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Les bases de données biologiques au LBBE Le système ACNUC Bases de données généralistes Bases de données développées au labo Accès aux bases de données.

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1 Les bases de données biologiques au LBBE Le système ACNUC Bases de données généralistes Bases de données développées au labo Accès aux bases de données Simon Penel Journées du laboratoire 1-2 Juin 2005

2 Le système ACNUC Système de requête sur les séquences biologiques Développé au laboratoire (M. Gouy) Génération dindex à partir des annotations de séquences Permet de retrouver les séquences à partir de mot clefs, de la bibliographie, de la taxonomie, de la date, du type de séquence, du type de molécule Séquences « mères » et « filles » Permet dextraire les séquences sous différents formats, de récupérer les annotations Accès ACNUC local : API en C Accès ACNUC à distance, mode client serveur (sockets), API en C

3 Bases de données généralistes structurées sous ACNUC maintenues au laboratoire Mise à jour automatique: GenBank Séquences nucléiques - 2 milions de CDS (NCBI) EMBL Séquence nucléiques - 2 milions de CDS Uniprot (anciennement SwissProt + TrEMBL + PIR) - 2milions de protéines et aussi.... EnsemblGénomes complets métazoaires Genome Reviews Génomes complets bactériens (EBI) Complete Protéomes (EBI) HAMAP Génomes microbiens(SIB)

4 Bases de données de familles de gènes développées au labo et/ou en collaboration Bases de données de familles de gènes protéines ET/OU séquences nucléiques Familles de gènes/protéines Alignement Arbre phylogénétique (avec évènement de spéciation et duplication) Applications: Evolution moléculaire Prédiction de fonction de gène Phylogénie des espèces Cartographie comparée Génétique des populations Utilisation des ressources du centre de calcul de lIN2P3 (P. Calvat) parallèlisation des calculs (BLAST, CLUSTALW) : gain 20 x à 50 x

5 Bases de données de familles de gènes générales Familles de gènes homologues Hobacgen Bactéries & levures (G. Perrière) Hogenom Hovergen Vertébrés séquences (L. Duret) HoGenom Génomes complets séquences (L. Duret, S. Penel) Projet Européen Temblor/Integr8 (EBI) Homolens Génomes complets de Ensembl séquences

6 Hoppsigen A. Khelifi (LBBE) Familles de retroélements, retropseudogènes RTKdb J. Grassot (LBBE/ Centre de Génétique Moléculaire et Cellulaire) Familles de Récepteurs Tyrosine Kinase Nurebase (LBBE/ENS-Lyon) Familles de Récepteurs Nucléaires Polymorphix E. Bazin ( Laboratoire « Génome Populations Interactions Adaptation ») Familles de séquences polymorphes TaxoBacGen G. Devulder (LBBE) Taxonomie des génomes bactériens EMGLib G.Perrière (LBBE) Génomes bactéries et levures, annotations corrigées GemCore V. Navratil, (LBBE, INRA) SNiPs, cartographie comparée Futur : Familles de gènes homologues de plantes Fusion Hogenom + Homolens Hovergen: Vertébrés Métazoaires ( x 2) Tout Uniprot ( 2 millions de séquences, x10) Bases de données plus spécialisées Collaborations au sein du LBBE ou avec labos extérieurs

7 Accès au banques query, query_win en local à partir de pbil, biomserv, pbil2 (M. Gouy) Requêtes sur les banques Visualisation, extraction de données query_win en mode client-serveur sur Mac et PC (S. Delmotte, M. Gouy) seqinR en mode client-serveur (D. Charif, S. Delmotte, J. Lobry) Serveur Web du PBIL (S. Penel, G. Perrière) Requêtes sur les banques Recherche avec BLAST Visualisation, extraction de données FamFetch (banques de familles): application Java (G. Perrière) Recherche et visualisation des familles Recherche de motifs dans les arbres (J.F. Dufayard)

8 Accès au banques query, query_win à partir de pbil, biomserv, pbil2

9 Accès au banques Serveur Web du PBIL

10 Conclusions De nombreuses banques De nombreux outils Grosses capacités de calcul (IN2P3) Compétences en modélisation, conception, mise en place et maintenance des banques Favoriser lutilisation des banques le développement de nouvelles banques associées à différentes thématiques au sein du laboratoire


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