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Un aperçu de la bioinformatique moléculaire A. Denise Bioinformatique LRI Orsay Université Paris-Sud 11.

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1 Un aperçu de la bioinformatique moléculaire A. Denise Bioinformatique LRI Orsay Université Paris-Sud 11

2 La cellule, unité du vivant

3 Les trois règnes primaires Bactéries Archae Eucaryotes Procaryotes

4 Les trois règnes primaires

5 Le dogme central ADN ARN Protéines Réplication Transcription Traduction

6 Transcription de lADN en ARN

7 Traduction de lARN en protéines

8 Au début était la séquence (dADN). 53 Faire linventaire du contenu génétique. Elucider la fonction de chaque élément.

9 Promoteur ARNt ARNr Introns... Au début était la séquence (dADN). 53 Gène protéique ARNm Protéine transcription traduction Faire linventaire du contenu génétique. Elucider la fonction de chaque élément.

10 Séquences Connaissances biologiques ORF = ATG [(A+C+G+T) 3 ] * (TAA+TAC+TAG) Algorithmique Statistiques Evolution Inventaire

11 Lévolution nous aide ! Zones conservées

12 Mais la séquence nest pas tout ! Par quels mécanismes linformation génétique sexprime-t-elle ? Comment se structure-t-elle ? Comment participe-t-elle à la dynamique de la cellule ?

13 Structure des protéines

14 Structure de lARN

15 Dynamique de lexpression : facteurs de transcription

16 Régulation

17 Réseaux de régulation

18 « Vue dartiste » © Ebbe Sloth Andersen

19 SéquenceFonction StructureRégulation

20 Paillasse Structure Evolution Interactome TranscriptomeGénome Protéome Données « haut débit » Quelles sont les données ?

21 Où sont les données ? Données : pléthoriques hétérogènes redondantes plus ou moins fiables contradictoires évolutives …

22 Nous (informaticiens) avons du travail en : Statistiques Algorithmique et combinatoire. Programmation logique et réseaux de contraintes. Optimisation. Model-checking. Inférence, apprentissage, classification, fouille de textes et extraction de connaissances. Analyse dimages. Visualisation, IHM. Intégration de données massives et hétérogènes. Grilles de calcul … GdR de Bioinformatique moléculaire : Société Française de Bioinformatique :


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