L’Université Paris-Saclay est dirigée par un président élu par le conseil d’administration et ayant une double légitimité managériale et académique. Il est assisté d’une équipe exécutive d’une dizaine de personnes responsable des grandes fonctions : recherche, formation, valorisation, numérique, campus, communication, international, administration et ressources. Les composantes de coordination couvrent les domaines de la recherche, de la formation et de la formation doctorale. Dans son domaine de compétence, chaque composante de coordination a pour mission d’élaborer sa stratégie et de coordonner les projets qui en résultent. L'Université Paris-Saclay est une communauté d'universités et établissements Gouvernance L’Université Paris-Saclay est constituée sous la forme juridique d’une Communauté d’universités et établissements telle que définie par la loi ESR du 22 juillet Sa gouvernance est organisée autour de trois conseils essentiellement internes : le conseil d’administration, le conseil des membres et le conseil académique et d’un comité de stratégie scientifique et d’innovation composé exclusivement de personnalités externes.

Les schools L'Université Paris-Saclay est organisée en « schools », structures inter-établissement en charge de l’organisation de la formation dans un domaine scientifique donné. Chaque School est en lien étroit avec un ou plusieurs des départements de recherche de l'université. Biodiversité, agriculture et alimentation, société, environnement Biologie, médecine, pharmacie Droit et science politique Humanités Ingénierie, sciences et technologies de l’information Sciences du sport et du mouvement humain Sciences fondamentales Sciences sociales

Les départements Ils ont pour mission principale de contribuer à l’élaboration d’une vision stratégique de site dans son domaine de compétence et de coordonner sa mise en œuvre par chacun des membres de l’université. Ils participent plus généralement à l’organisation de l’écosystème de recherche en amont des éléments du « cluster » Paris-Saclay. Chaque département participe à la création d’espaces communs, trans-établissements, d’animation et d’action. Chimie Ingénierie électrique, optique et électronique (EOE) Mathématiques Mécanique, énergétique et procédés (MEP) Physique des deux infinis (P2I) Physique des ondes et de la matière (PHOM) Sciences de la planète et de l'Univers (SPU) Sciences de la Vie (SDV) Sciences de l’Homme et de la Société (SHS) Sciences et technologies de l’information et de la communication (STIC)

Le collège doctoral Le collège doctoral est la composante de coordination de l’Université Paris-Saclay chargée d’organiser la politique doctorale dans le cadre de la politique de site, en particulier la mutualisation des activités des écoles doctorales, et de contribuer à augmenter l’attractivité, la visibilité et l’ambition du doctorat de l’Université Paris-Saclay. Il rassemble les personnes et les moyens dédiés à la coordination, au pilotage et au suivi des actions, ou bien dédiés à la mise en œuvre d’actions mutualisées. Le collège doctoral regroupe les 20 écoles doctorales de l'Université Paris-Saclay Le collège doctoral veille au suivi et à l’évaluation des différentes formations doctorales, des structures associées (écoles doctorales) et plus généralement, de l’ensemble des actions de coordination et de mutualisation.