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Calcul distribué pour l'imagerie médicale Sorina Pop Rafael Silva Tristan Glatard JRES11.

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1 Calcul distribué pour l'imagerie médicale Sorina Pop Rafael Silva Tristan Glatard JRES11

2 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Sommaire Introduction La plateforme Amélioration des performances Résultats Conclusion 2/15

3 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Introduction Besoins Partage dapplications et des données Ressources pour le calcul et le stockage Applications cibles Simulations (images et radiothérapie) Etudes paramétriques Ressources distribuées et hétérogènes Grille EGI (VO biomed) : 1,5 PB de stockage et plus de150 clusters Clusters locaux Parallélisation Balayage de paramètres Découpage des entrées Partitionnement du nombre dévénements en plusieurs taches indépendantes (Monte-Carlo) 3/15

4 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Sommaire Introduction La plateforme Amélioration des performances Résultats Conclusion 4/15

5 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Fonctionnalités Gestion des droits dutilisateurs Accès aux applications Accès aux données Transfert de fichiers Gestion d'espaces privés et partagés. Exécution et suivi de workflows de traitement dimage Accès à des statistiques de performance et utilisation Catalogue et visualisation de modèles 3D 5/15

6 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Exécution 6/15 Web browser

7 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Sommaire Introduction La plateforme Amélioration des performances Résultats Conclusion 7/15

8 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Equilibrage de charge (I) Parallélisation statique d'une simulation GATE. Les tâches les plus longues (échouées et re-soumises) pénalisent l'ensemble de la simulation. Worker : Simule P/n particules 8/15

9 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Equilibrage de charge (II) Figure 2: Parallélisation dynamique d'une simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de re- soumission. Parallélisation dynamique d'une simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de re-soumission. Worker : Tant que stop non reçu: Simule 1 particule Fin tant que Master : Tant que p P p # particules simulées Fin tant que Stoppe tous les workers 9/15

10 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Sommaire Introduction La plateforme Amélioration des performances Résultats Conclusion 10/15

11 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Utilisation 70 utilisateurs enregistrés Une quinzaine dutilisateurs réguliers Une dizaine dapplications en production Activité des principales applications du 01/01/11 au 01/09/11 11/15

12 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Exemples de résultats Etude paramétrique de la perfusion hépatique Simulation avec le logiciel GATE. Simulation échocardiographique obtenue avec le logiciel FIELD-II 12/15

13 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Conclusion La grille comme outil quotidien De plus en plus dutilisateurs et dapplications A améliorer Ordonnancement des dernières tâches Gestion de données Faciliter le portage de nouvelles applications Accès : https://vip.creatis.insa-lyon.frhttps://vip.creatis.insa-lyon.fr Applications existantes Portage de nouvelles applications Accès aux ressources de la VO biomed 13/15

14 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES11, 22/11/2011 Remerciements Projets ANR Radiotherapy simulation: hGATE ( ) Image simulation: VIP ( ) France-Grilles MOTEUR2 Johan Montagnat ; CNRS I3S Pilot jobs Jakub T. Moscicki ; CERN A. Tsaregorodtsev, V. Hammar ; CPPM EGI support https://gus.fzk.de 14/15

15 Merci pour votre attention! Questions?


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