Présentation de GeneProt

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1 Présentation de GeneProt
Nicolas Jacq – CNRS DataGRID Laboratoire de Biologie des Protistes (LBP)

2 Quelques Chiffres… 120 millions de $ d’investissements, levés par GeneProt en moins d’un an, dont 10 millions de $ de Compaq 40 millions de $ de Novartis 40 millions de $ du client Novartis pour l’analyse par GeneProt de 3 tissus humains en état malades et sains 35 millions de $ sur 4 ans de GeneProt pour l’installation, le matériel et la maintenance de son informatique par Compaq

3 Historique 03/00 : fondation de GeneProt
09/00 : alliance avec Bruker Daltonics analyse par spectrométrie de masse 10/00 : choix de Compaq, alliance avec Novartis 12/00 : 120 millions de $ d’investissements obtenus au total 02/01 : ouverture du centre (5000 m²) premier au monde dans la recherche et la production de protéomes à grande échelle 05/01 : centre opérationnel

4 Objectifs de GeneProt Obtenir des quantités massives de protéines à partir des fluides et tissus d’organismes (constitution de bases de données) Identifier les protéines Déterminer les structures, fonctions et interactions des protéines Synthétiser des protéines Applications dans l’industrie pharmaceutique et agro-alimentaire

5 Méthodologie de GeneProt
Extraction à un temps donné plus de protéines / tissu ou fluide Séparation des protéines (chromatographie…) Identification et caractérisation par spectrométrie de masse : 51 spectromètres par comparaison avec des bases de données : algorithmes adaptés …

6 Besoins informatiques de GeneProt
Grande capacité de stockage Solutions rapidement disponibles Intégration de systèmes hétérogènes Analyse des données presque en temps réel

7 Solution proposée par Compaq
Pour capturer, stocker et analyser les énormes volumes de données générés par GeneProt : 1420 processeurs Alpha en parallèle 1 milliard de comparaisons de séquences par heure Système d’exploitation : Tru64 Unix Système de stockage : StorageWorks Base de données : Oracle Analyse complète d’un protéome en 6 mois