Gérard Carret carret@sante.univ-lyon1.fr Bon usage et qualité des examens complémentaires Les prélèvements microbiologiques et les biomarqueurs Gérard Carret carret@sante.univ-lyon1.fr

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE Cerner le besoin DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE

Cerner le besoin Origine bactérienne, virale, fungique Maladies souvent cliniquement évocatrices Malgré une sémiologie partagée - entre maladies infectieuses - avec des maladies non infectieuses Diagnostic probabiliste renforcé par - la saisonnalité - les cas groupés

Cerner le besoin Infection ou non ? Diagnostic étiologique - besoins du diagnostic - besoins de la thérapeutique - besoins de santé publique > prévention de la contagion > Signalement (ARS – DO, CLIN, …) Le niveau de précision requis n’est pas forcément le même !

Cerner le besoin Des référentiels - Haute Autorité de Santé http://www.has-sante.fr - Société française de microbiologie Rémic - Sociétés savantes dont la SPILF Le diagnostic biologique passe par une prise d’échantillon

Remarques préalables ECHANTILLONAGE

Remarques préalables Les bonnes pratiques générales s’appliquent - le prescripteur > nom > coordonnées fiables - locaux adaptés - le préleveur > qualité et expérience > tenue > protocoles > convention - l’asepsie > pour le patient > pour l’échantillon prélevé

Remarques préalables Les bonnes pratiques générales s’appliquent - l’étiquetage > civilités > date et heure > mode de prélèvement > localisation anatomique - l’étiquetage concerne > l’échantillon > courrier d’accompagnement

Remarques préalables Des recommandations spécifiques - la nature des recherches - les signes cliniques pertinents - le traitement anti-infectieux - le contexte épidémique (séjour en zone d’endémie, cas groupés, …) - la chronologie de la maladie (date de la contamination) - l’évolution de la maladie

Exemple de la sérologie Chronologie de la maladie et évolution de la maladie : quantification d’anticorps spécifiques dans le sérum - IgG versus IgM - Choix de la technique - Interprétation : 2 échantillons pour mettre en évidence une séroconversion

CARACTERISATION D’UN ETAT INFECTIEUX Etape non spécifique CARACTERISATION D’UN ETAT INFECTIEUX

Biomarqueurs de l’infection Numération et formule leucocytaire CRP Bandelettes urinaires Double utilisation > diagnostic > évolution

Numération et formule leucocytaire La numération sanguine consiste à compter (grâce à des automates le plus souvent) les différents éléments cellulaires du sang à savoir : globules blancs (ou leucocytes), globules rouges (ou hématies) et plaquettes sanguines. Prélèvement de sang veineux (en général au pli du coude). Le tube de sang contient un anticoagulant.

Numération et formule leucocytaire La formule leucocytaire permet d'apprécier les éléments cellulaires du sang sous leur aspect qualitatif : - morphologie - homogénéité de forme et de taille des globules rouges et des plaquettes d'une part - pourcentage de chaque catégorie de leucocytes (ramené en valeur absolue) : polynucléaires, lymphocytes et monocytes

Numération et formule leucocytaire Hyperleucocytose Leucopénie Polynucléaires neutrophile -Diminution : certaines infections virales et parasitoses - Augmentation : infections bactériennes à germes pyogènes Lymphocytes - Augmentation : Infections aiguës virales ou bactériennes, tuberculose, brucellose

C-Réactive Protéine (CRP) La CRP est une protéine qui reflète l'inflammation aiguë ; elle s'élève très rapidement au cours de processus inflammatoires et permet un diagnostic différentiel entre certaines pathologies. Demi-vie : 12H00 Remplace la VS Prélèvement de sang veineux (en général au pli du coude). Le tube de prélèvement peut contenir un anticoagulant. Il est préférable d'être à jeun.

C-Réactive Protéine (CRP) Valeurs normales < 6 mg/l Augmentation : - Infections aiguës - Infections subaiguës ou chroniques - Pathologies néoplasiques - Les maladies systémiques rhumatismes inflammatoires connectivites auto-immunes : LED - vascularite : maladie de Horton, … Autres protéines de l’inflammation

Bandelettes urinaires La bandelette urinaire est une méthode d'analyse biologique instantanée des urines qui sont mises en contact avec des réactifs spécifiques Acte infirmier (Code de la santé publique) Résultat semi-quantitatif Une plage par paramètre Changement de couleur dans un temps donné Lecture visuelle ou automate

Bandelettes urinaires

Bandelettes urinaires La lecture automatisée élimine la contrainte du chronométrage et garantit l’appréciation des couleurs Les résultats semi quantitatifs de tous les paramètres (leucocytes, nitrites, sang, glucose, corps cétoniques, protéines, densité, pH) s’affichent automatiquement sur un ticket et les valeurs anormales sont signalées Utilisation simple : il suffit de placer la bandelette dans le tiroir après immersion dans l’échantillon d’urine et l’analyse se fait automatiquement en 1 minute avec impression instantanée d’un ticket

Bandelettes urinaires Leucocyturie mais leucocyturie « naturelle » chez le malade sondé Bactériurie (nitrite) mais microbes ne réduisant pas les nitrates Hématurie

Bandelettes urinaires Bonne valeur prédictive négative chez le patient asymptomatique Résultat positif et signes cliniques: confirmation bactériologique selon référentiel Résultat négatif et signes cliniques : confirmation bactériologique Résultat positif et patient asymptomatique : confirmation bactériologique

DIAGNOSTIC ETIOLOGIQUE Etape spécifique DIAGNOSTIC ETIOLOGIQUE

Diagnostic étiologique Prélèvement Examen macroscopique Examen cytochimique Détection d’Ag ou d’acides nucléiques Cultures Identification Etude de la sensibilité à une chimio-thérapie

Le prélèvement : remarques générales Récipient stérile, à usage unique, étanche Un emballage (sac plastique) fermé hermétiquement avec un compartiment externe pour la prescription Réglementation si transport Une quantité suffisante de matériel biologique Tout produit pathologique est potentiellement infectieux

Le prélèvement : raisonnement logique Le microbe doit être dans l’échantillon Le microbe doit être seul dans l’échantillon Le microbe doit être vivant à son arrivée sur la paillasse du biologiste

Le microbe doit être dans l’échantillon Le site anatomique (amygdales, urine pour Legionella !...) Sites variables en fonction de l’histoire de la maladie Au début du processus infectieux Multiplier les échantillons pour augmenter la sensibilité (parasitologie, BK, …) sans tomber dans l’excès ! A des moments privilégiés (ex : urine du matin pour le BK)

Le microbe doit être seul dans l’échantillon Contamination accidentelle de l’échantillon : problème maîtrisable par de bonnes pratiques Contamination par la flore commensale du sujet : problème difficile à résoudre – contraintes pratiques d’accessibilité du site ou de l’échantillon

Le microbe doit être seul dans l’échantillon Détruire la flore commensale par utilisation d’antiseptique s’il existe une barrière cutanéo-muqueuse derrière laquelle se trouve l’agent infectieux Protéger le dispositif de prélèvement par un système de double cathéter Interpréter avec un seuil de significativité Effectuer des recherches spécifiques

Le cas de l’ECBU Recueil à mi-jet > miction de 4H > lavage des mains > lavage du méat urinaire > lavage vulvaire d’un seul geste de l’avant vers l’arrière > éliminer le premier jet (20 ml) > recueil à la volée > boucher puis nettoyer le flacon > étiquetage

Le cas de l’ECBU Patient sondé à demeure > pas dans le sac ! > ponction de la sonde mais peu représentatif > si changement de sonde, urine à travers la nouvelle sonde > gold standard : ponction sus-pubienne

Le cas de l’ECBU Urétérostomie > Nettoyage soigneux > Nouveau sac stérile > Une heure, pas plus > Transvasement avec précautions

Le cas de l’ECBU Patient incontinent > Nettoyage soigneux > Collecteur pénien > Une heure, pas plus > Transvasement avec précautions

Le cas de l’ECBU Patiente incontinente > Nettoyage soigneux > Collecte à la volée > Sondage aller retour avec sonde de petit calibre

Le microbe doit être vivant Avant antibiothérapie Délai d’acheminement réduit Milieux de transport Température ambiante meilleure que non maîtrisée Biologie moléculaire Immunochromatographie : « Doctor test »

Doctor test et tests rapides Doctor test : recherche de streptocoque du groupe A Tests rapides > nombreux (bactéries, virus, parasites) > domaine de la biologie > interprétation délicate (VPP, VPN, Prévalence)

Cas particulier HYGIENE ET PREVENTION

Hygiène et prévention Echantillons biologiques Eau Air Surface Protocole à mettre en place > nature des investigations > fréquence Encadrement réglementaire