La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova 170602 WP10 Status Crédits : WP10 & M. Joubert, D. Lazaro.

Présentations similaires


Présentation au sujet: "WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova 170602 WP10 Status Crédits : WP10 & M. Joubert, D. Lazaro."— Transcription de la présentation:

1 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova WP10 Status Crédits : WP10 & M. Joubert, D. Lazaro

2 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova Main activities EDG releases evaluation and tests Participation to interWP structures (ATF, TWG, ITeam) –ATF representative : J. Montagnat (R. Medina) –TWG representatives : R. Medina, T. Silvestre & N. Jacq –ITeam representative : Y. Legré Deployment of applications –Seems to proceed OK Deployment of biomedical testbed –Depends of EDG middleware –Extremely slow

3 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova jE: an interface to medical data and metadata Split nominative and anonymous data to allow data replication on unsecured sites. Untrusted data servers with blanked images jE Authentication and Authorization Metadata interface SE-DICOM interface Confidential data Non- confidential data Header blanking hospital SE DICOM Server SE European DataGrid H. Duque, J. Montagnat et al

4 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova Dissemination Is becoming a significant activity within our WP –Presentations in workshops and conferences –Written contributions Can be improved with –An improved web site –WP10 dedicated posters DataGrid WP10 identified by EC as the first prototype of a biomedical grid –5 health grid projects starting in September –Health grid identified as a key development for FP6

5 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova L A PLATEFORME DE SIMULATION PET/SPECT GATE ObjectifsObjectifs –développer une plate-forme de simulation générique pour des applications PET/SPECT basée sur GEANT4 –valider la plate-forme sur plusieurs configurations Collaboration (au 1/07/02) –IPHE Lausanne –Univ. Bruxelles –Univ. Gent –INSERM U494 Pitié-Salpêtrière –SHFJ Orsay, –CERMEP Lyon –LPC Clermont-Fd Caractéristiques –basé sur GEANT4 –effort de développement et de validation commun –Implémentation déléments spécifiques à la médecine nucléaire

6 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova P OTENTIALITES OFFERTES PAR GATE DESCRIPTION DU SCANNER Geometrie préprogrammation (détecteurs matériaux, …) Propriétés résolution spectrale… SOURCES RADIOACTIVES Propriétés de décroissance radioactive Utilisation dimages digitales cartes complexes démission et dabsorption TEMPS Dynamique physique :décroissance Dynamique biologique : pharmaco- cinétique Mouvements MOUVEMENT/DYNAMIQUE Mouvement continu du détecteur rotation: SPECT, PET mouvement spécifique Mouvement de la source patient (battements du coeur…) source externe CONVIVIAL interactif (interface graphique) interactif (interface graphique) guide dutilisateur, exemples, aide à lutilisateur guide dutilisateur, exemples, aide à lutilisateur

7 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova ACCES AUX SIMULATIONS GATE/GEANT4 VIA UN PORTAIL WEB Portail de calcul pour les utilisateurs certifiés (GATE,…) –Chargement des fichiers de contrôle de GEANT4 Portail de démonstration pour les nouveaux utilisateurs –Imagerie médicale –Radiothérapie –Radiobiologie Interface utilisateur: –choix de la caméra/dispositif souhaité –choix des paramètres (géométrie, génération…) –récupération du fichier de données généré par lexécution sur DataGRID

8 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova Test de GEANT4 sur DATAGRID avec ZeGrider ZeGrider est un algorithme générique de gridificationZeGrider est un algorithme générique de gridification - développé et testé sur des algorithmes de bioinformatique - généralisé puis testé avec GEANT4 ZeGrider traite un script et rédige le(s) fichiers JDL nécessaires à lexécution sur la grilleZeGrider traite un script et rédige le(s) fichiers JDL nécessaires à lexécution sur la grille ZeGrider fonctionne à laide de fiches XML qui décriventZeGrider fonctionne à laide de fiches XML qui décrivent - lalgorithme - le format du fichier dentrée et du fichier de sortie (parallélisation…) Crédit : Matthieu Joubert

9 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova E XEMPLE DUTILISATION DE ZeGrider POUR LA GRIDIFICATION DE GEANT4 Test simpleTest simple unseul nœud –utilisation dun seul nœud de la grille (CCIN2P3 à Lyon) –le programme GEANT4 est compilé au CCIN2P3 –le script quutilise ZeGrider: configure toutes les variables denvironnement nécessaires au fonctionnement de GEANT4 (source…) lance lexécution du programme au CCIN2P3 récupère le fichier résultat ROOT SUCCES !

10 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova A PPORT DE LA GRILLE POUR GATE/GEANT4 Exécution de simulations en parallèle sur plusieurs processeursExécution de simulations en parallèle sur plusieurs processeurs –le plus simple : chaque acquisition est envoyée sur un processeur différent –moins simple : pour une acquisition donnée, diviser le nombre total dévènements par le nombre de processeurs, envoyer en parallèle les jobs avec des générateurs random différents (GS) et concaténer le fichier de sortie –plus complexe : lorsque lon fait bouger le détecteur et/ou le fantôme, envoyer chaque run sur des processeurs différents –encore plus complexe : paralléliser GEANT4, i.e traiter en parallèle plusieurs particules sur plusieurs processeurs

11 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova D EPLOIEMENT DE GATE GEANT4 et ROOT seulement doivent être disponibles sur chaque nœud de la grille –GATE installé seulement à Lausanne –avec les versions GATE-friendly: version Linux : Redhat 6.2 version compilateur: gcc2.95/egcs1.1 version GEANT4 de production: GEANT4.4.0 version ROOT: à préciser –définition de variables denvironnement soit en lançant lexécutable avec toutes les librairies nécessaires en statique(?) soit en fixant les chemins des variables et des librairies par un script sur le site de lexécution pas de chemin en dur dans le code dissémination du code GATE –réduite à lenvoi dexécutables + macros + sur la grille

12 WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova U TILISATION DE ZeGrider Interprétation + vérif. Fiche de lalgorithme Parallélisation ? Division du fichier ligne de commande Fiche du format Édition du ou des fichiers JDL Exécution + suivi + retour des résultats Regroupement les résultats Fiche du format Fichier de résultats JDL Crédit : Matthieu Joubert


Télécharger ppt "WP10 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova 170602 WP10 Status Crédits : WP10 & M. Joubert, D. Lazaro."

Présentations similaires


Annonces Google