume final TOTAL de la dilution (10 ml totaux).

33 Un troisième exemple  Une (1) partie d’acide concentrée est diluée avec 100 parties d’eau. Le volume total de la solution est 101 parties (1 partie d’acide parties d’eau). La dilution est écrite comme 1/101 ou dite “un dans cent un ”.

34 Dilutions (suite) Les dilutions sont toujours une fraction qui décrit la relation d’UNE partie de soluté sur un nombre total de parties de solution Donc le numérateur de la fraction doit toujours être 1 Si plus d’une partie de soluté est diluée, vous devrez transformer la fraction

35 Exemple La dilution est exprimée comme étant 1/5
Deux (2) parties d’un colorant sont diluées avec huit (8) parties de solvant Le nombre de parties total de solution est 10 parties (2 parties de colorant + 8 parties de solvant) La dilution est initialement exprimée comme étant 2/10 Pour transformer la fraction afin d’avoir un numérateur de un, utilisez une équation de rapport et de proportion : La dilution est exprimée comme étant 1/5

36 Problème Deux parties de sang sont diluées avec cinq parties de saline
Quelle est la dilution? 10 ml de saline sont ajoutés à 0,05 L d’eau 2/(2+5) = 2/7 =1/3.5 10/(10+50) = 10/60=1/6

37 Problème : Plus d’un ingrédient
Une partie de saline et trois parties de sucre sont ajoutées à 6 parties d’eau Quelles sont les dilutions Comment est-ce que vous prépareriez 15mL de cette solution? Exprimer chaque composante sur le même dénominateur commun! Saline: 1/(1+3+6) = 1/10 Sucre: 3/(1+3+6) 3/10 = 1/3.3 Saline: 1/10 + Sucre 3/10 = 1.5/ /15

38 Dilutions en série Dilutions faites à partir de dilutions
Les dilutions sont multiplicatives Ex. A1: 1/10 A2: 1/4 A3: 0.5/1.5 = 1/3 La dilution finale de la série = (A1 X A2 X A3) = 1/120 Notez: Changer de pipettes entre chaque dilution afin d’éviter de reporter

39 Le facteur de dilution Représente l’inverse de la dilution
Exprimé comme le dénominateur de la fraction suivi d’un “X” EX. Une dilution de 1/10 représente un facteur de dilution de 10X Le facteur de dilution te permets de déterminer la concentration originale Conc. finale * le facteur de dilution = conc. initiale Notez: Le numérateur doit être 1 pour que le dénominateur soit le facteur de dilution.

40 Déterminer la fraction requise (La dilution)
Qu’est que j’ai Qu’est que je veux Déterminer le facteur de réduction (Le facteur de dilution) = Ex. Vous avez une solution de 25 mg/ml et vous voulez obtenir une solution de 5mg/ml Donc le facteur de réduction est de: 25mg/ml 5mg/ml = 5 (Facteur de dilution) La fraction est égale à 1/le facteur de dilution= 1/5 (la dilution)

41 Déterminer les quantités requises
Ex. Vous désirez 55 ml d’une solution qui représente une dilution de 1/5 Utilisez une équation de rapport et de proportion: 1/5 = x/55 = 11/55 Donc 11 ml de soluté / (55 ml – 11 ml) de solvant = 11 ml de soluté / 44 ml de solvant

42 Problème #1 Préparer 25mL d’une solution de 2mM à partir d’un stock de 0.1M 1) Quel est le facteur de dilution requis? 2) Quelle est la dilution requise? 3) Quelles volumes de solvant et de soluté sont requis? 50 1/50 Soluté 0.5ml Solvant 24.5ml

43 Solution #1 Fractions : 1) 2mM = 0.002M (ce que je veux)
Stock = 0.1M (ce que j’ai) Facteur de dilution = (ce que j’ai)/(ce que je veux) Facteur de dilution = 0.1/0.002 = 50x 2) Dilution requise = 1/Facteur de dilution = 1/50 3) Volume d’une partie = (Volume final)/(# de parties) Volume d’une partie = 25mL/50 parties = 0.5mL/partie Volume de soluté = 1 partie * 0.5mL/partie = 0.5mL Volume de solvant = (50 – 1) parties *0.5mL/partie Volume de solvant = 24.5mL

44 Solution #1 (suite) C1V1 = C2V2 1) Voir la diapo précédente
3) C1 = 0.1M; C2 = 0.002M; V1 = ?; V2 = 25mL; C1V1=C2V2 V1 = C2V2/C1 = 0.002M * 25mL / 0.1M = 0.5mL Volume de soluté = V1 = 0.5mL Volume de solvant = V2–V1=25mL–0.5mL=24.5mL

45 Problème #2 Quel volume d’une solution de HCl de 10M est-ce que vous devez ajouter à 18mL d’eau afin d’obtenir une solution de 1M? 1) Quelle est la dilution requise? 2) Quels volumes de solvant et de soluté sont requis? 1/10 Solvant (Eau) = 18mL et Soluté (HCl) = 2mL

46 Solution #2 Fractions: 1) Ce que je veux = 1M Ce que j’ai = 10M
Facteur de dilution = (ce que j’ai) / (ce que je veux) Facteur de dilution = 10/1 = 10x Donc la dilution requise = 1/10 2) Volume solvant = 18mL Dilution = 1/10 = 1/ (9 parties solvant + 1 partie soluté) Volume 1 partie = Volume Solvant / # de partie solvant Volume 1 partie = 18mL / 9 parties = 2mL/partie Volume de soluté = # de partie soluté * (volume/partie) Volume de soluté = 1 partie * 2mL/partie = 2mL

47 Solution #2 (suite) C1V1 = C2V2 1) Voir la diapo précédente
2) C1 = 10M; C2 = 1M; V1 = ?; V2 = 18mL + V1; C1V1=C2V2 10M * V1 = 1M * (18mL + V1) 10V1 = 18 + V1 10V1 – V1 = 18 9V1 = 18 V1 = 18/9 = 2mL

48 Osmolarité Nombre d’osmoles (Osm, particules de soluté) par litre de solution (Osm/L = OsM) Ex. 1 molaire (1M) NaCl = 1 mole de molécules de soluté (NaCl) par litre de solution 1 osmolaire (OsM) NaCl = 1 mole de particules de soluté (Na + Cl) par litre de solution 1 molecule NaCl = 2 particules (1 Na + 1 Cl) Donc 1 OsM NaCl = (0.5 moles Na moles Cl)/L 1 Molaire NaCl est égal à quelle osmolarité?

49 L’Étude des microorganismes
Microbiologie L’Étude des microorganismes

50 Définition d’un microorganisme
Dérivé du grec: Mikros, «petit» et Organismos, «organisme» Organisme microscopique qui comprend soit une seule cellule (unicellulaires) ou un amas de cellules identiques (non différentiées) Ils comprennent: les bactéries, les champignons, les algues, les virus, et les protozoaires

51 Microorganismes en laboratoire
Les milieux de croissance

52 Buts Croissance sous des conditions contrôlées Maintien
Isolation de cultures pures Tests métaboliques

53 Types Liquides (bouillons) Milieux solides
Permetent la culture en suspension Distribution uniforme des éléments nutritifs, environnementaux et autres Permets la croissance de grands volumes Milieux solides Mêmes que milieux liquides + agents de solidification L’agar : Polysaccharide dérivé d’une algue

54 La croissance en bouillon
Non-inoculé Limpide Turbide + sédiment Turbide Limpide + sédiment

55 Croissance sur gélose Croissance sur surface solide Croissance isolée
Permets l’isolation de colonies simples Permets l’isolation de cultures pures Colonie simple

56 Milieux solides (suite)
Pente Croissance en surface et en profondeur Différentes disponibilités d’oxygène Entreposage à long terme Tube profond Milieu semi-solide Entreposage à long terme Faible disponibilité d’oxygène