Crédits : WP10 & M. Joubert, D. Lazaro

Présentation au sujet: "Crédits : WP10 & M. Joubert, D. Lazaro"— Transcription de la présentation:

1 Crédits : WP10 & M. Joubert, D. Lazaro
WP10 Status Crédits : WP10 & M. Joubert, D. Lazaro Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova

2 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova 170602
Main activities EDG releases evaluation and tests Participation to interWP structures (ATF, TWG, ITeam) ATF representative : J. Montagnat (R. Medina) TWG representatives : R. Medina, T. Silvestre & N. Jacq ITeam representative : Y. Legré Deployment of applications Seems to proceed OK Deployment of biomedical testbed Depends of EDG middleware Extremely slow Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova

3 jE: an interface to medical data and metadata
Split nominative and anonymous data to allow data replication on unsecured sites. Untrusted data servers with blanked images jE Authentication and Authorization Metadata interface SE-DICOM Confidential data Non-confidential Header blanking hospital SE DICOM Server European DataGrid H. Duque, J. Montagnat et al Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova

4 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova 170602
Dissemination Is becoming a significant activity within our WP Presentations in workshops and conferences Written contributions Can be improved with An improved web site WP10 dedicated posters DataGrid WP10 identified by EC as the first prototype of a biomedical grid 5 health grid projects starting in September Health grid identified as a key development for FP6 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova

5 LA PLATEFORME DE SIMULATION PET/SPECT GATE
Objectifs développer une plate-forme de simulation générique pour des applications PET/SPECT basée sur GEANT4 valider la plate-forme sur plusieurs configurations Collaboration (au 1/07/02) IPHE Lausanne Univ. Bruxelles Univ. Gent INSERM U494 Pitié-Salpêtrière SHFJ Orsay, CERMEP Lyon LPC Clermont-Fd Caractéristiques basé sur GEANT4 effort de développement et de validation commun Implémentation d’éléments spécifiques à la médecine nucléaire Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova

6 POTENTIALITES OFFERTES PAR GATE
DESCRIPTION DU SCANNER Geometrie préprogrammation (détecteurs matériaux, …) Propriétés résolution spectrale… SOURCES RADIOACTIVES Propriétés de décroissance radioactive Utilisation d’images digitales cartes complexes d’émission et d’absorption TEMPS Dynamique physique :décroissance Dynamique biologique : pharmaco-cinétique Mouvements MOUVEMENT/DYNAMIQUE Mouvement continu du détecteur rotation: SPECT, PET mouvement spécifique Mouvement de la source patient (battements du coeur…) source externe CONVIVIAL interactif (interface graphique) guide d’utilisateur, exemples, aide à l’utilisateur Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova

7 ACCES AUX SIMULATIONS GATE/GEANT4 VIA UN PORTAIL WEB
Portail de calcul pour les utilisateurs certifiés (GATE,…) Chargement des fichiers de contrôle de GEANT4 Portail de démonstration pour les nouveaux utilisateurs Imagerie médicale Radiothérapie Radiobiologie Interface utilisateur: choix de la caméra/dispositif souhaité choix des paramètres (géométrie, génération…) récupération du fichier de données généré par l’exécution sur DataGRID Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova

8 Test de GEANT4 sur DATAGRID avec ZeGrider
ZeGrider est un algorithme générique de gridification - développé et testé sur des algorithmes de bioinformatique - généralisé puis testé avec GEANT4 ZeGrider traite un script et rédige le(s) fichiers JDL nécessaires à l’exécution sur la grille ZeGrider fonctionne à l’aide de fiches XML qui décrivent - l’algorithme - le format du fichier d’entrée et du fichier de sortie (parallélisation…) Crédit : Matthieu Joubert Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova

9 EXEMPLE D’UTILISATION DE ZeGrider POUR LA GRIDIFICATION DE GEANT4
Test simple utilisation d’un seul nœud de la grille (CCIN2P3 à Lyon) le programme GEANT4 est compilé au CCIN2P3 le script qu’utilise ZeGrider: configure toutes les variables d’environnement nécessaires au fonctionnement de GEANT4 (source…) lance l’exécution du programme au CCIN2P3 récupère le fichier résultat ROOT SUCCES ! Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova

10 APPORT DE LA GRILLE POUR GATE/GEANT4
Exécution de simulations en parallèle sur plusieurs processeurs le plus simple : chaque acquisition est envoyée sur un processeur différent moins simple : pour une acquisition donnée, diviser le nombre total d’évènements par le nombre de processeurs, envoyer en parallèle les jobs avec des générateurs random différents (GS) et concaténer le fichier de sortie plus complexe : lorsque l’on fait bouger le détecteur et/ou le fantôme, envoyer chaque run sur des processeurs différents encore plus complexe : paralléliser GEANT4, i.e traiter en parallèle plusieurs particules sur plusieurs processeurs Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova

11 Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova 170602
DEPLOIEMENT DE GATE GEANT4 et ROOT seulement doivent être disponibles sur chaque nœud de la grille GATE installé seulement à Lausanne avec les versions GATE-friendly: version Linux : Redhat 6.2 version compilateur: gcc2.95/egcs1.1 version GEANT4 de production: GEANT4.4.0 version ROOT: à préciser définition de variables d’environnement soit en lançant l’exécutable avec toutes les librairies nécessaires en statique(?) soit en fixant les chemins des variables et des librairies par un script sur le site de l’exécution pas de chemin en dur dans le code dissémination du code GATE réduite à l’envoi d’exécutables + macros + sur la grille Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova

12 UTILISATION DE ZeGrider
Interprétation + vérif. Fiche de l’algorithme Parallélisation ? Division du fichier ligne de commande Fiche du format Édition du ou des fichiers JDL Exécution + suivi + retour des résultats Regroupement les résultats Fichier de résultats JDL Crédit : Matthieu Joubert Vincent BRETON – WP10 meeting – Padova