Galaxy objectives are : First, making bioinfo Linux tools accessible to biogists. Then, it is possible to add Linux tools by developpers into Galaxy workbench. Then, Galaxy is used to hide the complexity of the infrastructure and to allow creation, execution and sharing of workflows. To access to Galaxy, you need to have an LDAP Genotoul login and password. **** L'objectif de la plateforme Galaxy est de rendre les logiciels de bioinformatique sous Linux accessibles aux biologistes. Pour cela, Galaxy permet de masquer la complexité de l'infrastructure et permet la création, le partage et l'exécution de chaînes de traitement. L'interface web de Galaxy est conviviale et permet la création et la supervision de workflows. Cet outil est aussi bien destiné aux biologistes et qu'aux développeurs. Pour vous connecter à la plateforme Galaxy, il vous sera nécessaire de vous authentifier avec votre login et votre mot passe LDAP Genotoul. 1

Etat des lieux Galaxy & Evolutions récentes Sarah Maman – Ibouniyamine Nabihoudine 24 mars 2014 – GenPhySE Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux). http://galaxy-workbench.toulouse.inra.fr

Aperçu général Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux).

Comment se connecter ? 1 – Ouvrir un compte sur Genotoul : Formulaire de demande de compte: http://bioinfo.genotoul.fr Utiliser un mail académique 2 – Accéder à Galaxy à l’aide du login/mot de passe obtenus : http://sigenae-workbench.toulouse.inra.fr/ Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux).

3 2 1 4 Une interface simplifiée et intuitive Votre écran est divisé en 4 zones principales : 1 3 4 2 Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux).

Comment utiliser un outil ? Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux).

Sur les slides suivants, expliquer que le lancement d’un traitement est , en gros, possible en 3 clics. Donc que ce lancement est simple & rapide. 7

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Liens avec NG6 Soit fichier par fichier : Soit un répertoire de fichiers : Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux).

De l’outil à l’historique. Analyse en cours Analyse en attente Analyse en erreur Analyse OK Vos jobs : Se poursuivent même si vous êtes déconnectés du Galaxy. Leurs états sont indiqués par la couleur du dataset. Peuvent être lancés en parallèle & sans connaître linux. Peuvent être partagés. Votre données : N’encombrent pas votre disque dur. Sont protégées (accès LDAP). Cette interface web est un tableau de bord pour les utilisateurs : -Liste des calculs en cours. -Visibilité de l’état d’avancement des traitements. -Mise ne page des outils utilisés sous forme de workflow(s). Galaxy vous permet de créer graphiquement vos chaînes de traitements, de les (re)lancer en changeant les fichiers à traiter et de les partager avec vos collaborateurs. 11

Comment générer une chaîne de traitement ? Soit depuis un historique : Soit depuis une page blanche : Les résultats produits sont typés, il n’est donc pas possible de brancher une dataset sur un mauvais tool ! Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux).

Evolutions récentes Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux).

Des outils plus complets http://galaxy-workbench.toulouse.inra.fr/ Accès à plus d’options de la ligne de commande (*) Outils Sigenae Affichage de la ligne de commande et des étapes de traitement

Pour sauver vos datasets Galaxy dans votre /work 1 2 3 4

Nouvelle machine a venir Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux).

Améliorations de la nouvelle instance ~30 nouveaux outils et 5 chaînes de traitements. Matériel & méthode : Commandes / versions d'outils Galaxy et bioinfo. Machine : Sur la nouvelle infrastructure (genovcenter) Plus rapide d’accès sur site distant (multithreading) Envoi des jobs au nom du user LDAP (workq ou autre q.) Paramétrage plus fin des jobs en fonction des ressources. Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux).

Site E-Learning http://sig-learning.toulouse.inra.fr Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux). http://sig-learning.toulouse.inra.fr

Accès ponctuels à sig-learning Plateforme d’autoformation en ligne « sig-learning » : http://sig-learning.toulouse.inra.fr/ Enquête 2013 : Accès ponctuels à sig-learning

Quelques statistiques Mise en production Formations PF BioInfo Formations PF BioInfo Formations Roscoff Formations Roscoff

Enquête 2013 auprès des ~40 utilisateurs locaux Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux). http://galaxy-workbench.toulouse.inra.fr

Utilisation des instances Galaxy Statistiques du Galaxy Project https://wiki.galaxyproject.org Une communauté internationale vivante. Une communauté française grandissante. Belle augmentation des citations Galaxy dans les publications Statistiques de l’instance Galaxy Sigenae / BioInfo Genotoul http://galaxy-workbench.toulouse.inra.fr 23 réponses sur ~40 utilisateurs Historique mensuel des visites ~40 utilisateurs Les 10 plus gros utilisateurs (hors tests Sigenae) utilisent Galaxy dans le cadre de leur projet. Utilisez-vous l’instance Sigenae de Galaxy ? 65% des utilsateurs Galaxy ayant répondus à l’enquête utilisent l’instance Sigenae L’instance Sigenae est intégrée au groupe de travail Galaxy IFB France http://www.ifb-galaxy.org/

Formation & utilisation de Galaxy Importance de la formation et du e-learning Avez-vous déjà suivi une session de formation Galaxy ? 6% des utilisateurs seulement ont déjà suivi une formation en e-learning. 60% des utilisateurs : ont déjà suivi une formation Galaxy -> Besoin d’une ‘mise en route’, souhaitent plus de support en bioinfo. créent et utilisent des workflows. Les traitements Galaxy sont aussi lancés dans le cadre de projets Galaxy vous permet-il de traiter vos données bio-informatiques ? ~60% traitent leurs données dans Galaxy. … Et 60% de ces 60% utilisent ces données dans leur projet. Quels sont les principaux outils utilisés ? Principalement des applications de type SNP et RNAseq Contact : sigenae-support@listes.inra.fr

Les formations avec Galaxy Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux). http://galaxy-workbench.toulouse.inra.fr

Formations Galaxy ou utilisant Galaxy Formations PF BioInfo Genotoul UPS Master 2 BioInformatique http://bioinfo.genotoul.fr

Formations Galaxy ou utilisant Galaxy Pré-traitement et alignement des données exome-seq (M. Bernard, R. Daveau, S. Gallina, E. Girard, B. Job, Y. Luo, N. Servant) Détection et annotation fonctionnelle de variants (M. Bernard, R. Daveau, S. Gallina, E.Girard, B. Job, Y. Luo, S. Marthey, N. Servant) Prédiction de miRNA aves MirDeep2 et autres outils. Annotation des reads : miRNA et autres ncRNA (C. Gaspin, S. Maman, O. Rué) Analyse des données des participants.

Les liens avec les communautés et groupes de travail Galaxy permet de traiter des fichiers bioinformatiques ET INFORMATIQUES (pour lancer des lignes de commande linux). http://galaxy-workbench.toulouse.inra.fr

Galaxy Project Equipe “Galaxy project” : Le Center for Comparative Genomics and Bioinformatics - Penn State, Des départements “Biology” et “Mathematics and Computer Science” de l’Université d’Emory.   L’Université d’Emory et le « Centre génomique et bioinformatique» de Penn State développent depuis plusieurs années un environnement de traitements (bio)informatiques pour les biologistes. Ils ont donc créé une équipe, la galaxy project pour développer un outil open source et gratuit : GALAXY L’objectif de cet outil est de permettre de lancer des lignes de commandes linux depuis une interface web. En effet, comme la très grande majorité des outils bioinformatiques sont sous Linux, et que Linux n’est pas utilisé par la majorité, alors ils ont conçu et développé une interface accessible par tous depuis le web. Par conséquent, cet outil web rend accessible les traitements bioinformatiques à des personnes ne connaissant pas linux, les lignes de commande ou un langage de programmation. Autour de cet outil, communauté international très active et répondante a été créée. Grâce à la diversité de cette communauté (informaticiens, développeurs mais aussi biologistes), le code de GALAXY évolue régulièrement avec prise en compte des retours utilisateurs et mises à jour régulières. Anton Nekrutenko Penn State Nate Coraor Penn State James Taylor Emory 28

Groupe de travail GALAXY IFB http://www.ifb-galaxy.org/ Documentation collaborative (wiki) Formations (mise en commun agenda PF) Architecture Intégration d’outils (Tool Shed) Un groupe de travail national a été créé l’an dernier autour de qqs instances françaises de Galaxy. Le principal objectif de ce groupe de travail est de fédérer des actions collectives autour de cet interface web : conférences, partage des connaissances. Le site web « galaxy ifb » détaille ces objectifs et liste les évènements organisés par le groupe : formations, réunions. Ce groupe de travail soutenu par l’IFB (Institu Français de Bioinformatique). 29

Merci à toutes celles / tous ceux qui travaillent sur Galaxy ! Les wrappers boys & girls Maria Bernard Frédéric Escudié Ibouniyamine Nabihoudine Olivier Rué Sabrina Rodriguez Les admins Patrice Dehais Didier Laborie Marie-Stephane Trotard Les formateurs Philippe Bardou Christophe Klopp Delphine Labourdette Jérôme Mariette Céline Noirot Les personnes ayant utilisés Galaxy pour leurs projets Maria Bernard Sandrine Laguerre Olivier Monestier Jérôme Montfort …

Merci pour votre écoute sigenae-support@listes.inra.fr Pour toute demande (renseignement, installation, ajout d’outil, bug, etc.), veuillez envoyer un mail à sigenae-support@listes.inra.fr Vous souhaitez vous former ? Vous avez des questions ? Après la période de tests en cours, des sessions de formation à l’analyse des données à l’aide de Galaxy, seront ouvertes aux utilisateurs, au premier trimestre 2013. D’autre part, un environnement d’auto-formation en ligne est accessible depuis la plateforme « sig-learning » : http://sig-learning.toulouse.inra.fr (login et mot de passe Genotoul). Pour en savoir plus sur Galaxy Pour suivre les évolutions de la plateforme de Galaxy : http://wiki.g2.bx.psu.edu/Learn Les utilisateurs français se sont organisés en communauté, dont le site est : http://france.list.galaxyproject.org