Formation Média Centre-Ouest URFIST de Rennes – 03/10/2013 Appuyé sur le support de F. Cohen-Adad « Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiques » Panorama des logiciels de gestion de références : quels besoins, quelles fonctions ? 1

PLAN Origines et caractéristiques des logiciels de gestion de références bibliographiques Panorama général des outils gratuits pour la gestion des références bibliographiques Orientations globales (à partir de Zotero, Mendeley et EndNote) Comparaison des sources compatibles Analyse comparative des fonctionnalités de gestion Capacités des logiciels pour la publication 2

3 Origines des logiciels de bibliographie personnelle : quelques rappels A la base de toute recherche : Le travail de citation Confrontation aux énoncés et travaux précédents, concernant le même sujet ou des sujets connexes crédibilité scientifique Le travail de recherche s’appuie sur un réseau de citations qui seront intégrées dans la publication Citations dans le texte Notes de bas de page Bibliographie

4 Origines des logiciels de bibliographie personnelle : quelques rappels Les principales étapes Recherche documentaire et exploration de la littérature scientifique sur le sujet de recherche Bases de données Recherche dans le web Récupération et stockage de références bibliographiques Constitution d’un corpus de références Identification et description précises des documents référencés

5 Origines des logiciels de bibliographie personnelle : quelques rappels Les principales étapes (suite) : Exploitation des références Citations dans le texte de la thèse et notes de bas de page Élaboration de la bibliographie Réutilisation des références pour d’autres travaux : communications à des congrès, articles de revues spécialisées … Mise en forme des références En conformité avec des normes d’écriture et de présentation

6 Origines des logiciels de bibliographie personnelle : quelques rappels Les normes : Norme ISO/AFNOR Norme ISO 690 Norme AFNOR NF Z , de 1987, pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets) Norme Norme AFNOR Z , de 1998, pour les documents électroniques

7 Origines des logiciels de bibliographie personnelle : quelques rappels Les normes : Protocoles spécifiques Protocole MLA (Modern Language Association of America) Protocole APA (American Psychological Association) Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues

8 Outils de gestion bibliographique : définition et applications Importer Gérer Stocker Éditer Diffuser Partager Exporter Ses références Formater Un logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR) permet de :

Caractéristiques des outils de gestion bibliographique Premier développement dans les années 80 En réponse aux besoins des chercheurs Face à l’essor des publications scientifiques « publish or perish » Diversification des formats (texte, image…) Face au développement des modalités d’accès aux sources d’information scientifique Bases de données en ligne Agrégateurs de revues Web 2.0 9

10 Caractéristiques des outils de gestion bibliographique  Stocker des références et / ou signets web issus d'une recherche documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé) ou d’autres outils bibliographiques  Classer, organiser et de gérer dans une base de données les références et la publication  Formater les références selon un style de publication  Générer automatiquement dans une publication scientifique les citations et la bibliographie ainsi formatées.  Exporter le corpus de références, le publier sur le web et dans certains cas, partager ses références.

11 Caractéristiques des logiciels de bibliographie personnelle Atouts des LGR Pour le stockage et la gestion des références : facilités d’exploitation de gros corpus de références par la structuration en base de données Pour la publication : récupération des références lors de l’écriture d’un texte formatage automatique des références selon les normes d’écriture en vigueur saisie unique des données et choix d’un format d’édition Pour le suivi de la recherche documentaire : liens entre la recherche documentaire et la base personnelle

12 Caractéristiques des logiciels de bibliographie personnelle Plateformes en ligne : Partage des références et accès à sa bibliothèque en ligne « Capitalisation des connaissances » et réseau de chercheurs Gain du temps pour son travail de recherche.

13 Caractéristiques des logiciels de bibliographie personnelle Typologies des LGR : Libres ou propriétaires Gratuits ou commerciaux En ligne ou / et application à installer en local Outils individuels ou de partage Outils autonomes ou à forte intégration web ou outils à orientation plus bibliographique Outils orientés références bibliographiques ou outils intégrant références et signets Multiplateformes ou PC / Mac / Linux

L’offre 14 Bookends BibDesk Papers Sente

15 L’offre Un grand nombre de produits Développement permanent de nouveaux logiciels Evolution et multiplication des fonctions Interfaçage avec les traitements de texte Orientation web … Des outils multi-plateformes ou non

16 L’offre Quelques logiciels professionnels (commerciaux) connus et utilisés : EndNote / EndNote Web Reference Manager Procite Papers RefWorks édités par Thomson Reuters Logiciel en ligne

17 L’offre Il existe un grand nombre d’autres logiciels bibliographiques Sur le site de Plume, fiches techniques de logicielsPlume 2008/2009 : projet Eclore, test sur un panel de logiciels de gestion de références bibliographiquesEclore Sur ( un guide sur les LGRhttp://guides-formadoct.ueb.eu/guide sur les LGR Quelques exemples de logiciels gratuits à télécharger ou à utiliser en ligne Voir diapo suivante

18 L’offre Quelques outils gratuits (références et / ou signets web) En ligne Bibsonomy CiteUlike WizFolio (version de base) BibMe A noter : Connotea a fermé le 12 mars Mixte Mendeley (version de bureau et serveur) Zotero (synchronisation des données en ligne) En local JabRef BibDesk (pour mac) Bibus

L’offre Multiplicité / Diversité des outils Quelques outils prépondérants Aujourd’hui, surtout 19 Gratuit Payant

Caractéristiques communes Création de bases de données personnelles de références bibliographiques Stockage des références bibliographiques Enrichissement de la base Import automatique depuis des sources diverses : bases de données, sites web, moteurs de recherche Saisie de références Gestion de la base Organisation de la base, recherche dans la base, gestion des doublons… Rédaction de travaux scientifiques Insertion de citations dans un document élaboré avec un traitement de texte Production automatique de la bibliographie 20

Caractéristiques communes Fonctions complémentaires Gestion du texte intégral et des métadonnées Partage de références Annotations des PDF et des captures web Bibliothèque en ligne / synchronisation des données Partage de références Export de la base de références Bibliothèques de références sur mobile 21

Quels critères de choix ? Eléments de comparaison Les stratégies générales des outils. L’ergonomie de l’outil. Son accessibilité. Les sources depuis lesquelles il est possible d'importer des références. Les styles disponibles pour formater automatiquement la bibliographie. La possibilité de créer ou d'adapter des modèles d'import, de publication. 22

Quels critères de choix ? Eléments de comparaison (suite) L'interaction avec les traitements de texte. La prise en compte et la gestion du texte intégral pour le document référencé. Les possibilités de partage des références et leur gestion en ligne. Les possibilités d'export et d'échange avec d'autres outils bibliographiques. L’existence de fonctions spécifiques. 23

24 L’offre Reference Manager Overview, Martin Fenner, 19 septembre Licence CC : BY. Source : GOBBLEDYGOOK, PLoS BLOGS GOBBLEDYGOOK, PLoS BLOGS

25 L’offre Evaluations comparatives Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiques, Frédérique Cohen-Adad (nov. 2012) com.univ.collaboratif. utils. LectureFichiergw?ID_FICHIER= Base Eclore (2009) « Comparison of reference management software » sur Wikipedia (dernière maj février 2013) are

Orientations globales Zotero, > Logiciel open source Vient du monde académique Produit par le Center for History and New Media / George Mason University Logiciel local = plugin Firefox et outil autonome (Standalone) + serveur en ligne Gratuit pour l’application locale, gratuit jusqu’à 1 Méga de stockage sur l’espace en ligne Multiplateforme Orienté références bibliographiques et pages web Intégration web favorisée Réseau social 26

Orientations globales Mendeley, > Logiciel propriétaire > Mendeley Ltd Anglo-saxon Usage : forte orientation Sciences exactes Logiciel local (Mendeley Desktop) et plateforme en ligne + de 2 millions d’utilisateurs Accent mis sur le réseau social de chercheurs : diffusion des papiers, propriétés de réseau social; compte en ligne préalable à l’installation de Mendeley Desktop 75 millions de papiers sur la plateforme Logiciel gratuit pour l’application locale, gratuit jusqu’à 2 Go d’espace personnel sur le serveur en ligne 27

Orientations globales EndNote, et > Un des premiers logiciels bibliographiques Logiciel commercial, payant / EndNote accessible librement à l’utilisateur si son établissement est abonné au WoS Produit Thomson Reuters Multiplateforme Logiciel local + plateforme web = EndNote Web (avec WoS) Orienté références bibliographiques et bases de données Univers anglo-saxon Stockage illimité des notices sur les serveur 28

29 Orientations globales présence d’une image référence Pour voir une référence dans un style donné Nombre de références affichées sur nombre total Groupes de références EndNote

Le modèle de logiciel ? 30 Source : F. Cohen-Adad

Le modèle de logiciel ? 31 Source : F. Cohen-Adad

Comparaison : l’import de références 32 Source : F. Cohen-Adad

Comparaison : l’import de références 33 Source : F. Cohen-Adad

Comparaison : l’import de références 34 Source : F. Cohen-Adad

Comparaison : les imports depuis Zotero Les « translators » de Zotero Soit directement depuis la page web, soit en passant par la création de fichiers Plus de 300 « translators » pour importer depuis des milliers de sites Catalogues de bibliothèques et de musées, bases de données spécialisées, sites de revues et d’actualités, sites web Plus hétérogènes, plus ouverts sur les SHS et sur le web + récupération à partir du DOI, ISBN, PMID Mais pas de possibilité de les modifier Exemples : les bases d’EBSCO, PubMed, JSTOR, Springer, ScienceDirect, Google Scholar, et Books, CiteSeer, WorldCat, Muse, Lexis-Nexis… 35

Comparaison : les imports depuis Mendeley 36 Sur la page du Web Importer : 48 sources principales d’information scientifique + par identifiants DOI, PMID, ArXiv ID + PDF éditeurs (pas de modification des filtres)

Comparaison : les imports depuis Mendeley Autres sources d’alimentation de la base = Papers, par recherche ou navigation dans les disciplines 37

La gestion des références 38 Source : F. Cohen-Adad

Fonctionnalités de gestion des références 39 Source : F. Cohen-Adad

Fonctionnalités de gestion des références 40 Zotero gère : Les références bibliographiques Les liens Les fichiers associés Les captures de pages web / annotations de captures web Indexation possible des PDF, mais pas d’annotation actuellement Mendeley gère : Les références bibliographiques Les liens Les fichiers Indexation des PDF Annotation des PDF

Fonctionnalités de gestion des références 41 EndNote gère : Les références bibliographiques Les liens Les fichiers tous types Les PDF Annotations de PDF possibles

Les références 42 Types de références : 20 chez Mendeley 34 chez Zotero Pas de types de référence personnalisables Pas de champs personnalisables Avec Mendeley : Références marquées comme lues Filtre par auteurs, marqueurs, publications, mots clés

Les références 43 Types de références : Seul, EndNote propose : Types de référence personnalisables Champs personnalisables (en nombre limité)

Fonctionnalités de gestion des références 44 Source : F. Cohen-Adad 300 Mo actuellement

Fonctions de partage 45 Source : F. Cohen-Adad

46 Fonctions de partage Source : Agropolis / Dominique FournierAgropolis / Dominique Fournier

47 Fonctions de partage Outre les fonctions classiques d’import de références, possibilités selon les outils : Signalement de ses propres publications Suggestion de publications qui seront validées par l’auteur Import de listes de publications Liens entre chercheurs Liens par disciplines, mots clés, publications partagées, citations, « followers » et « following »

Fonctions de Partage 48 Source : F. Cohen-Adad

Fonctions de partage 49 Diffusion en ligne Mendeley : un réseau social développé Fonction Papers : Facilite la recherche de documents scientifiques Facilite la diffusion de documents scientifiques Possibilité de recherche par disciplines et sous-disciplines + tags Education : papers et 3722 groupes

Fonctions d’export 50 Formats d’export de la bibliothèque Zotero : 11 formats (RDF, RIS, BibTeX, ReferBibIX, TEI …) Mendeley : 3 formats (RIS, BibTeX, EndNote XML)

Citer et éditer sa bibliographie 51 Source : F. Cohen-Adad

Citer et éditer sa bibliographie 52 Source : F. Cohen-Adad

Citer et éditer sa bibliographie Mendeley : Intégration Mendeley: Word, Libre Office / Open Office 6673 styles disponibles Majoritairement en STM 4 variantes APA 12 variantes du style Chicago Manual of Style Large palette de revues Pas de modification possible dans l’interface; il faut connaître le langage CSL 53

Citer et éditer sa bibliographie Zotero : Intégration Zotero : Word, Libre Office / Open Office + de 6390 styles disponibles Palette plus développée du côté des sciences humaines 4 variantes APA Pas de modification possible dans l’interface; il faut connaître le langage CSL 54

Citer et éditer sa bibliographie Styles prédéfinis (de base et leurs variantes) : EndNote : Barre d’outils EndNote : Word, Libre Office / Open Office plus de 5000 styles bibliographiques Orientation STM Création ou modification de styles possible dans l’interface EndNote Bibliographie thématique, modèles Word 55

Atouts et limites Zotero Avantages Logiciel libre / communauté permettant des améliorations progressives Facilité d’usage et d’import Large intégration web Ouverture sur les SHS en même temps que sur les STM Gestion des PDF Serveur Zotero et travail collaboratif Limites Peu d’espace de stockage gratuit Rigidité pour les types de référence et les champs Modification des styles uniquement par le code CSL Qualité des imports à contrôler 56

Atouts et limites Mendeley Avantages Gratuité Réseau social de chercheurs et site très collaboratif Facilités de gestion des PDF My Publications / Données sur les publications Limites Pas de personnalisation des types de références ou des champs Modification des styles uniquement par le code CSL Sécurité des données ? Qualité des imports à contrôler 57

Atouts et limites EndNote Avantages Nombreuses sources d’import prédéfinies Nombreux styles disponibles Possibilités de paramétrage et de manipulation Outil professionnel éprouvé Intégration avec le Web of Science pour EndNote Web Limites Pour les SHS et le droit Pour le domaine francophone Peu tourné vers le web Logiciel payant 58

59 Quelques autres outils bibliographiques CiteUlike Créé en 2004 (Université de Manchester) + développements ultérieurs Gestion de références en ligne gratuite (sur inscription) Sauvegarde, recherche, et partage de références d’articles dans des bibliothèques personnelles ou de groupes Fils RSS pour mettre en place une veille sur un thème + Watchlist Accès direct aux revues auxquelles CiteUlike est abonné Export vers Zotero possible

60 Quelques autres outils bibliographiques CiteUlike

61 Quelques autres outils bibliographiques CiteUlike 3 modes d’intégration des références : Intégration automatisée par bookmarklet à intégrer dans le navigateur Intégration semi-automatisée en copiant l’URL dans CiteUlike Intégration manuelle Sources diverses : Sites d’éditeurs commerciaux (ex: Elsevier, Springer) Agrégateurs (ex: Ingenta, JSTOR) Archives ouvertes (ex: ArXiv) Librairies (ex: Amazon) Orientation Sciences exactes

62 URFIST Rennes62 Quelques autres outils bibliographiques 1.Créer un compte 2.Dans le menu principal : Browser button 3.Ajouter le bouton : « Post to CiteUlike » ou « Advanced bookmarklet »

63 URFIST Rennes63 Le bouton « Post to CiteUlike » ajoute la référence à la bibliothèque personnelle Quelques autres outils bibliographiques

64 Quelques autres outils bibliographiques Edition des références dans diverses normes : Harvard, Nature, Elsevier…

65 URFIST Rennes65 Quelques autres outils bibliographiques Bibsonomy, (Université de Kassel, Allemagne) SignetsRéférences

66 Quelques autres outils bibliographiques Export des références selon le format APA Bibsonomy

67 Quelques autres outils bibliographiques

68 L’interface de Papers Quelques autres outils bibliographiques

69 Quelques autres outils bibliographiques Recherches documentaires Références de la base ERIC en Sciences de l’éducation Papers

70 Import de la références BoutonPour importer un article, ex : depuis Revues.org Quelques autres outils bibliographiques

71 Insertion de citation et édition de bibliographie avec « Magic Manuscripts »  Icône  Ou « Ctrl Alt P »  Rechercher la référence et l’insérer à partir de la fenêtre de saisie Quelques autres outils bibliographiques

72 Quelques autres outils bibliographiques Autres exemples : JabRef Qu’est-ce que JabRef ? Application écrite en Java, utilisant nativement le format Bibtex pour enregistrer ses données Outil gratuit et OpenSource (Licence GPL) Cf. Fiche technique du Cemagref : html html

73 Quelques autres outils bibliographiques Principales fonctionnalités de JabRef Saisie des données dans les champs existant dans BibTeX (Ajout possible des champs personnalisés, génération automatique des clés BibTeX, groupement des entrées, gestion partielle des autorités) Fonctions de recherche Recherche par mots-clés Surlignage de certaines entrées Recherche par groupes / sous-groupes

74 Imports de données dans JabRef : Dans les formats suivants : BibTeXML, Biblioscape, Biomail, CSA, INSPEC, ISI, JStor (tabulations), Medline, Ovid, REPEC (New Economic Paper), RIS, Refer/EndNote, Scifinder, SilverPlatter, Sixpack Bases : Web of Science (ISI), ScienceDirect et EconLit (RIS), CAB, Francis (SilverPlatter), EndNote (RIS) Option Fetch : recherche sur serveurs distants pour les bases Medline, CiteSeer Quelques autres outils bibliographiques

75 JabRef : Gestion du lien vers le texte intégral depuis la référence (pdf, ps, url, doi) Export : html, BibTeXML, Harvard RTF, EndNote… Citations : Liens vers éditeurs LaTeX Automatisation de l’attribution d’une étiquette BibTeX de type AuteurDate (icône baguette magique) Insertion de la référence à citer dans un fichier Latex par CTRL-K / CTRL-V {\citeToto2005} Option « Push selection » to WinEdt (éditeur LateX) Vers Word : option « copier la clé bibtex » par clic droit sur les références sélectionnées Quelques autres outils bibliographiques

76 Créer une base de références Import de données Fonctions d’export JabRef Quelques autres outils bibliographiques

77 Conclusion Adapter le choix de l’outil / des outils au type de besoin et au contexte d’usage, au champ disciplinaire dans lequel on travaille Utiliser la complémentarité et la convergence des outils dans sa pratique quotidienne Evaluer / Vérifier le degré d’exactitude et de précision dans les différentes opérations (import, citation, champs des références…) Suivre les évolutions

Quelques ressources 78 Cohen-Adad, F. Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiques, 2011, maj mars ogiciels_bibliographiques_mars2012.pdf ogiciels_bibliographiques_mars2012.pdf Comparison of reference management software. Wikipedia, 2012, ftware ftware Fenner, M. Reference manager overview, PLosBlogs2010, Hensens, H. 3 logiciels « gratuits » pour gérer sa bibliographie, 2012, eley_AperoDoc.pdf eley_AperoDoc.pdf