TD-2 régulation de l’expression génique

Présentation au sujet: "TD-2 régulation de l’expression génique"— Transcription de la présentation:

1 TD-2 régulation de l’expression génique
Articles à la base du TD: - Para et al, 2014, PNAS, 111, - Varala et al, 2015, Bioessays, 37, Caroline Hartmann & Sophie Filleur

2 Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription ? C. Hartmann & S. Filleur

3 Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription (TF) ? - In silico C. Hartmann & S. Filleur

4 Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription (TF) ? - In silico - in vitro C. Hartmann & S. Filleur

5 Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription (TF) ? - In silico - in vitro - In vivo C. Hartmann & S. Filleur

6 Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription (TF) ? - In silico - in vitro - In vivo - Par interactions moléculaires C. Hartmann & S. Filleur

7 Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription (TF) ? Charoensawan, Martinho & Wigge, 2015 C. Hartmann & S. Filleur

8 ChIP-chip C. Hartmann & S. Filleur Wikipedia

9 ChIP-seq chromatine C. Hartmann & S. Filleur Bioinfo-fr.net

10 DNAse-seq chromatine Chromatine C. Hartmann & S. Filleur
Bioinfo-fr.net

11 Simple hybride de levure (Y1H)
C. Hartmann & S. Filleur

12 L’outil « TARGET » Question 2:
- Concevez un protocole permettant d’étudier le rôle d’un facteur de transcription « pionnier » impliqué dans la réponse à l’azote (NH4NO3 ou KNO3). C. Hartmann & S. Filleur

13 L’outil « TARGET » GR:récepteur aux glucocorticoïdes
C. Hartmann & S. Filleur GR:récepteur aux glucocorticoïdes

14 L’outil « TARGET » bZIP1=basic leucine Zipper 1/ intégrateur de la réponse à l’azote et des sucres C. Hartmann & S. Filleur

15 Résultats de l’analyse « transcriptome »
C. Hartmann & S. Filleur

16 Résultats de l’analyse « transcriptome »
Question 3: - Comment essayeriez vous d’évaluer la véracité des résultats obtenus ? C. Hartmann & S. Filleur

17 Résultats de l’analyse ChIP-seq
Question 3: - Comment essayeriez vous d’évaluer la véracité des résultats obtenus ? En comparant les résultats aux données de la littérature C. Hartmann & S. Filleur

18 Résultats de l’analyse ChIP-seq
Dans ce cas seulement 850 régions promotrices ont été identifiées Question 4: - Comment essayeriez vous d’évaluer la véracité des résultats obtenus ? C. Hartmann & S. Filleur

19 Résultats de l’analyse ChIP-seq
Dans ce cas seulement 850 régions promotrices ont été identifiées Question 4: - Comment essayeriez vous d’évaluer la véracité des résultats obtenus ? En recherchant des motifs de fixation des facteurs de transcription (bioinformatique) C. Hartmann & S. Filleur

20 Résultats de l’analyse ChIP-seq
Dans ce cas seulement 850 régions promotrices ont été identifiées - Il y a 187 gènes, dont le promoteur a été identifié par ChIP-seq, qui ne sont pas sur la puce utilisée - 136 gènes identifiés ne passent pas des cribles stringents Finalement 527 gènes sont retenus pour la suite C. Hartmann & S. Filleur

21 Intégration des résultats des deux approches
Question 5: - Comment interprétez vous ces résultats ? C. Hartmann & S. Filleur

22 Intégration des résultats des deux approches
Question 5: - Comment interprétez vous ces résultats ? Certains gènes dont l’expression est modulée par le signal azote ne présentent pas de fixation du facteur de transcription bZIP1 sur leur promoteur. C. Hartmann & S. Filleur

23 Intégration des résultats des deux approches
Question 6: - Comment trieriez-vous ces résultats pour les analyser plus en détail ? C. Hartmann & S. Filleur

24 Intégration des résultats des deux approches
Question 6: - Comment trieriez-vous ces résultats pour les analyser plus en détail ? On peut subdiviser les résultats en trois catégories C. Hartmann & S. Filleur

25 Intégration des résultats des deux approches
Question 6: - Comment trieriez-vous ces résultats pour les analyser plus en détail ? On peut subdiviser les résultats en trois catégories : - Classe I, le FT est fixé sans régulation d’expression - Classe II , le FT est fixé avec régulation d’expression - Classe III, régulation d’expression sans fixation de TF C. Hartmann & S. Filleur

26 Intégration des résultats des deux approches
Question 6: - Comment trieriez-vous ces résultats pour les analyser plus en détail ? On peut subdiviser les résultats en trois catégories : - Classe I, le FT est fixé sans régulation d’expression (poised targets) - Classe II , le FT est fixé avec régulation d’expression (stable targets) - Classe III, régulation d’expression sans fixation de TF (transient targets) C. Hartmann & S. Filleur

27 Intégration des résultats des deux approches
Question 7: - Quelles sous catégories pouvez-vous encore faire ? C. Hartmann & S. Filleur

28 Intégration des résultats des deux approches
Question 7: - Quelles sous catégories pouvez-vous encore faire ? A = gènes à la transcription activée B= gènes à la transcription réprimée Nous avons donc 5 catégories C. Hartmann & S. Filleur

29 Intégration des résultats des deux approches
Question 8: - Comment aller plus loin dans l’analyse ? C. Hartmann & S. Filleur

30 Intégration des résultats des deux approches
Question 8: - Comment aller plus loin dans l’analyse ? En recherchant des motifs spécifiques dans les promoteurs des gènes de chaque catégorie C. Hartmann & S. Filleur

31 Intégration des résultats des deux approches
Pas de régulation Up Down Up Down C. Hartmann & S. Filleur

32 Intégration des résultats des deux approches
Expression nécessite un 2ème TF rien Up Down Up Down C. Hartmann & S. Filleur

33 Intégration des résultats des deux approches
Question 9: - Comment aller plus loin dans l’analyse ? C. Hartmann & S. Filleur

34 Le mécanisme « Hit-and-run »
C. Hartmann & S. Filleur