La tuberculose Mycobacterium tuberculosis complex E La tuberculose Mycobacterium tuberculosis complex E. Martin Octobre 2013

Généralités sur les mycobactéries Taxonomie Ordre des Actinomycétales, Famille des Mycobacteriaceae Un seul genre : Mycobacterium Caractéristiques générales Bacilles immobiles, non sporulés, non capsulés Composants spécifiques : acides mycoliques

Généralités sur les mycobactéries Taxonomie Ordre des Actinomycétales, Famille des Mycobacteriaceae Un seul genre : Mycobacterium Caractéristiques générales Bacilles immobiles, non sporulés, non capsulés Composants spécifiques : acides mycoliques Acido-alcoolo-résistance (pas ou peu de coloration au Gram) Résistance aux agents chimiques Cibles des antibiotiques spécifiques

Classification des mycobactéries Caractères phénotypiques (Runyon) : 4 groupes Croissance lente (> 10 j) Photochromogènes : groupe I Scotochromogènes : groupe II Non chromogènes : groupe III Croissance rapide (< 7 j) : groupe IV Caractères pathologiques ++++ Mycobactéries tuberculeuses (M. tuberculosis Complex) Mycobactéries non tuberculeuses ou atypiques Mycobacterium leprae Photochromogène: pigmentation à la lumière Scotochromogène:pigmentation à la lumière ou sans lumière

Mycobacterium tuberculosis complex Isole la bactérie en 1884 Prix Nobel de Médecine et de Physiologie “pour ses investigations et découvertes sur la tuberculose” Robert Koch 1843-1910

Mycobacterium tuberculosis complex Responsable de nombreux décés depuis la préhistoire Apogée en Europe au XIXème siècle Déclin dans les pays industrialisés au Xxème siècle grace à l’amélioration des conditions de vie Jean-Jacques Rousseau      (1712-1778)        Guy de Maupassant (1850-1893)   Molière     (1622-1673) Albert Camus (1913-1960)

7 espèces toujours pathogènes M. tuberculosis (bacille de Koch, BK) Réservoir principal : homme Contamination pulmonaire interhumaine (contamination animale possible) M. africanum Réservoir principal: homme Majoritairement en Afrique Noire, rares cas européens M. canettii Corne de l’Afrique M. bovis Réservoir : bovins, animaux domestiques ou sauvages Contamination digestive (lait cru infecté) : rare dans les pays « riches » Canetti = variant smooth de tuberculosis, région de Djibouti M. africanum: afrique de l’ouest M. bovis : Tuberculose extrapulmonaire ou pulmonaire

7 espèces toujours pathogènes M. caprae Réservoir principal : chèvres Transmission possible à l’homme M. pinnipedii Réservoir : pinnipèdes (mammifères marins) Cas d'infection décrits chez un homme, un tapir et un bovin néo-zélandais M. microti Réservoir : rongeurs (campagnols, lapins, cobayes…), voire bovins Non pathogène pour l’homme Caprae isolées à l’origine en Espagne de nœuds lymphatiques et de poumons de chèvres atteintes de TB Pinnipèdes = mammifères marins (phoques, morses, otaries) Homme = TB chez un dresseur d’otaries australien Tapir = élevé en captivité à proximité d’un bassin d’otaries

Épidémiologie Tuberculose = fléau mondial Problème majeur de santé publique dans les PVD (pandémie de VIH) Années 2000: maladie en recrudescence → Maladie réémergente Émergence de tuberculoses multirésistantes aux ATB +++ En 2004, Asie du Sud Est 33% de l’incidence mondiale Incidence 2 fois plus élevée en Afrique subsaharienne qu’en Asie du Sud Est. TB multirésistante = au moins INH et Rifamp R (gros problème notamment en Russie) Possibilité de ttt mais plus long (jusqu’à 2 ans), plus cher (x100) et plus toxique Mauvais pronostic surtout si association au VIH TB multirésistante (MDR : multi-drug resistant) = résistance au moins à la rifampicine et à l’isoniazide (= hospitalisation + isolement strict) TB ultrarésistante (XDR : extensively drug resistant) = souches multirésistantes + résistance à une fluoroquinolone et au moins un des 3 médicaments injectables de 2ème ligne (kanamycine, amikacine, capréomycine) Données OMS

Épidémiologie Tuberculose = fléau mondial Quelques chiffres Problème majeur de santé publique dans les PVD (pandémie de VIH) Années 2000: maladie en recrudescence → Maladie réémergente Émergence de tuberculose multirésistante aux ATB +++ Quelques chiffres 1/3 de la population mondiale est infecté 8,8 millions de nouveaux cas de TB maladie/2010 : faible baisse du nombre de malades depuis 2005 (9 millions). (OMS) Mortalité : 1,35 millions en 2010 (OMS) Facteurs de risque Socio-économiques : précarité, manque d’hygiène, immigration Nutritionnels ou toxiques : alcoolisme, toxicomanies, dénutrition Immunodépression Thérapeutique (IS, corticoïdes, chimiothérapie…) Physiologique (grossesse, enfants, pers âgées) Pathologique (VIH, cancer, IRC, hémopathie…) 3ème cause de mortalité infectieuse en 2004 (WHO) après les diarrhées infectieuses et le VIH mais devant le palu = 2 millions de mort/an >9 millions de nouveaux cas / an dont 95 % dans les PVD (9.27 millions de nouveaux cas en 2007) VIH et tuberculose accélèrent mutuellement leur progression et forment une association meurtrière VIH augmente le risque de développer une forme sévère de TB VIH = 20 à 37 fois plus de risque de développer une TB Tuberculose = 13% des décès au stade SIDA Traitement plus longs

En France (données InVS) 5190 cas de tuberculose maladie déclarés  taux de déclaration : 9 pour 100 000 habitants Disparités géographiques 2005

En France, 2 populations de malades Dans les pays d’endémie la tuberculose est une maladie de l’adulte jeune. Population jeune - Migrants, précarité - Tuberculose d’acquisition récente Population âgée - Autochtone - Tuberculose d’acquisition ancienne

Physiopathologie Pouvoir pathogène de M. tuberculosis Complex Multiplication lente → Infection chronique Multiplication en milieu bien oxygéné → Poumon +++ Réponse de l’hôte  Hypersensibilité retardée Immunité cellulaire +++ (macrophages, LT4, LT8) Destruction des tissus infectés Inflammation chronique Doublement du BK en 20h BK = bactérie aérobie mais possibilité de dvlpt en milieu micro-aérophile BK peu virulent : pas de toxine Tuberculose = infection nécrosante d’aspect chronique

Stades de la maladie « Tuberculose infection » (ancienne primo-infection) Réaction de l’organisme au 1er contact avec le BK Le plus souvent asymptomatique (ou syndrome pseudo-grippal) Voie pulmonaire +++ Virage tuberculinique, recherche de BK négative Absence de risque contagieux « Tuberculose maladie » Manifestation secondaire du BK Signes cliniques +++ Localisation surtout pulmonaire + atteinte ganglionnaire Recherche BK positive, signes radiologiques Risque contagieux +++ « Tuberculose latente » Période entre tuberculose infection et tuberculose maladie Durée +/- longue (inexistante ou plusieurs années) Asymptomatique Positivité des tests IGRA

Tuberculose infection Physiopathologie Inhalation et passage dans les alvéoles pulmonaires (≤ 1 µm) Phagocytose et multiplication dans les macrophages Formation d’un granulome (ou tubercule) pulmonaire Transmissibilité uniquement dans les TB pulmonaires et les exceptionnelles TB laryngées. Dose infectante faible (<100 bactéries) Très rarement transmission sexuelle, transplacentaire, cutanée Granulome = macrophages géants (appelés cellules épithélioïdes) entourés de lymphos et au centre nécrose caséeuse Forme sévère = TB miliaire, méningite tuberculeuse, pleurésie Les mycobactéries sont transportées dans les tissus profonds par les macrophages (et éventuellement autres phagocytes). Des macrophages additionnels fusionnent en un foyer infectieux unique formant le granulome. La définition pathologique d’un granulome est une collection de différents macrophages avec une morphologie caractéristique. Les granulomes sont formés en réponse à une infection persistante par des pathogènes intracellulaires (Mycobacterium, Schistosoma, Brucella). Cependant, si les macrophages suffisent pour parler de granulome, le granulome tuberculeux est également constitué de nombreux lymphocytes T, quelques lymphos B, cellules dendritiques, PNN, fibroblastes et composants de la matrice extracellulaire. Le rôle de ces cellules accessoires n’est pas totalement compris même si certains lymphos T jouent un rôle certain dans le maintien du granulome et le confinement des mycobactéries. Les macrophages vont s’activer, avec augmentation de taille (cellules géantes), et se différentier ultérieurement en cellules épithélioïdes. La nécrose caséeuse contient des débris acellulaires d’apparence pathologique distincte. Le granulome humain caractéristique comprend donc un cœur central nécrosé délimité par des cellules épithélioïdes entourées d’une couronne lymphocytaire. Les BK sont localisés à l’intérieur des macrophages du granulome et en plus grande quantité dans le caséum. Le granulome peut également être fibreux ou calcifié et ce type de morphologie ne contient que très rarement des BK vivants, suggérant que la présence d’une fibrose et/ou d’une calcification est corrélée avec la guérison. Le caséum est nécessaire à la transmission du BK puisque c’est la rupture du caséum ramolli qui va permettre de libérer les BK. Les BK dans le caséum peuvent être observés après coloration de Ziehl, mais on ne peut pas savoir la proportion de BK vivants ou morts.

Tuberculose infection Physiopathologie Inhalation et passage dans les alvéoles pulmonaires (≤ 1 µm) Phagocytose et multiplication dans les macrophages Formation d’un granulome (ou tubercule) pulmonaire Macrophages géants entourés d’une couronne lymphocytaire avec au centre une zone de nécrose caséeuse Transmissibilité uniquement dans les TB pulmonaires et les exceptionnelles TB laryngées. Dose infectante faible (<100 bactéries) Très rarement transmission sexuelle, transplacentaire, cutanée Granulome = macrophages géants (appelés cellules épithélioïdes) entourés de lymphos et au centre nécrose caséeuse Forme sévère = TB miliaire, méningite tuberculeuse, pleurésie Les mycobactéries sont transportées dans les tissus profonds par les macrophages (et éventuellement autres phagocytes). Des macrophages additionnels fusionnent en un foyer infectieux unique formant le granulome. La définition pathologique d’un granulome est une collection de différents macrophages avec une morphologie caractéristique. Les granulomes sont formés en réponse à une infection persistante par des pathogènes intracellulaires (Mycobacterium, Schistosoma, Brucella). Cependant, si les macrophages suffisent pour parler de granulome, le granulome tuberculeux est également constitué de nombreux lymphocytes T, quelques lymphos B, cellules dendritiques, PNN, fibroblastes et composants de la matrice extracellulaire. Le rôle de ces cellules accessoires n’est pas totalement compris même si certains lymphos T jouent un rôle certain dans le maintien du granulome et le confinement des mycobactéries. Les macrophages vont s’activer, avec augmentation de taille (cellules géantes), et se différentier ultérieurement en cellules épithélioïdes. La nécrose caséeuse contient des débris acellulaires d’apparence pathologique distincte. Le granulome humain caractéristique comprend donc un cœur central nécrosé délimité par des cellules épithélioïdes entourées d’une couronne lymphocytaire. Les BK sont localisés à l’intérieur des macrophages du granulome et en plus grande quantité dans le caséum. Le granulome peut également être fibreux ou calcifié et ce type de morphologie ne contient que très rarement des BK vivants, suggérant que la présence d’une fibrose et/ou d’une calcification est corrélée avec la guérison. Le caséum est nécessaire à la transmission du BK puisque c’est la rupture du caséum ramolli qui va permettre de libérer les BK. Les BK dans le caséum peuvent être observés après coloration de Ziehl, mais on ne peut pas savoir la proportion de BK vivants ou morts. 90-95 % des cas Calcification du granulome (BK détruit ou latent) 5-10 % des cas (ID et enfants) Dissémination bacillaire Formes sévères

Tuberculose maladie 5 à 10 % des cas : réactivation bacillaire et extension des lésions Localisation pulmonaire la plus fréquente (3/4 cas) : Fièvre prolongée assez discrète (38°C) avec sudations profuses nocturnes, perte de poids, asthénie Toux précoce, constante, productive, avec des quintes : expectorations blanchâtres et muqueuses Contagiosité +++ Autres localisations : rénale, urogénitale, ostéo-articulaire, ganglionnaire, péricardique… Tuberculose généralisée (ID) Méningite tuberculeuse (enfants, vieillards) Facteurs aggravants : âges extrêmes, malnutrition, alcoolisme, diabète, Immunodépression ++ Réactivation bacillaire, ramollissement du caséum et oxygénation brusque dans les bronches = extension du foyer infectieux Expectorations mucopurulentes ou hémoptisiques Contagiosité importante : un malade peut contaminer 10 à 15 personnes /an Formes extra-pulmonaires retrouvées chez 40 % des patients non-VIH, 70 % chez VIH L’incidence des formes extra-pulmonaires augmente avec l’âge Localisation ostéo-articulaire = mal de Pott Méningite tuberculeuse : peut survenir à tout âge avec un pic de fréquence entre 6 mois et 3 ans Rareté actuelle Symptomes initiaux = troubles du comportement +++ (modification du caractère, de l’intérêt pour l’entourage; succession de phases apathiques puis d’irritabilité; période d’absence avec fixation d’un point précis pendant de longs moments), céphalées intermittentes d’intensité modérée, qq vomissements et douleurs abdos Fièvre modérée et inconstante. Tableau fluctuant d’un jour à l’autre. En absence de traitement, apparition après 1 à 4 semaines de troubles de la conscience (léthargie, somnolence, confusion mentale) généralement associés à un syndrome méningé typique et divers signes neurologiques (paralysie des nerfs craniens, notamment occulomoteurs). Si pas de traitement = coma (calme, respiration souvent irrégulière, avec épisodes d’apnée) LCR: Typiquement GB entre 50 et 800/mm3, essentiellement des lymphos Hyperproténiorachie + hypoglycorachie + hypochlorurorachie hypochlorurorachie = non spécifique de la méningite tuberculeuse = reflet de la diminution du chlore et du sodium sériques provoquée par une sécrétion inappropriée d’ADH, qui peut se voir dans d’autres circonstances. TTT : association INH + Rifampicine pendant 12 mois généralement efficace (possibilité de rajouter de la pyrazinamide, ou de substituer en cas d’effets secondaires par de la streptomycine ou de l’éthambutol)

Tuberculose latente Tuberculose maladie Exposition aux particules infectieuses 70 % Pas d’infection 30 % Tuberculose Infection 95 % Infection contenue par défenses immunitaires 5 % Maladie tuberculeuse précoce (forme sévère) Tuberculose latente 70% pas d’infection = variable en fonction de la concentration bacillaire dans les crachats et de la durée d’exposition 90-95 % Infection contenue 5-10 % Réactivation endogène tardive Tuberculose maladie

Histoire naturelle de la maladie

Diagnostic de la tuberculose

Éléments évocateurs Contexte épidémiologique Signes cliniques Notion de contage Infection VIH Contexte d’ID (corticoïdes, immunosuppresseur, anti-TNF) Provenance d’un pays endémique Signes cliniques Signes respiratoires : toux, hémoptysies, dyspnée Signes généraux : amaigrissement, asthénie, fièvre, sueurs nocturnes

Imagerie Radiographie pulmonaire Scanner Très souvent évocatrice (quasi normale chez ID) Topographie : lobes supérieurs et segment supérieurs des lobes inférieurs Nodule isolé (forme pseudotumorale : tuberculome) ou multiples, infiltrats Caverne unique ou multiple Scanner Surtout utile dans le bilan d’extension, notamment dans les TB ganglionnaires, les atteintes pleurales complexes… Examen repoussé si possible à une période où le patient n’est plus contagieux

Diagnostic biologique de la tuberculose maladie En plus du diagnostic biologique : - Diagnostic clinique - Diagnostic radiologique

Diagnostic de tuberculose maladie 1 - Prélèvements 2 – Fluidification/Décontamination des prélèvements 3 - Examen direct (+/- PCR) 4 - Culture 5 - Identification : Tests immuno-chromatographiques Tests génomiques: PCR/sondes 6 - Antibiogramme Sécurité de type L3 + de 400 cas/an de TB sont diagnostiqués en Rhône Alpes (dont ¼ au labo) Entre 800 et 1000 plvts/mois dont 2 % sont + BK = agent de classe 3 = agent pouvant entraîner une maladie grave et constituer un danger sérieux pour le personnel. Propagation possible. Il existe généralement une prophylaxie et un traitement efficace (M. tuberculosis complex, M. leprae, M. ulcerans) Classe 2 = agents pouvant entraîner une maladie et constituer un danger pour le personnel. Propagation peu probable. Il existe une prophylaxie et un traitement efficace. (MAC, M. chelonae, M. fortuitum, M. kansasii, M. xenopi, M. gordonae, M. abcessus, M. marinum, M. flavescens, M. malmoense, M. szulgai) Maladie à déclaration obligatoire en France depuis 1964. Déclaration obligatoire

Prélèvements Excrétion des BK intermittente → répétition des prélèvements 3 jours de suite +++ Prélèvements plurimicrobiens Respiratoires : le matin, au réveil, à jeun Crachats / expectorations Tubage gastrique Prélèvement sous fibroscopie (aspiration, brossage, LBA) Urinaires : sur la totalité des urines du matin Prélèvements monomicrobiens Liquide pleural LCR Pus de collection interne Biopsies (ganglionnaire, pulmonaire ou autre) Hémocultures / Myélocultures (infections disséminées) Recueil des plvts dans des flacons stériles Crachats à la suite d’un effort de toux Possibilité de nébuliser du sérum phy Tubage (si impossible de cracher) = récupération des sécrétions dégluties pendant la nuit La fibroscopie produit une irritation bronchique qui augmente la sensibilité de la recherche des mycobactéries dans les expectorations émises après la fibroscopie. Il est donc recommandé de mettre en culture les expectorations post-fibroscopie. Urines : vérifier la leucocyturie et l’absence de bactériurie à autres germes Selon le Remic : 30 mL min

Décontamination But : éliminer bactéries contaminantes favoriser développement mycobactéries Sélection des mycobactéries par leur résistance aux agents chimiques agressifs (méthode de Kubica, de Petroff…) Fluidification/Décontamination : soude + N-acétyl-cystéine pendant 20-30 min Neutralisation Concentration par centrifugation Culot : ED, culture En pratique au CHU de Clermont, décontamination de tous les plvts sauf liquides et sang. Ensemencement direct sans centrifugation. Pour une bonne décontamination, il faut d’abord homogénéiser le plvt pour libérer les bactéries du mucus. Mycobactéries pas totalement résistantes à la décontamination : mort de certaines Décontamination par lauryl sulfate de sodium (Tacquet-Tison), par N acétyl cystéine sodique (Kubika) Lauryl sulfate = très bonne homogénéisation mais inhibiteur amplification génique et bactériostatique pour mycobactéries et pas neutralisable dans le milieux liquides Kubica = la plus utilisée aux USA, compatible avec tous les milieux de culture et la PCR Petroff = la plus simple à mettre en œuvre, méthode plus agressive et moins bonne sensibilité

Examen direct (1) Colorations spécifiques des BAAR : En pratique : Ziehl-Neelsen à chaud ou à froid (référence) - Fuschine + phénol + acide + bleu de méthylène - Lecture à l’objectif 100 à immersion - BAAR rouges/roses sur fond bleu Agent fluo (auramine ou acridine orange) - Auramine + acide/alcool + rouge thiazine - Lecture à l’objectif 25 en fluorescence - BAAR vert fluo sur fond rouge Coloration acridine : BAAR orange/rouge Lecture à l’objectif 10 Lyon Sud: Zielh-Nellsen à chaud Auramine cancérigène, acridine non cancérigène En pratique = pour les grandes séries En pratique : Dépistage avec auramine/acridine Confirmation avec Ziehl-Neelsen

Examen direct (3) Intérêts et limites ED = examen urgent Mise en évidence des patients « bacillifères » = BAAR + = contagieux  Mesures d’isolement respiratoire « isolement air » du patient (si ces mesures n’ont pas été mises en place avant…) Mise en place du traitement éventuellement Limites de l’ED Sensibilité médiocre (50 % dans plvts pulm) Pas de distinction mycobactéries tuberculeuses ou non !!!

Détection du complexe tuberculosis par biologie moléculaire (1) Contexte Examen direct peu sensible (50 % sur plvts pulmonaires) PCR directement sur échantillon apporte un gain ? Objectifs Confirmation du diagnostic de TB pulmonaire si ED positif Argument supplémentaire de diagnostic de TB pulmonaire si ED négatif mais contexte évocateur Méthodes PCR sur échantillon homogénéisé et décontaminé Trousses commercialisées TMA (transcription Mediated Amplification) Gen Probe/Biomérieux® PCR Amplicor, Roche Diagnostics® LCR (ligase chain reaction) Test LCx Probe Abott® SDA (Strand Displacement Amplification) BD ProbeTec® (NABM: indications limitées aux infections viscérales avec ED négatif et décision de traitement rapide est fait ) Trousse PCR validées et recommandées par les fabricants pour les prélèvements respiratoires mais la nomenclature limite les indications aux prélèvements viscéraux à ED négatif. Attention à la méthode employée pour la décontamination (Kubica ou soude) : lauryl sulfate inhibe amplification. La décontamination n’est pas obligatoire pour la PCR mais la fluidification est nécessaire pour libérer les BK A lyon : technique de PCR « maison » basée sur Hsp65. Détection Complexe Tuberculosis ou Mycibactéries atypiques.

Détection du complexe tuberculosis par biologie moléculaire (3) Test Xpert® MTB/RIF sur Cepheid ® GeneExpert: Two-hour detection of MTB and resistance to rifampicin (rpoB). Avantages - Simplicité et rapidité <2 heures Détection de la résistance à la rifampicine --> marqueur de multirésistance - P 3 non indispensable (utilisable dans les PVD) -Test approuvé par l’OMS (2010) Lyon Sud, genexpert réalisé « sur demande » (urgence, suspicion de TB mutirésistante) Coût : selon le fabricant, le coût va baisser (hihi) Etape 1 : extraction  libération de ADN Inconvénients - Coût de l’automate et des tests à l’unité (PVD) - Faible nombre de tests en simultané

Mise en culture (1) Milieux solides Lowenstein-Jensen Milieu à l’œuf (vit, neutralisation décontaminants) Vert malachite (inhibition bactéries contaminantes) Bonne sensibilité Morphologie caractéristique (« choux-fleur ») Coletsos - Lyon Sud Milieu à l’œuf (concentration + importante) Enrichissement en pyruvate de sodium (pousse mycobactéries exigeantes : M. bovis, M. africanum, M. xenopi) Conditions de culture Incubation 90 jours à 37°C (résultat - rendu à 4 semaines) Détection moyenne en 21 à 28 jours Jensen œuf = apport de vitamines + neutralisation des agents décontaminants vert malachite = inhibition bactéries contaminantes milieu assez sensible Coletsos concentration en œuf plus importante milieu enrichi en pyruvate de sodium : pousse favorisée des mycobactéries exigeantes et notamment micro-aérophiles (bovis, africanum, xenopi) Milieux solides : 90 jours à 37°C, mais possibilité incubation à 30°C (marinum, chelonae) et/ou à 42°C (xenopi) Croissance lente des mycobactéries : détection en moyenne en 21 à 28 jours (15 jours si le plvt est très riche en BAAR, mais parfois 42 jours si paucibacillaire) Middlebrooke semi-synthètique et transparent = meilleure lecture des colonies absence de supplémentation en œuf = utilisation limitée pour certains décontaminants prix plus important Milieu liquide non automatisé (Septi-Check) Milieu radiométrique = liquide renfermant de l’acide palmitique marqué au C14 Lecture de l’atmosphère par automate Milieu radioactif (conditions particulières) Milieu liquide avec indicateur de croissance (MGIT, MB Rédox, MB/Bact) Avant 4 milieux à l’œuf. Maintenant (milieux liquides + ident génomique) 1 liquide et 1 à l’œuf Milieux liquides plus sensibles que solides et détection plus rapide (1 à 2 semaines vs 3 à 4 semaines) Mais contaminations plus fréquentes avec milieux liquides

Mise en culture (2) Milieux liquides Middle-Brooke (7H9, 7H12) Milieu semi-synthétique et transparent Pas d’œuf (utilisation limitée pour certains décontaminants) MGIT (Mycobacterial Growth Indicator Tube) – Lyon Sud Indicateur de pousse fluorescent Coût élevé Automatisation: Bactec MGIT 960® Middlebrooke absence de supplémentation en œuf = utilisation limitée pour certains décontaminants prix plus important Milieu liquide non automatisé (Septi-Check) Milieu radiométrique = liquide renfermant de l’acide palmitique marqué au C14 production de CO2 radioactif mesuré Bactec 461 TB Lecture de l’atmosphère par automate Milieu radioactif (conditions particulières) Milieu liquide avec indicateur de croissance (MGIT, MB Rédox, Bactec, MB/Bact) Avant 4 milieux à l’œuf. Maintenant (milieux liquides + ident génomique) 1 liquide et 1 à l’œuf Milieux liquides plus sensibles que solides et détection plus rapide (1 à 2 semaines vs 3 à 4 semaines) Mais contaminations plus fréquentes avec milieux liquides

Identification Aspect macroscopique (milieu solide) Lecture visuelle régulière Contrôle de toute culture suspecte par Ziehl puis identification Pigmentation intense Aspect Croissance M. tuberculosis et BCG Non Colonies rugueuses en chou-fleur 3 semaines M. africanum Colonies rugueuses plates > 4 semaines M. bovis Colonies lisses A lyon : lecture visuelle à J2, J10 et tous les 10 jours

BK Lyon Sud +/-PCR + spoligotypage (détermination de l’espèce à l’intérieur du Complex) + mirutypage

Traitement/antibiogramme

Traitement Toujours association de molécules !!! Avec un traitement adapté et correctement suivi, la TB devrait guérir dans presque tous les cas !!! Schéma thérapeutique classique (TB pulm et extra-pulm) 2 mois avec Isoniazide + Rifampicine + Ethambutol + Pyrazinamide 4 mois avec Isoniazide + Rifampicine En absence de traitement : - évolution mortelle dans 50% des cas - guérison spontanée dans 25% des cas - persistance en mode chronique dans 25% des cas TB pulmonaire : 6 mois au total TB ganglionnaire : 9 mois au total TB osseuse ou neuroméningée : 9 à 12 mois au total Coinfection VIH : au moins 9 mois Corticothérapie initiale dans certaines formes de TB (méningite, péricardite, TB miliaire…) Aussi rarement: Acide para-aminosalycilique: PAS n’est plus disponible en France, capréomycine Possibilité de traitement long: 9 mois

N Vesiris 2011

Le rôle des différents antituberculeux N Vesiris 2011

La résistance aux antituberculeux en France En France 0 à 4 cas de XDR (MDR et fluoro et aminoside). 2 principaux facteurs de risque: traitement au préalable et pays de naissance TB MTBR: Estonie, Géorgie, Azerbaidjan, Moldavie, Kazakhstan, Ouzbekistan, Russie, Chine, Inde

Antibiogramme Émergence de souches multirésistantes voire ultrarésistantes = nécessité de l’ATBgramme Méthode des proportions : recherche des mutants résistants Inoculum en présence d’ATB vs Inoculum en absence d’ATB Comparaison nbe bactéries avec ATB / nbe bactéries sans ATB Techniques +/- longues : Méthode des proportions en milieu solide: plusieurs semaines Etude de la proportion de mutants R en milieu liquide = antibiogramme en milieu liquide: plusieurs jours (positif si > 1% de mutants R ) Résistance primaire : absence de traitement préalable ou < 1 mois Résistance secondaire : traitement > 1 mois TB multirésistante (MDR : multi-drug resistant) = résistance au moins à la rifampicine et à l’isoniazide (= hospitalisation + isolement strict) TB ultrarésistante (XDR : extensively drug resistant) = souches multirésistantes + résistance à une fluoroquinolone et au moins un des 3 médicaments injectables de 2ème ligne (kanamycine, amikacine, capréomycine) Méthode des proportions : elle permet de mesurer la proportion de bactéries capables de donner des colonies en présence d’un ATB à une concentration donnée. Les concentrations ont été fixées historiquement sur la base de la corrélation clinicobiologique. La souche est déclarée résistante à un ATB lorsque la proportion de cellules capables de donner des colonies est beaucoup plus élevée que la proportion attendue pour une souche sauvage et qu’elle est devenue supérieure ou égale à une proportion dite critique (1 % ou 10 % selon les molécules) Pour un 1er épisode de TB, seuls les antituberculeux de 1ère ligne sont testés : INH (bas et haut niveau de résistance), rifampicine, éthambutol, streptomycine et éventuellement pyrazinamide (activité qu’en milieu acide mais acidité inhibe la pousse des mycobactéries de 10 à 100 fois) En cas d’échec de traitement ou d’une rechute, on teste les antituberculeux de 2ème ligne : amikacine, fluoroquinolones, éthionamide, cyclosérine, PAS. Labos spécialisés.

Antibiogramme en milieu liquide (CHLS) Automate Bactec MGIT 960 ® Test basé sur la croissance en parallèle d’une souche de M. tuberculosis en présence et en absence d’ATB Croissance du témoin puis vérification croissance ou non en présence d’ATB Résistance primaire : absence de traitement préalable ou < 1 mois Résistance secondaire : traitement > 1 mois TB multirésistante (MDR : multi-drug resistant) = résistance au moins à la rifampicine et à l’isoniazide (= hospitalisation + isolement strict) TB ultrarésistante (XDR : extensively drug resistant) = souches multirésistantes + résistance à une fluoroquinolone et au moins un des 3 médicaments injectables de 2ème ligne (kanamycine, amikacine, capréomycine) Méthode des proportions : elle permet de mesurer la proportion de bactéries capables de donner des colonies en présence d’un ATB à une concentration donnée. Les concentrations ont été fixées historiquement sur la base de la corrélation clinicobiologique. La souche est déclarée résistante à un ATB lorsque la proportion de cellules capables de donner des colonies est beaucoup plus élevée que la proportion attendue pour une souche sauvage et qu’elle est devenue supérieure ou égale à une proportion dite critique (1 % ou 10 % selon les molécules) Pour un 1er épisode de TB, seuls les antituberculeux de 1ère ligne sont testés : INH (bas et haut niveau de résistance), rifampicine, éthambutol, streptomycine et éventuellement pyrazinamide (activité qu’en milieu acide mais acidité inhibe la pousse des mycobactéries de 10 à 100 fois) En cas d’échec de traitement ou d’une rechute, on teste les antituberculeux de 2ème ligne : amikacine, fluoroquinolones, éthionamide, cyclosérine, PAS. Labos spécialisés.

Antibiorésistance par biologie moléculaire Recherche de mutations par PCR/séquençage dans les gènes impliqués dans la résistance: à la rifampicine : gène rpoB au pyrazinamide : gène pncA à l’isoniazide: gènes inhA, katG, ahpC à l’ofloxacine: gènes gyrA et gyrB à l’ethambutol: gène embB aux aminosides: gène rrs à l’éthionamide: gènes ethA, ethR, inhA Résistance primaire : absence de traitement préalable ou < 1 mois Résistance secondaire : traitement > 1 mois TB multirésistante (MDR : multi-drug resistant) = résistance au moins à la rifampicine et à l’isoniazide (= hospitalisation + isolement strict) TB ultrarésistante (XDR : extensively drug resistant) = souches multirésistantes + résistance à une fluoroquinolone et au moins un des 3 médicaments injectables de 2ème ligne (kanamycine, amikacine, capréomycine) Méthode des proportions : elle permet de mesurer la proportion de bactéries capables de donner des colonies en présence d’un ATB à une concentration donnée. Les concentrations ont été fixées historiquement sur la base de la corrélation clinicobiologique. La souche est déclarée résistante à un ATB lorsque la proportion de cellules capables de donner des colonies est beaucoup plus élevée que la proportion attendue pour une souche sauvage et qu’elle est devenue supérieure ou égale à une proportion dite critique (1 % ou 10 % selon les molécules) Pour un 1er épisode de TB, seuls les antituberculeux de 1ère ligne sont testés : INH (bas et haut niveau de résistance), rifampicine, éthambutol, streptomycine et éventuellement pyrazinamide (activité qu’en milieu acide mais acidité inhibe la pousse des mycobactéries de 10 à 100 fois) En cas d’échec de traitement ou d’une rechute, on teste les antituberculeux de 2ème ligne : amikacine, fluoroquinolones, éthionamide, cyclosérine, PAS. Labos spécialisés.

Traitement des tuberculoses multirésitantes et ultrarésistantes Classification OMS des antituberculeux de seconde ligne Groupe 1: isoniazide, Rifamycines, pyrazinamide, éthambutol Groupe 2: Streptomycine, Amikacine, Kanamycine, Capréomycine Groupe 3: Fluoroquinolones Groupe 4: Ethionamide, PAS, cyclosérine, Thiacétazone Groupe 5: Linézolide, Clofazime, Augmentin, Clarithromycine Après réception de l’antibiogramme, 4 à 6 antibiotiques auxquels la souche est sensible: Médicaments restant du Groupe 1 (Pyrazinamide) Aminosides (bactéricide) 3 à 6 mois minimum Fluoroquinolones (bactéricide) Compléter avec les groupes 4 et 5 Long : 18 à 24 mois minimum , 1 an après négativation des cultures effets indésirables +++ + nouvelle molécule (ATU Hospices): TMC 207 En absence de traitement : - évolution mortelle dans 50% des cas - guérison spontanée dans 25% des cas - persistance en mode chronique dans 25% des cas TB pulmonaire : 6 mois au total TB ganglionnaire : 9 mois au total TB osseuse ou neuroméningée : 9 à 12 mois au total Coinfection VIH : au moins 9 mois Corticothérapie initiale dans certaines formes de TB (méningite, péricardite, TB miliaire…) Aussi rarement: Acide para-aminosalycilique: PAS n’est plus disponible en France, capréomycine

Tuberculose latente

Diagnostic tuberculose latente But : Identification des personnes infectées avant déclaration de la maladie Moyens : Intra-dermoréaction (IDR) Mauvaises spécificité (BCG, atypiques) Mauvaise sensibilité Nécessité de 2 visites Difficultés de lecture Tests immunologiques : IGRA (Interferon Gamma Releasing Assay) IDR = plus vieux test diagnostic encore utilisé Interprétation IDR : - Chez immunocompétent : diamètre > 10 mm = positif diamètre < 5 mm = négatif - Chez immunodéprimé avec < 500 CD4/mm3 : diamètre > 5 mm = positif

Les IGRA Principe : détectent la tuberculose latente ou la tuberculose maladie sans distinction. Réponse +: « contact avec Mycobacterium tuberculosis » TB → réponse immunitaire cellulaire majeure (LT) → synthèse de cytokines de type TH1, notamment d’IFN Test basé sur la sécrétion d’IFNpar les lymphocytes T en présence d’Ag spécifiques de M. tuberculosis absents du BCG et des mycobactéries atypiques (sauf M. kansasii, marinum, szulgai) Tests qualitatifs : positif, négatif, ininterprétable 2 test commercialisés sur prélèvements sanguins : QuantiFERON®-TB Gold In-Tube, Société Cellestis Ltd., Carnegie, Australia T.Spot®-TB, Oxford Immunotec, Oxford, UK (BioMérieux) Détails Ag spécifiques : ESAT-6, CFP-10 (=absence dans BCG), RD1 (= absence chez la plupart des mycobactéries environnementales), TB 7.7

Bilan des IGRA Avantages Limites 1 seule visite, non opérateur dépendant Non influencé par le BCG Bonnes performance: Excellente VPN !!! Limites Fréquence des ininterprétables (T-Spot®) Discordances IDR/IGRA : Gold Standard ? Tests qualitatifs = Pas de datation du contact !!! Les IGRA sont « globalement » plus performants que l’IDR : meilleure sensibilité chez les immunodéprimés, pas de réaction croisée chez les patients vaccinés. Leur principale performance concerne la VPN : en cas d’IGRA négatif, on est quasi certain que le patient n’a jamais rencontré le BK, il n’est donc pas à risque de développer une TB maladie, un traitement prophylactique n’est pas nécessaire. Les IGRA sont des tests QUALITATIFS. Si pos = contact avec le BK, si neg = pas de contact avec le BK. Mais si le test est positif, on ne peut pas dater le contact (3 semaines ou 30 ans ?) ni estimer le risque d’évolution vers une TB maladie

Indications IGRA Rapport du groupe de travail 1er juillet 2011 Le HCSP émet des recommandations pour l’utilisation de ces tests de dépistage et en particulier des tests IGRA, pour dépister l’ITL dans le cadre de la prise en charge des sujets contact d’un cas de tuberculose, des patients infectés par le VIH ou devant être mis sous traitement par anti-TNF alpha, des migrants ou des professionnels de santé. Le HCSP précise que sauf cas particulier, les tests IGRA ne sont pas indiqués dans le diagnostic de la tuberculose maladie et ne doivent pas être utilisés en pratique courante. TTT par anti-TNFa pour patients atteints de PAR. Facteur de risque important de développer une TB

Prévention

Malade contagieux Par consensus 3 mois avant le diagnostic et 2 à 3 semaines après le début du traitement Quand BAAR dans les crachats

1.Eviter la transmission du BK: protection contact « air » Isolement du patient : Chambre seule, ventilation, visites réduites Chambre à pression négative si multi résistance Limiter les sorties du patient, sortie avec masque chirurgical Protection respiratoire du personnel Masque de protection respiratoire

Masque chirurgical Porté par le patient tuberculeux (contact avec entourage, lors de déplacement hors de la chambre++)  Limite l’émission de goutelettes  Protection du personnel hospitaliers, d’autres patients, etc…

Masque de protection respiratoire  Porté par le personnel et les visiteurs Limiter l’inhalation de particules dans l’air De type FFP1 au minimum De type FFP2 dans certaines situations à risque comme: expectorations induites, intubation, tuberculose multirésistante

2. Rechercher les cas “contact” Maladie à déclaration obligatoire déclenchement d’un enquête autour d’un cas Recherche des cas contact: personnes habitant sous le même toit ou partageant la même pièce pendant de nombreuses heures/ jour Conduite à tenir Consultation médicale IDR/quantiféron Radiographie du thorax Recommandations pour traiter par isoniazide + rifampicine (3 mois)

Prophylaxie Vaccin vivant atténué : BCG (bacille de Calmette et Guérin) = souche de M. bovis atténuée par nombreuses subcultures Protection limitée : 75 à 85 % contre formes graves (méningite et miliaire) 50 à 75 % contre autres formes Obligation vaccinale suspendue depuis juillet 2007 : recommandation forte de vaccination pour les « enfants à risque élevé de tuberculose, dés la naissance » Séjour en zone d’ endémie, antécédents familiaux de tuberculose, résidant en Ile de France ou en Guyane, toute autre situation à risque Obligation pour les professionnels de sante Effets secondaires Ulcération locale, adénite satellite Rares BCGites (ID) Autres moyens de prévention : Programme national de lutte contre la tuberculose (juillet 2007) Stratégie « Halte à la tuberculose » (OMS, 2015) BCG fortement recommandé dés le 1er mois de vie et au plus tard à l’âge de 15 ans pour les enfants à risque élevé : né dans un pays à forte endémie au moins un parent provenant d’un pays à forte endémie séjour d’au moins 1 mois dans un pays d’endémie ATCD familiaux de TB résidence Ile de France ou Guyane conditions de vie défavorables Les complications du BCG sont rares. Les plus fréquentes sont des adénites régionales, les plus redoutables les BCGites disséminées des immunodéprimés. Les complications ganglionnaires et cutanées surviennent en général en dehors de tout problème de déficit immunitaire. Adénite régionale non suppurée (fréq : 10-1), plus fréquente chez l’enfant de moins de 2 ans, 2 à 8 semaines après la vaccination (ou plus tardive), régressant en quelques semaines ou mois Adénite régionale suppurée et/ou fistulisée (fréq : 10-2), sans retentissement sur l’état général, mais qui met 3 à 18 mois pour cicatriser Ulcération cutanée durant plus de 4 mois ou dépassant 10 mm de diamètre (fréq : 10-3), plus souvent après vaccin intradermique Abcés sous-cutané (fréq : 10-4), le plus souvent après injection trop profonde Lupus vulgaire (fréq : 0.5 10-5), en moyenne 1 an après la vaccination Auto ou hétéro-inoculation cutanée ou conjonctivale L’infection disséminée est moins exceptionnelle après immunothérapie anti-cancéreuse (fréq : 10-2 à 10-3), qu’après vaccination (fréq : 1 à 3 10-6). Des « épidémies » d’adénites ou d’ostéites ont été rapporrtées à l’emploi de souches anormalement virulentes. La plupart des cas actuels révèlent ou compliquent un déficit immunitaire. Lymphadénites généralisée, ostéomyélites ou arthrites (éventuellement fistulisées à la peau : « scrofulodermie ») Localisation pulmonaire, hépatique, méningée, colonisation d’un matériel prothétique BCGite miliaire disséminée souvent mortelle (fréq : 10-7(fréq : 10-2 à 10-3), , Traitement cancer vessie par immunothérapie avec le BCG Objectif OMS : réduire la prévalence et la mortalité de 50 % par rapport à 1990.