Bin1001 - Hiver 2005 Intégration biosciences/informatique Sylvie Hamel Département d’informatique et de recherche opérationnelle André-Aisenstadt: 3161.

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1 Bin1001 - Hiver 2005 Intégration biosciences/informatique Sylvie Hamel Département d’informatique et de recherche opérationnelle André-Aisenstadt: 3161 sylvie.hamel@umontreal.ca Hervé Philippe Département de biochimie Pavillon Roger-Gaudry: H307-21 herve.philippe@umontreal.ca http://www-bac.esi.umontreal.ca/~dbin1001

2 Préalables: IFT1010: Programmation 1 ? Horaire et locaux: ActivitéJourLocal théorieVendredi: 12h30-14h30 D-560 BIN1001- H2005, Sylvie Hamel Université de Montréal Plan de cours2

3 Objectifs: Le cours BIN1001 vise à introduire l’étudiant au domaine de la bioinformatique en y survolant plusieurs thèmes importants. Contenu: Assemblage et séquençage de génomes Banques de données Structures et prédiction de gènes Alignement local et global Recherche de similarités Phylogénie Structure secondaire de l’ARN Intéraction protéines-protéines BIN1001- H2005, Sylvie Hamel Université de Montréal Plan de cours3

4 Quelques références: 1) D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997. 2)D.W. Mount, Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004. 3)R.D.M. Page et E.C. Holmes, Molecular Evolution, A Phylogenetic Approach, Blackell Publishers, 1998 4)M. Pop, S.L. Salzberg et M. Shumway, Genome Sequence Analysis: Algorithms and Issues, IEEE, 2002 5)Etc … BIN1001- H2005, Sylvie Hamel Université de Montréal Plan de cours4

5 BIN1001- H2005, Sylvie Hamel Université de Montréal Plan de cours5 4 devoirs: Pondération: 10 % chacun Discussions permises TP1: - remise de l’énoncé: 21 janvier - remise du devoir: 4 février TP2: - remise de l’énoncé: 4 février - remise du devoir: 18 février TP3: - remise de l’énoncé: 18 février - remise du devoir: 11 mars TP4: - remise de l’énoncé: 11 mars - remise du devoir: 25 mars Test récapitulatif: Pondération: 20 % 8 avril Évaluation: Tout retard dans la remise des travaux entraînera une pénalité de 10% par jour (24 heures). Cours préparatoires: Pondération: 10 %

6 Évaluation (suite): BIN1001- H2005, Sylvie Hamel Université de Montréal Plan de cours6 Présentation en équipe de 2: Pondération: 30% Format: - un étudiant se focalise sur l’aspect biologique (10 minutes) - un autre étudiant se focalise sur l’apport de la bioinformatique (10 minutes) - Questions et discussion (10 minutes) Préparation: Lecture de la documentation conseillée (articles de revue, chapitre de livres, etc..) Recherche d’informations supplémentaires (web: google, NCBI, parrain) Faire une page html contenant un résumé de la présentation, les références et un glossaire: À mettre sur WebCT au moins 2 jours avant la présentation pour permettre aux étudiants de se préparer et de poser des questions Faire la présentation avec PowerPoint ou Acroread Emprunter un portable à la DGTIC

7 Évaluation (suite): BIN1001- H2005, Sylvie Hamel Université de Montréal Plan de cours7 Présentation en équipe de 2: Sujets: Alignement multiple Recherche de similarité (psi-blast) Maximum de vraisemblance Génomique environnementale Datation moléculaire Transferts horizontaux chez les Bactéries Duplication de génomes Empreinte phylogénétique Puces d’ADN Calcul moléculaire Réseaux de régulation SNPs Structure tridimensionnelle du ribosome etc…

8 Démonstrateur et correcteur: Mohamed Tikah Marrakchi Tâches: Correction des 4 devoirs Page web Aide à la préparation des fichiers « powerpoint » pour les présentations Laboratoire Emboss (pendant le cours du 18 février) Disponibilités: À venir BIN1001- H2005, Sylvie Hamel Université de Montréal Plan de cours8

9 Disponibilité des professeurs: Sylvie Hamel : Vendredi 14h30 - 16h30 et sur rendez-vous (via email) Hervé Philippe: ? BIN1001- H2005, Sylvie Hamel Université de Montréal Plan de cours9

10 Plagiat: Pour vos travaux, vous pouvez utiliser tout ce qui est disponible et accessible publiquement en autant que les références utilisées soient proprement citées. Les cas de plagiat seront traités conformément aux règles en vigueur à l’Université de Montréal BIN1001- H2005, Sylvie Hamel Université de Montréal Plan de cours10