Caroline Schluth-Bolard CARACTÉRISATION DES INTERRUPTIONS DU GÈNE TCF4 : UN PHÉNOTYPE ATTÉNUÉ DE DI ASSOCIÉ À LA PARTIE PROXIMALE DU GÈNE ? Linda Pons Caroline Schluth-Bolard Laboratoire de Cytogénétique Constitutionnelle, CHU de Lyon Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon Lyon, Février 2016

Introduction Gène TCF4 en 18q21.1 (MIM 602272) Facteur de transcription bHLH Famille des E-protéines Expression précoce au cours du développement, particulièrement dans le SNC Forrest et al. 2014

Introduction Syndrome de Pitt Hopkins (MIM 610954) DI sévère sans régression Dysmorphie faciale Stéréotypies Troubles respiratoires Haplo-insuffisance de TCF4 Association avec d’autres pathologies : Schizophrénie Cholangite sclérosante primitive Dystrophie cornéenne endothéliale de Fuchs Whalen et al. 2012

Cas clinique Patiente de 8 ans avec DI modérée Croissance normale Marche à 18 mois Retard de langage Ecrit son prénom Croissance normale Troubles du comportement Constipation Troubles du sommeil Pas de dysmorphie Pas d’anomalie respiratoire

Cas clinique Inversion péricentrique équilibrée, de novo, du chromosome 18 : Caryotype 46,XX,inv(18)(p11.2;q21.1)dn ACPA normale Hypothèse d’une pathologie du point de cassure : caractérisation moléculaire par NGS NextSeq500 (Illumina) Whole Genome en paired-end (2 x 101 pb) Vérifications : FISH, PCR et séquençage Sanger chr18 inv(18)

Résultats Profondeur moyenne de séquençage 16,7X Intervalles des points de cassure en NGS sur IGV en hg19 : chr18:1,262,295-1,262,441 (146 pb) en 18p11.32 chr18:53,254,634-53,254,758 (124 pb) en 18q21.2 18p11.32

Résultats Vérification en FISH inv(18) chr18 18qter 18pter RP11-372E2 en 18p11.32 18qter chr18 inv(18) RP11-569E16 en 18q21.1 18pter

Résultats Séquençage Sanger : chr18:1,262,333-1,262,334 en 18p11.32 P T B inv_18p11.32 inv_18q21.1 ATP1A3 ex7/8 TTTAAGATTG-TTTCTCTGTG TACTTATAAA-AAAAGAGAAA chr18:1,262,333 chr18:53,254,747 chr18:1,262,334 chr18:53,254,748 inv18p11.32 inv18q21.2 Séquençage Sanger : chr18:1,262,333-1,262,334 en 18p11.32 pas de gène interrompu chr18:53,254,747-53,254,748 en 18q21.2 interruption de TCF4 dans l’intron 1 (séquence 5’ non codante)

Discussion TCF4 Syndrome de Pitt Hopkins : Haplo-insuffisance de TCF4 : mutations exons 6 à 19 ou délétions Pas de mutation décrite en amont de l’exon 2 TCF4 Mutations tronquantes Mutations d’épissage Mutations faux sens Délétions partielles ou totales D’après Whalen et al. 2012

Discussion TCF4 Littérature : 5 cas d’interruption de TCF4 rapportés Cas présent 8 ans DI modérée 46,XX, inv(18) Intron 1 NGS Kalscheuer 2008 15 ans DI modérée 46,XX,t(18;20) Intron 3 FISH Schluth-Bolard 2013 15 mois Retard sévère Microcéphalie 46,XX,t(1;18) Intron 6 NGS Talkowski 2013 Jumeaux monozygotes 27 mois Retard sévère Dysmorphie 46,XY,t(3;18) Intron 8 NGS Marangi 2011 3 ans Retard sévère Dysmorphie Troubles respiratoires 46,XX,t(14;18) Exons 9 – 11 FISH/Long range PCR Syndrome de Pitt Hopkins

Patiente de Kalscheuer Discussion Critères diagnostiques du Pitt Hopkins Whalen et al. 2012 Cas présent Patiente de Kalscheuer Morphologie   Enophtalmie (1) + - Racine du nez épaisse (1) +  Lèvre inférieure éversée (1) Développement Marche > 3 ans ou retard moteur sévère < 3 ans (2) Ataxie (1) Absence de langage (ou < 5 mots) (2) Stéréotypies de la tête ± des mains (2) Hyperventilation (1) Hypotonie (1) Apparence souriante (1) Anxiété/agitation (1) Strabisme (1) Score de Whalen (screening TCF4 >15/20) 8/20 3/20

Discussion TCF4 Patiente de Kalscheuer : Interruption Mutation ponctuelle – Délétion – Interruption Syndrome de Pitt-Hopkins DI modérée TCF4 Patiente de Kalscheuer : Interruption de TCF4 (intron 3, chr18) et de CHD6 (intron 1, chr20) Transcrit chimère TCF4-CHD6 et donc probablement protéine TCF4 résiduelle Hypothèse pour notre patiente : Expression d’une protéine TCF4 intacte mais en quantité diminuée (promoteurs alternatifs ?)

Conclusion Phénotype de DI modérée associée à l’interruption de la partie proximale de TCF4 Hypothèse : présence d’une protéine TCF4 résiduelle Perspectives : études fonctionnelles Recherche de mutations ponctuelles dans les premiers exons de TCF4 : panels et exomes

Remerciements Service de Génétique, Laboratoire de Cytogénétique, CHU Lyon : Flavie Diguet Pierre-Antoine Rollat-Farnier Caroline Schluth-Bolard Damien Sanlaville Patrick Edery Children’s Hospital of Eastern Ontario, Metabolic Clinics Matthew Lines