Banques de données en bio-informatique

Présentation au sujet: "Banques de données en bio-informatique"— Transcription de la présentation:

1 Banques de données en bio-informatique
TP3 Banques de données en bio-informatique

2 Bases de données Ressources importantes en sciences Pourquoi?
Grand nombre de données Grand nombre de chercheurs

3 BD Existantes Catégories DNA / RNA / Protein sequence databases
RNA secondary structure databases RNA / Protein 3D structure databases Genomics databases Metabolic and Signaling pathway databases Human Genes and Diseases Immunological databases Microarray data and other gene expression Organelle databases Plant databases. …

4 BD Existantes Catégories DNA / RNA / Protein sequence databases
RNA secondary structure databases RNA / Protein 3D structure databases Genomics databases Metabolic and Signaling pathway databases Human Genes and Diseases Immunological databases Microarray data and other gene expression Organelle databases Plant databases. …

5 BD des acides nucléiques
3 organisations: NCBI (National Center for Biotechnology Information) EMBL (European Molecular Biology Laboratory) DDBJ (DNA Databank of Japan)

6 Limites Données brutes (séquence, structure, etc.) Annotation
Pour avoir une utilité en biologie, les données doivent être présentées dans un contexte biologique plus large.

7 Base de données intégrées
Type de données multiple Ensembles de données inter-reliés Permettre l’analyse des données Exemple: Protein domain database Pathway database

8 Quelques problèmes Les données peuvent contenir des erreurs et omissions Format de données différents d’une base de données à l’autre

9 Pymol:Logiciel de visualisation moléculaire

10 Ouvrir un fichier La fenêtre de contrôle File open

11 Menu A (Actions) : menu des actions
S (Show) : menu pour permet de choisir un style de visualisation à la molécule. H (Hide) : menu pour cacher un styles de visualisation à la molécule. L (Labels) : menu pour ajouter le nom des molécules. C (Color) : menu pour changer la couleur de la molécule.

12 L’utilisation de la souris
gauche: rotation libre milieu : translation axes x,y droite : translation axe z