Projet IRIS : Impact des Radiations IonisanteS sur l’évolution des bactéries E.coli LPC, CNRS- IN2P3, Université Blaise Pascal Marianne Coulon, Nathanael.

Slides:



Advertisements
Présentations similaires
La microbiologie prévisionnelle
Advertisements

Objectif : dans le cadre de la Protection Biologique Intégrée, aider aux prises de décision précoces; approche in situ (non invasive) pour réduire l’utilisation.
Etude de la mobilité des éléments intégratifs conjugatifs (ICE) intégrés dans un gène codant un ARNt Lysine chez Streptococcus agalactiae Présenté par.
La génétique bactérienne cours 5
Epidémiologie : types d’enquêtes
Position de la source à partir du fond du puits (mm)
Projet de biologie moléculaire ou de physiologie
Muséum, école polytechnique
Tests de génotoxicité 3 catégories pour les principaux tests :
MAERHA Laboratoire de Mathématiques Appliquées à lEvaluation des Ressources HAlieutiques Journée ACI-MOOREA, 3 juin 2004, Nantes.
Généralités sur les Interactions Hôte-microorganisme
Evaluation des performances en entreprise
THÈME APPLICATION OF THE ARTIFICIAL NEURAL NETWORK FOR MODELING THE THERMAL BEHAVIOR OF BUILDING IN HUMID REGION Léopold Mbaa, Pierre Meukamb, Alexis.
Colloque RVVS 1-2 Juillet 2013
Cours P.C.E.M2 de Biophysique Dr BOUCAR NDONG - FMPOS –UCAD
Létude des sciences en Roumanie. L étude des sciences commence dans la III e classe ( 1-2 h par semaine) Pendant la V e –VIII e classe, les éléves ont.
Différents systèmes de paratonnerres
Incorporation des effets compétitifs dans les programmes d’élevage afin d’améliorer les performances et le bien-être animal Dederen Priscilla Groupe.
Thèse CNES-region PACA ( ) Laboratoire dOcéanographie de Villefranche (UMR7093) Observatoire Océanologique de Villefranche (OOV) Variabilité diurne.
Les cellules souches des muscles squelettiques adoptent un état de dormance après la mort et garde leur capacité de régénération Chabaud-Francioni Sarah.
BIO 2533 — Chapitre 1 Importance de la génétique et sa portée:
CHAPITRE 14 et 16: Les mutations géniques
Eléments de réflexion sur l'impact de la restriction des jours de pêche en 1ère catégorie piscicole dans le département du Rhône.
Nuages glacés optiquement minces en Arctique : Mécanismes de formation et Effets radiatifs Doctorante :Caroline JOUAN Directeurs :Éric GIRARD (UQÀM) Vincent.
L’Étude des Microorganismes
L’origine de la diversité
Emmanuel Chassot et Didier Gascuel
Corrigé Sujet de virologie session 2 LV342 Janvier 2012
L’étude des populations
Génétique et adaptation comportementale chez les ruminants
Thèse CNES-region PACA ( ) Laboratoire dOcéanographie de Villefranche (UMR7093) Observatoire Océanologique de Villefranche (OOV) Etude de la variabilité.
Introduction Radioprotection et dosimétrie : Il assure la radioprotection des installations de l'IReS, la dosimétrie individuelle réglementaire, le contrôle.
Interactions microorganismes et contaminants
dans l'expérience EDELWEISS-II
Adaptation des champignons phytopathogènes
*Cutis Grant* Des scientifiques de l'université de WashingtonDes scientifiques de l'université de Washington viennent de découvrir un second code.
 Master LPC Présentation de la journée Mercredi 21 mars 2012.
5 Février 2009 BIO-Réduction du FEr : Produits secondaires et mobilité des éléments associés ou BIOREFE AP EC2CO AT CYTRIX.
Les antibiogrammes.
Transfert radiatif dans les sprays. Application aux rideaux d’eau.
Interactions Hôte-Parasite
DOIT-ON CRAINDRE LE DEVELOPPEMENT DES PAYS EMERGENTS ?
UMR CNRS 6134 Simulation et expérimentation des feux de végétation Equipe de recherche sur les feux Laboratoire Systèmes Physiques de l’Environnement CNRS.
Changements climatiques et impacts sur le cycle de l’eau
2C Ingénierie biomoléculaire
ETUDE EXPERIMENTALE DES SONS AUTO-ENTRETENUS PRODUITS PAR UN JET ISSU D’UN CONDUIT ET HEURTANT UNE PLAQUE FENDUE Alexis Billon Directeur de thèse : Anas.
Conséquences environnementales liées aux substances radioactives
Evolution du taux de mutation chez les bactéries
Université Kasdi Merbah, Ouargla Masteriales 1/2/3/4/5 Mars 2015
- Application au Bassin versant du Jaudy-Guindy-Bizien -
Institut Universitaire de Technologie de Clermont-Ferrand
© 2005 IN2P3_LAPP 9 Chemin de Bellevue BP Annecy-le-Vieux Cedex Tel : (33) Fax: (33) La valorisation.
« Ecologie et dynamique des populations » Unité de Pathologie Végétale
Évolution de second ordre dans un algorithme évolutionnaire V. Lefort
Chapitre 3 : La biodiversité, résultat et étape de l’évolution.
TOmographie par les MUons des VOLcans
Le vivant. A partir du XIXème siècle.. Lamarck les espèces les plus complexes viennent des développements différents des espèces les plus simples. Diversification.
Colloque Énergie Perpignan CNRS, le Juillet 2002, Luc Baumstark, Université Lumière Lyon 2 1 GAT 12 Socio-économie Perpignan 2002.
Laboratoire Microorganismes: Génome et Environnement (LMGE) Université Blaise Pascal (UBP), campus des Cézeaux Interactions Hôtes-Parasites Communautés.
Projet IRIS : Impact des Radiations IonisanteS sur l’évolution des bactéries E.coli LPC, UMR 6533 CNRS- IN2P3, Université Blaise Pascal Marianne Coulon,
Le site expérimental de Puéchabon Suivi et expérimentation de l’effet du changement climatique sur un taillis méditerranéen de chêne vert Equipe FORECAST,
Legionella pneumophila, une bactérie « crée » par l’Homme Yann Héchard Equipe Microbiologie de l’Eau Lab. Ecologie et Biologie des Interactions UMR CNRS.
HSS1501A Cours Déterminants comportementaux Les différents modèles en santé des populations.
Accueil Vincent Breton – Télesphore Sime- Ngando.
Protocole : A) Mise en culture 1 100microL de levureAde2 (roses) 2 Rateau: étaler la goutte de levure Attention: Conditions stériles !! Milieu : Gélose,
5 ème Journée des doctorants – ED SPI Lille – 26 Juin 2012 – Ecole des Mines de Douai ETUDE DES CARACTERISTIQUES THERMOPHYSIQUES D’ISOLANTS AGRO-SOURCES.
 LPC Présentation de la journée Vendredi 28 mars 2014.
L’histoire du gène depuis le début du 20 e siècle jusqu’à aujourd’hui Michel Morange, Centre Cavaillès, République des savoirs USR 3608, Ecole normale.
Quelques éléments David Sarramia
David Biron, CR 1 LMGE-CNRS & Vincent Breton, DR1 LPC-CNRS
Transcription de la présentation:

Projet IRIS : Impact des Radiations IonisanteS sur l’évolution des bactéries E.coli LPC, CNRS- IN2P3, Université Blaise Pascal Marianne Coulon, Nathanael Lampe, David Sarramia, Lydia Maigne, Vincent Breton LMGE, CNRS- INEE, Université Blaise Pascal David Biron, Pierre Marin Laboratoire Adaptation et Pathogénie des Microorganismes, CNRS-INEE, Univ. J. Fourier Thomas Hindré Laboratoire Souterrain de Modane UMR CNRS IN2P3 CEA Michel Zampaolo, Charlotte Riccio, Fabrice Piquemal

Contexte ❑ Long-term experimental evolution in E.coli, Lenski et al., Am. Nat ❑ Expérience d’évolution expérimentale sur 12 populations d’E. coli en conditions naturelles ❑ Début : 1988 – générations (avril 2014) ❑ Évolutions observées : augmentation de la taille des cellules, réduction du temps de latence… ❑ Rôle des rayonnements ionisants sur l’évolution ? Inconnu ? ? ? ? ? ? ? ? Projet IRIS 30/09/20142

Le projet IRIS ❑ Évolution expérimentale : comparaison de l’évolution de la bactérie Escherichia coli entre trois milieux radiatifs différents : ❑ un milieu radiatif normal (radioactivité naturelle) au Laboratoire de Physique Corpusculaire de Clermont-Ferrand (LPC); ❑ un milieu protégé des radiations au Laboratoire Souterrain de Modane (LSM) ❑ Un milieu sous radioactivité naturelle renforcée au LSM ❑ Principe : évolution sur X générations à partir d’un ancêtre commun puis comparaison entre les générations obtenues (entre elles ou contre l’ancêtre conservé) 3

Étude de l’effet des radiations : 3 approches BiologieInformatiquePhysique Évolution expérimentale in vitro, protéomique Évolution in silico avec un automate cellulaire Mesure et simulation des radiations LMGE, LPC, LSMLPCLPC, LSM 4

Biologie : expérimentation ❑ Comment quantifier l’évolution des bactéries ? ❑ Adaptation de la bactérie à son environnement : comparaison ancêtre- évoluée (mesure de fitness relative) ❑ Mesures faites dans différents environnements radiatifs : mesure de l’impact possible des radiations - 20°C Thomas Hindré 5

Radioactivité, évolution et protéomique ❑ Objectif: signature protéomique de la réponse au stress radiatif des E. Coli ❑ Méthode: comparaison des protéomes des souches évoluées dans les différentes conditions radiatives et aux différents stades de croissance ❑ Expertise en protéomique environnementale au LMGE Structure d’une ACP (protéine porteuse d’acyle) d’E. coli Exemple d’étude en SDS-PAGE de l’expression de différentes protéines d’E.coli 6

Physique : mesures expérimentales ❑ Il faut connaître l'environnement radiatif à Modane et à Clermont ❑ Mesurer le niveau bas avec les détecteurs Germanium ❑ Surveillance in situ par les dosimètres portable. ❑ Le dosage reçu va être extrapolé de ces mesures par une simulation GEANT4 LSM/X. Spertini Salle des détecteurs Germanium au Laboratoire Souterrain de Modane 7

Physique : simulations Geant4 ❑ Les mutations viennent des radiations - mais pas toujours! ❑ Etudes in silico pour simuler les chemins d’évolution ❑ Geant4-DNA, une plateforme qui simule les intéractions rayonnements - ADN. ❑ Information sur le nombre de cassures à différents niveaux de radiation Une simulation GEANT4 de l’irradiation d’un dinucleosome Physique : simulations Geant4 8 Thèse N. Lampe (4/2014 ->)

Premiers résultats obtenus en 2014 ❑ Expérimentation au LPC : 850 générations depuis l‘ancêtre ❑ Les mesures de fitness relative représentent un rapport entre le taux de croissance d’une souche évoluée et celui de son ancêtre (génération 0), ce qui nous permet de déterminer si les bactéries se sont adaptées à leur milieu au cours du temps. Dans ce cas la fitness doit être >1. ❑ Installation d’un laboratoire de biologie à Modane 9

Objectifs pour 2015 ❑ Cultiver 1000 générations de bactéries à Modane ❑ Très faibles radiations ❑ Radiation naturelle renforcée ❑ Caractérisations biologiques ❑ Mesures de fitness ❑ Analyses protéomiques ❑ Labellisation ZA LSM/X. Spertini 10