Missions et moyens de la direction informatique Journée de la simulation numérique et la modélisation en chimie Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation de la direction informatique (DI) Missions de la Direction Informatique La Direction Informatique met en œuvre la politique en matière de Système d’Information pour répondre aux objectifs liés à  la stratégie de l’Université. Elle met à la disposition de tous les acteurs de l'Université les moyens informatiques d'intérêt général permettant de développer la recherche et l'enseignement et d'accroître l'efficacité de la gestion de l'Université. Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation de la direction informatique (DI)(missions suite) La Direction Informatique a pour principales missions mise en œuvre du Système Global d'Information mise en œuvre des projets informatiques de l'Université gestion des équipements réseau et système gestion de la téléphonie développement et mise en œuvre des services numériques et de l'espace numérique de travail (ENT) intégration et/ou développement d'applications informatiques Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation de la direction informatique (DI)(missions suite) gestion du parc informatique de l'Université (personnels administratifs) élaboration et mise en œuvre de la Politique de Sécurité des Systèmes d'Information accompagnement des projets TICE diffusion des logiciels (tarifs négociés) accompagnement des usages des outils et services numériques (étudiants et personnels) assistance technique aux utilisateurs mise à disposition de moyens de calcul scientifique mise à disposition de moyens de sauvegarde Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation de la direction informatique (DI) (calcul scientifique) mise à disposition de moyens de calcul (batch et interactif) mise à disposition de logiciels scientifiques, accompagnement dans l’usage des outils et des services numériques assistance technique aux utilisateurs. mise à disposition de moyens de sauvegarde, les fichiers sur nos machines sont sauvegardés toutes les nuits sur le robot de sauvegarde Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation des moyens matériels de la DI (cluster ida) La DI dispose des matériels suivants : Le cluster  ida est un cluster de type Idataplex d'IBM. Il se compose de 16 noeuds (ou serveurs) de type Intel Xeon Nehalem à 2,93GHz  répartis de la manière suivante : - 2 noeuds maîtres ida et idb permettant la  gestion des entrées-sorties et de l'administration du cluster , - 14 noeuds de calcul: n01 à n14. Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation des moyens matériels de la DI (cluster ida) Chaque noeud dispose de : 2 processeurs quadri core  24 GO de mémoire partagée Les noeuds sont reliés par un réseau ethernet et un réseau Infiniband de type QPI, réseau d'interconnection ultra-rapide (12,8 GO/s) permettant une programmation parallèle multi-noeuds haute performance. Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation des moyens matériels de la DI (cluster ida) L’utilisateur se connecte par ssh sur les nœuds maitres de la machine (en général sur ida ida.calcul.u-psud.fr) L’utilisateur ne peut lancer sur cette machine en interactif que des jobs courts < 30mn L’utilisateur passera par le loadleveler (système batch) pour lancer des jobs longs Le système d’exploitation est un Linux Red Hat Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation des moyens matériels de la DI (pluton etc.) La DI dispose aussi des matériels suivants : La machine pluton est destinée à héberger des logiciels interactifs Deux autres machines du même type sont à votre disposition: hydra et nix L'ouverture d'un compte sur pluton vous donne accès à hydra et nix. Vous disposez d'un seul espace de travail partagé entre les 3 machines Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation des moyens matériels de la DI (pluton etc.) Les machines pluton et nix se composent de : 2 Intel Xeon Quadcore à 2.33GHz, 4Go de mémoire cache, 32 Go de mémoire centrale, 70Go de disque dur pour chaque machine La machine hydra est de même type mais dispose de 64 Go de mémoire centrale. pluton, hydra et nix sont des machines à mémoire partagée, elles vous permettent donc de faire du parallélisme sur les 8 processeurs avec OpenMP par exemple. Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation des moyens matériels de la DI (pluton etc.) Espace de stockage commun de 1To il n’y a pas de système batch Système Linux Red hat Connexion par ssh Ex : ssh –l login –Y nix.calcul.u-psud.fr Compilateurs : Fortran, C, C++ de intel et de GNU Le compilateur Intel supporte les directives OpenMP Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation des moyens logiciels de la DI (début) La DI met à disposition des utilisateurs Des logiciels généralistes Des compilateurs : fortran (intel), c et c++ (gnu) Des librairies mathématique (Nag, gsl, d’autres du domaine public) Des logiciels de calcul formel et numériques Mathematica, Maple et Matlab avec 20 boites à outils dont curve fitting, compiler, optimization, PDE, wavelet, signal processing, statistics etc. Des utilitaires que l’on trouve sur linux (par ex gnuplot) Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation des moyens logiciels de la DI (fin) La DI met à disposition des utilisateurs Des logiciels dédiés à la chimie Le logiciel Gaussian : modélisation, calcul des propriétés de structure chimique : niveaux d’énergie etc. Le logiciel Gaussview : interface graphique de gaussian La suite Schrodinger avec plusieurs modules (maestro, jaguar, canvas, macromodel, epik, combiglide etc.) Et d’autres : gamess, mopac, Turbomole et Molpro Installation de logiciels gratuits à la demande Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation de l’assistance de la DI Aide à l’utilisateur aide pour l’utilisation de nos machines aide pour la configuration de l’environnement de travail aide pour l’utilisation des différents logiciels installation de logiciels Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation de l’assistance de la DI (suite) Pour me joindre de préférence passer par l’interface web (heures et jours ouvrables) http:// sos.di.u-psud.fr ou par mail : Patrice.Fromy@u-psud.fr la page web pour le calcul scientifique : http://www.cri.u-psud.fr/machine/index.html Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud

Présentation de l’assistance de la DI (fin) Pour l’obtention d’un compte Remplir le formulaire en ligne Page web du service /calcul/demande de compte Pour un compte gaussian le spécifier Possibilité pour les stagiaires, chercheurs et les thésards de se servir des jetons de la DI des différents logiciels tout en calculant en local Mercredi 24 Octobre 2012 Patrice Fromy Direction Informatique Université Paris-Sud