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Rappel des objectifs du WP10 Mois 6 : cahier des charges de la bioinformatique pour un environnement transparent de calcul largement distribué Mois 12.

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1 Rappel des objectifs du WP10 Mois 6 : cahier des charges de la bioinformatique pour un environnement transparent de calcul largement distribué Mois 12 : cahier des charges pour un banc-test, sélection dune application et document de planification Mois 24 : rapport sur la première version dune application biologique sur le banc-test Mois 36 : rapport final incluant le compte-rendu de la deuxième version de lapplication biologique sur le banc- test

2 Biologistes/MédecinsPhysiciens ArchitecturePlateHiérarchisée (CERN) DonnéesCopies multiples Formats variables Découpage des bases de données Read/Write Peu de copies Peu de formats (4) Idem Read OU Write CalculMise à jour quotidienne Interactif -> Temps réel Parallélisé (BLAST) Pas de mise a jour Batch Pas de parallélisme Comparaison des besoins des biologistes et des physiciens

3 Evaluation des environnements existants Calcul distribué : Tests de Globus (Exposé Y. Legré, R. Météry) Contacts avec le Laboratoire dInformatique de Lille : FOCALE Plates-formes bioinfo : Tests dApplab (EBI) Contacts avec INRIA Grenoble

4 Une alternative pour le calcul distribué : FOCALE (LIFL) Fédération de serveurs distants Approche composants Echange de données entre composants sur un bus CORBA Interface graphique pour assembler les composants (pipelining)

5 Generic component description Trader entry properties (name = value) name=mycomp Binary file path command line I/O streams spec. Type, location... Trader entry Properties Binary File InputOutput Factory

6 Connector Component producing data Component consuming data File Socket Console Method File Socket Console Method ConnectorOutputConnectorInput CORBA Any stream to any stream connectors

7 Un besoin à terme: la partition des bases de données Objectif : accélérer tous les algorithmes de comparaison de séquences Exemple : BLAST, recherche dhomologie entre une séquence et celles déjà annotées (9GB) Limitation : accès disque Moyen : découper les bases de données biologiques sur plusieurs nœuds en local et sur la grille et paralléliser le BLAST Outils existants ? Apport de DataGRID ? Besoin commun de partition avec les physiciens Besoin spécifique de parallélisme

8 WP 10 : organisation Réunions bimensuelles Lyon, 10/1/01 : état de lart en bioinformatique Prochaine réunion à Amsterdam le 7 Mars Collaborations envisagées Avec EBI Avec LIFL : FOCALE Draft dun cahier des charges (N. Jacq)


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