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1 Annotations sémantiques pour le domaine des biopuces Khaled Khelif – Rose Dieng ACACIA.

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1 1 Annotations sémantiques pour le domaine des biopuces Khaled Khelif – Rose Dieng ACACIA

2 2 Objectif : Contexte Sources de données hétérogènes Pertinence des résultats de la RI !! Difficulté d'accès aux anciens résultats Problématique Cahiers d'expériences Ontologies du domaine Base des expériences Bases documentaires biologiste Proposer des aides méthodologiques et logicielles pour la capitalisation et la valorisation des connaissances Solution Assister les biologistes Faciliter la validation et linterprétation des résultats des expériences biopuces Faciliter la recherche dans une telle mémoire Proposer une architecture dune mémoire dexpériences Faciliter la recherche dans une telle mémoire

3 3 Problématique Pauvreté sémantique des moteurs de RI (basés sur les mots clés) Prolifération incessante des documents sur le web Ce qui entraîne : Un bruit/silence dans les résultats fournis Une tâche supplémentaire pour le biologiste : le tri et la vérification de ces résultats Utilisation des techniques du web sémantique

4 4 Solution proposée Utilisation des annotations sémantiques pour faciliter la tâche de RI. Système de génération semi-automatique dannotations sémantiques basées sur UMLS Exploitation des connaissances contenues dans le texte pour la génération de ces annotations. Utilisation des ontologies pour diriger la création de ces annotations.

5 5 Système de génération dannotations sémantiques Lextraction dinformations à partir des textes Les concepts et les relations de lontologie bio-médical UMLS Basé sur faciliter la recherche dinformations dans les bases documentaires et la rendre plus pertinente But GATE Article scientifique Annotation sémantique MEAT Annot UMLS Knowledge server (web) Filtrage des mots vides Instanciation des concepts Détection des relations Validation Traitement linguistique Doc.xml ({Token.string == "play"} | {Token.string == "plays"}) {SpaceToken} ({Token.string == "a"}| {Token.string == "an"})? ({SpaceToken})? ({Token.string == "vital"}| {Token.string == "important"}| {Token.string == "critical"}| {Token.string == "some"} | {Token.string == "unexpected"}| {Token.string == "multifaceted"} | {Token.string == "major"})? ({SpaceToken})? ({Token.string == "role"} | { Token.string == "roles"})

6 6 Bilan Base dannotations UMLS Interface Biologistes Corese Transmettent requêtes interroge Renvoie les résultats interrogeutilise

7 7 Conclusion & persepectives Méthode de génération semi-automatique des annotations sémantiques Extraction dinstances de relations entre concepts Méthode générique, indépendante du domaine Affiner la méthode dextraction des termes Améliorer linteraction avec lutilisateur


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