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Bioinformatique =?? Informatique au service de la biologie moléculaire ADN (ARN)Protéine génomiqueprotéomique.

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Présentation au sujet: "Bioinformatique =?? Informatique au service de la biologie moléculaire ADN (ARN)Protéine génomiqueprotéomique."— Transcription de la présentation:

1 Bioinformatique =?? Informatique au service de la biologie moléculaire ADN (ARN)Protéine génomiqueprotéomique

2 Génomique= analyse systématique de la composition génétique dun organisme Protéomique= ensemble de la composition en protéines dune cellule Bioinformatique= analyse et gestion par des méthodes informatiques des données générées par la génomique et la protéomique Etude et développement statistiques des données Analyse et interprétation des séquences Développement de nouveaux outils informatiques

3 Paradigme de la biologie moléculaire:

4 Séquençage de génomes Banque de données : GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank ): consortium entre NCBI (USA) EMBL (Europe) and DDBJ (Japon) ORGANISM CHROMOSOMES GENOME SIZE GENES Homo sapiens (Humans)23 3,200,000,000 ~ 30,000 Mus musculus (Mouse)20 2,600,000,000 ~30,000 Drosophila Melanogaster4 180,000,000 ~18,000 Saccharomyces cerevisiae (Yeast)16 14,000,000 ~6,000 Zea mays (Corn) 10 2,400,000,000 ???

5 Code génétique Bases : A (adénine), G (Guanine): Purine T (Thymine), C (Cytosine) : Pyrimidine Correspondance codon-acide aminé

6 Code des acides aminés

7 Séquence dacides aminés: N C Lien peptidique : Forme trans (plan) Séquence linéaire Structure secondaire Structure tridimensionnelle (3D)

8 Structure 3D Relation Séquence-Structure-Fonction

9 Plan du cours Séquence protéique *propriétés des acides aminés *quelles infos en tirer sur la fonction de la protéine étudiée? *notion dhydrophobicité *bases de données Structure secondaire Structure secondaire : définition, prédiction Structure 3D Structure 3D : * définition * bases de données

10 *prédiction 3D * par homologie: notion dalignement de séquences * threading: notion dalignement de structures * ab initio *Méthodes de prédiction de structure de peptides (Peplook) Misfolding-désordre Misfolding-désordre : comment le paradigme une séquence = une structure est remis en question Dynamique moléculaire

11 Notions de data mining (statistiques) Protéine/peptides membranaires Exemples « pratiques »: *Modélisation relation structure 3D/fonction de protéines *Modélisation de linteraction peptide/lipides et leur rôle

12 Dates des cours: 16/11 : supprimé 23/11: 10h20 30/11: 10h20 01/12: 13h40 (JM Crowet) 3/12: 8h30 (au lieu de 8h) 6/12: supprimé 7/12: 10h20 (S. Steinhauer) 17/12: 8h30 (au lieu de 8h) 22/12: 10h20 23/12: 8h30: questions/réponses (na lieu quà la demande des étudiants) 24/12: supprimé

13 Examen: Travail écrit: analyse dune séquence protéique et construction dun modèle 3D Séquence disponible le 30/11 (sera envoyée par mail) Travail à remettre pour le vendredi 14/1/2011 à envoyer sous format pdf à ET à


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