BIN 1001 TP1 Outils sur ESIBAC Assemblage S é ance aux ordinateurs.

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1 BIN 1001 TP1 Outils sur ESIBAC Assemblage S é ance aux ordinateurs

2 Disponibilit é Julie : Lundi 16h-17h Marie Pier : Jeudi 14h-15h

3 Alignement multiple ClustalW MUSCLE T-Coffee

4 Phylog é nie MrBayes PHYML, Tree-Puzzle PHYLIP NJPLOT

5 Logiciels statistiques Maple MATLAB R

6 Dynamique mol é culaire et structure 3D Gromacs DSSP PYMOL

7 Motifs d ’ ARN RNA motif tRNAscan ERPIN

8 Cr é ation de base de donn é es mySQL dia

9 GUIDE DES RESSOURCES INFORMATIQUES DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE http://www.esi.umontreal.ca/bioinfo/PROCEDURES/ Section Logiciels: –Tous les logiciels disponibles sur ESIBAC –Exemple : EMBOSS

10 Phred/Phrap/Consed Le logiciel phred assignent aux sequences ADN des fichiers de traces une valeurs de qualit é. Le logiciel phrap assemblent les traces Le logiciel Consed permet de voir l ’ assemblage Documentation: http://www.phrap.org/phredphrap/phred.html

11 TP d ’ aujourd ’ hui S é quence de SARS D é sassembler la s é quence (reads) de diff é rentes fa ç ons Assembler les reads avec PhredPharp Visualiser les contigs avec Consed Assemblage de g é nome: 1 seul contig

12 TP d ’ aujourd ’ hui PPC chromat_dirphd_diredit_dir Séquence SARS desassembler.pl preparPPC

13 Remise Faire une remise é lectronique de votre fichier reponse.txt : –remise bin1001 tp1 reponse.txt