BIOPUCE ELECTRONIQUE NANOGEN

NANOGEN  Biopuce Nanochip ®  Plate-Forme Nanogen  Applications  Principes

Principe 1  Toute molécule biologique chargée

Principe 2  Application d’un champ électrique orienter et concentrer les molécules biologiques vers un site spécifique de la biopuce

Principe 3  Un film hydrogel contenant de la streptavidine permet de fixer de façon forte les molécules biotinylées

Principe 4  Interprétation des résultats par hybridation moléculaire à l’aide de sondes fluorescentes

Biopuce Nanochip ®

Pads (Sites) Connexions (Filaments en platine)

Biopuce Nanochip ® Électrode en platine Site réactionnel de 80µ de diamètre Support en silicone

Biopuce Nanochip ® Électrode en platine Film hydrogel (streptavidine)

Orientation électronique de l’ADN - Adressage Acide Nucléique

+ Orientation électronique de l’ADN - Adressage

Hybridation - Stringence

 Pads activés individuellement Possibilité de réaliser une puce avec: Caractéristiques Système Nanogen ®  Soit 100 échantillons différents (Amplicons)  Soit avec 100 sondes différentes (Oligonucléotides)

 Possibilité de déshybrider et réhybrider sur un même amplicon Optimisation de la biopuce Caractéristiques Système Nanogen ®  un pad : utilisé pour rechercher plusieurs mutations

 Possibilité de travailler en multiplex Caractéristiques Système Nanogen ®  x amplicons de différentes régions codantes de même origine  x amplicons d’origine différente (screening par exemple)

 Facile à utiliser Caractéristiques Système Nanogen ®  Automatisé  Reproductibilité et gain de temps

Plate-Forme Nanogen ®

Plate-Forme Nanogen ® Chargeur  Addressage des échantillons Capacité: 1 à 4 cartouches

Plate-Forme Nanogen ® Lecteur  Application de la stringence thermique électronique chimique  Lecture des résultats 2 lasers 635 nm 532 nm {

Plate-Forme Nanogen ® Cartouche vierge Microplaque 96 ou 384 puits (échantillons) Addressage Cartouche chargée Lecture et analyse des résultats

Plate-Forme Nanogen ® Logiciel

Plate-Forme Nanogen ® Résultats

Résultats générés automatiquement

APPLICATIONS  Recherche de mutations ponctuelles Génotypage de SNP

SNP – 2 Formats AMPLICON DOWN SNP B Sonde Stabilisatrice Reporter 3’5’ SNP B 5’ AND muté 3’ Sonde Stabilisatrice Reporter 3’ 5’ 5’ ADN sauvage 3’ CAPTURE DOWN 5’ ADN sauvage 3’ SNP B Sonde de Sonde Capture Reporter 3’ 5’ SNP B 5’ ADN muté 3’ Sonde de Sonde Capture Reporter 3’ 5’ Cy3 Cy5

SNP – 2 Formats Cy5 Cy3 CAPTURE DOWN Addressage des sondes de capture biotinylées Hybridation électronique des produits PCR Hybridation passive du couple de sondes reporters Application de la stringence AMPLICON DOWN Addressage des produits PCR biotinylés Hybridation passive des sondes stabilisatrices et du couple de sondes reporters Application de la stringence Cy5 Cy3

SNP Utilisation de reporters universels SNP Utilisation de reporters universels 5‘ 3‘ SNP Sonde stabilisatrice Séquence spécifique Séquence M13 Reporter Universel ADN sauvage

APPLICATIONS  Recherche de STR Génotypage

STR 3’ RR R R R R R R RRRRRR RRRRRR RR R RRRR RRRRRR RRRRRR R RRRRRR RRRR R RRRRRR RRR 5’ Sonde stabilisatrice à 3 répétitions Hybridation parfaite Sonde stabilisatrice à 4 répétitions Sonde stabilisatrice à 5 répétitions Sonde stabilisatrice à 6 répétitions Sonde stabilisatrice à 7 répétitions

STR Addressage des produits PCR biotinylés des échantillons Echantillon 1 Echantillon 2 Echantillon 3 Echantillon 4

STR N = Hybridation électronique des N sondes stabilisatrice 5 répétitions 4 répétitions 3 répétitions 6 répétitions 7 répétitions

STR Hybridation passive de la sonde reporter Cy3 Application de la stringence Hybridation parfaite

MFI/s STR 1 8 allèles STR 2 9 allèles Nombre de répétitions STR

APPLICATIONS  Recherche de mutations inconnues SNPmining

SNPmining Adressage de l’ADN de référence  ADN de référence biotinylés adressés électroniquement sur chaque pad  dénaturés au NaOH

SNPmining Hybridation de l’ADN test  ADN des échantillons à tester sont hybridés électroniquement à l’ADN de référence  Ils sont marqués au Cy3 de manière à vérifier l’efficacité de l’hybridation

SNPmining Incubation en présence de la protéine SNPmine™ SNPmine™-Cy5 ADN sauvage. La protéine ne se fixe pas ADN présente une mutation reconnue par la protéine

APPLICATIONS  Expression de gènes

5’ AAA ARNm Primer antisens 3’ 5’ ADNc Transcription Réverse Expression de gènes Transcription Réverse Expression de gènes Transcription Réverse

Expression de gènes PCR Expression de gènes PCR T7 5’3’ 5’ Séquence de la T7 polymérase 3’5’ 3’ 5’ Primer sens 3’5’ 3’ 5’ Primer antisens

Expression de gènes Transcription in vitro Expression de gènes Transcription in vitro 5’3’ 5’ Séquence de la T7 polymérase 5’3’ ARN sens Transcription in vitro en présence de T7 polymérase

Expression de gènes Adressage des sondes et Hybridation Expression de gènes Adressage des sondes et Hybridation Sonde de capture 3’ 5’ G ARN

Expression de gènes Incorporation de Cy5-ddCTP et détection du signal Expression de gènes Incorporation de Cy5-ddCTP et détection du signal 3’ 5’ G Cy5-ddCTP 3’ 5’ G C

Applications spécifiques Applications spécifiques Analyte Specific Reagents Analyte Specific Reagents Kits diagnostic moléculaire commercialisés Muco-viscidose (25 mutations) Hémochromatose Héréditaire (3 mutations ) Thrombose (2 mutations) Surdité Héréditaire (8 mutations) Maladie d’Alzheimer (2 mutations )  - Thalassémie (8 mutations)

Applications individuelles Parcs Nanogen ® installés Europe Applications individuelles Parcs Nanogen ® installés Europe Autres Applications

Applications individuelles

Autres applications potentielles  Toute application faisant appel à l’hybridation moléculaire  Interactions protéine / protéine  Immunologie, avec l’utilisation d’anticorps biotynilés adressés sur la biopuce …

Corinne Lacquemant Mob Contact